Madagascar (software)

Madagascar

Versión inicial	12 de junio de 2006

Lanzamiento estable	3.1 / 5 de diciembre de 2020 ; hace 7 meses ( 05/12/2020 )
Versión de vista previa	A través de Subversion

Escrito en	C , C ++ , Python
Sistema operativo	Posix
Escribe	Software geofísico
Licencia	Licencia pública general GNU
Sitio web	www.ahay.org

Madagascar es un paquete de software para el análisis de datos multidimensionales y experimentos computacionales reproducibles . Su misión es brindar

un entorno conveniente y poderoso
una práctica herramienta de transferencia de tecnología

para investigadores que trabajan con procesamiento de datos e imágenes digitales en geofísica y campos relacionados. La tecnología desarrollada utilizando el sistema de gestión de proyectos de Madagascar se transfiere en forma de historiales de procesamiento registrados, que se convierten en "recetas computacionales" para ser verificadas, intercambiadas y modificadas por los usuarios del sistema.

Funciones

El medio ambiente de Madagascar se compone de:

Programas independientes para análisis de datos fuera del núcleo;
Programas independientes para procesamiento e imágenes de datos geofísicos;
Un kit de desarrollo para C, C ++, Java, Fortran-77, Fortran-90, Python, Matlab y Octave;
Un marco para experimentos numéricos reproducibles, basados en SCons ;
Un marco para publicaciones científicas, basado en SCons y LaTeX ;
También se utiliza una colección de artículos científicos reproducibles como ejemplos de uso y pruebas de regresión para los programas independientes;
Una colección de conjuntos de datos utilizados como entrada para experimentos numéricos reproducibles.

Ejemplo de secuencia de comandos

A continuación se muestra un ejemplo de archivo SConstruct ^[1]

desde  rsf.proj  import  *Obtener ( 'wz.35.H' , 'wz' )Flujo ( 'viento' , 'wz.35.H' , 'dd form = native | window n1 = 400 j1 = 2 | smooth rect1 = 3' ) Plot ( 'wind' , 'pow pow1 = 2 | gris' )Flujo ( 'mudo' , 'viento' , 'murmullo v0 = 0.31 mitad = n' ) Plot ( 'mudo' , 'pow pow1 = 2 | gris' )Resultado ( 'dinamarca' , 'viento mudo' , 'SideBySideAniso' )Fin ()

Tenga en cuenta que SConstruct por sí solo no hace ningún trabajo más que establecer reglas para construir diferentes objetivos. Los objetivos se construyen cuando uno ejecuta scons en la línea de comando. ^[2] Ejecutar scons produce

bash $ scons
scons: Leyendo archivos SConscript ...
scons: terminado de leer los archivos SConscript.
scons: Objetivos de construcción ...
recuperar (["wz.35.H"], [])
<wz.35.H / RSF / bin / sfdd form = native | / RSF / bin / sfwindow n1 = 400 j1 = 2 | / RSF / bin / sfsmooth rect1 = 3> viento.rsf
<viento.rsf / RSF / bin / sfpow pow1 = 2 | / RSF / bin / sfgrey> wind.vpl
<wind.rsf / RSF / bin / sfmutter v0 = 0.31 half = n> mute.rsf
<mute.rsf / RSF / bin / sfpow pow1 = 2 | / RSF / bin / sfgrey> mute.vpl
/ RSF / bin / vppen yscale = 2 vpstyle = n gridnum = 2,1 wind.vpl mute.vpl> Fig / denmark.vpl
scons: objetivos de construcción terminados.

Licencia

Madagascar es un software gratuito y tiene la licencia GPL .

Historia

Madagascar se presentó públicamente por primera vez en el taller de EAGE en Viena en junio de 2006. Sergey Fomel inició el trabajo en el paquete (anteriormente llamado RSF) en 2003. Desde entonces, muchas personas han contribuido a él. ^[3]

Aunque está escrito principalmente desde cero, Madagascar toma prestadas ideas del diseño de SEPlib, un paquete de código abierto mantenido por Bob Clapp en el Stanford Exploration Project (SEP). Generaciones de estudiantes e investigadores de SEP contribuyeron a SEPlib. Las contribuciones más importantes vinieron de Rob Clayton, Jon Claerbout , Dave Hale, Stew Levin, Rick Ottolini, Joe Dellinger, Steve Cole, Dave Nichols, Martin Karrenbach, Biondo Biondi y Bob Clapp.

Madagascar también toma prestadas ideas de Seismic Unix (SU), un paquete mantenido por John Stockwell en el Center for Wave Phenomenon (CWP) en la Escuela de Minas de Colorado (Stockwell, 1997; ^[4] Stockwell, 1999 ^[5] ). Los principales contribuyentes a SU fueron Einar Kjartansson, Shuki Ronen, Jack Cohen, Chris Liner, Dave Hale y John Stockwell. SU adoptó una licencia estilo BSD de código abierto a partir de la versión 40 (10 de abril de 2007).

Escuelas de Madagascar

Las escuelas de Madagascar sobre geofísica computacional reproducible son eventos anuales en los que se presenta el paquete a nuevos usuarios y los participantes del proyecto se reúnen para discutir nuevos desarrollos.

Aquí está la lista de escuelas anteriores:

Escuela y taller 2006, Vancouver , BC, Canadá
Curso corto 2007, Austin , TX, EE. UU.
Taller de implementación 2008, Golden , CO, EE. UU.
Escuela 2009, Delft , Países Bajos, UE
Escuela 2009, Salvador , Bahia, Brasil
Escuela y taller práctico 2010, Houston , TX, EE. UU.
Escuela 2011, Beijing , China
Escuela 2012, Austin , TX, EE. UU.
Taller de trabajo 2013, Austin , TX, EE. UU.
Escuela 2013, Melbourne , Australia
Escuela 2014, San Petersburgo , Rusia
Taller de trabajo 2014, Houston , TX, EE. UU.
Escuela 2015, Harbin , China
Escuela para usuarios avanzados 2015, Qingdao , China
Taller de trabajo 2015, Houston , TX, EE. UU.
Escuela 2016, Zürich , Suiza
Taller de trabajo 2016, Houston , TX, EE. UU.
Escuela 2017, Houston , TX, EE. UU.
Taller de trabajo 2017, Houston , TX, EE. UU.
Escuela 2017, Shanghai , China
Taller de trabajo 2018, Houston , TX, EE. UU.
Escuela 2020, Hefei , China

Ver también

Lista de software de geofísica gratuito
Reproducibilidad

Referencias

^ ejemplo de bei / sg / denmark https://github.com/ahay/src/blob/master/book/bei/sg/denmark/SConstruct
^ S. Fomel y G. Hennenfent, 2007, Experimentos computacionales reproducibles utilizando SCons: 32ª Conferencia internacional sobre acústica, habla y procesamiento de señales (ICASSP), IV / 1257-1260.
^ Archivo AUTHORS.txt https://github.com/ahay/src/blob/master/AUTHORS.txt
^ Stockwell, JW, 1997, Software libre en la educación: un estudio de caso de CWP / SU: Seismic Unix: The Leading Edge, 16 , 1045-1049.
^ --------, 1999, The CWP / SU: Seismic Un * x package: Computers and Geosciences, 25 , 415--419.

Enlaces externos

Página de inicio de Madagascar
Organización de GitHub
Proyecto SourceForge
Presentaciones de conferencias científicas sobre Madagascar
Para una investigación reproducible, vaya a Madagascar
Sergey Fomel y Jon Claerbout , Introducción de los editores invitados: Investigación reproducible : Computación en ciencia e ingeniería, vol. 11, no. 1, págs. 5-7, enero / febrero. 2009, doi : 10.1109 / MCSE.2009.14
Sergey Fomel, Paul Sava, Ioan Vlad, Yang Liu y Vladimir Bashkardin, 2013, Madagascar: proyecto de software de código abierto para el análisis de datos multidimensionales y experimentos computacionales reproducibles : Journal of Open Research Software, 1 (1): e8, doi : 10.5334 /jors.ag
Sergey Fomel, Investigación reproducible como esfuerzo comunitario: lecciones del proyecto Madagascar : Computación en ciencia e ingeniería, vol. 17, no. 1, págs. 20-26, enero / febrero. 2015, doi : 10.1109 / MCSE.2014.94
John Holden, La génesis de Madagascar : The Leading Edge, vol. 34, no. 11, noviembre de 2015, doi : 10.1190 / tle34111386.1

[1] / sg / denmark https://github.com/ahay/src/blob/master/book/bei/sg/denmark/SConstruct

[2] S. Fomel y G. Hennenfent, 2007, Experimentos computacionales reproducibles utilizando SCons: 32ª Conferencia internacional sobre acústica, habla y procesamiento de señales (ICASSP), IV / 1257-1260.

[3] Archivo AUTHORS.txt https://github.com/ahay/src/blob/master/AUTHORS.txt

[4] Stockwell, JW, 1997, Software libre en la educación: un estudio de caso de CWP / SU: Seismic Unix: The Leading Edge, 16 , 1045-1049.

[5] --------, 1999, The CWP / SU: Seismic Un * x package: Computers and Geosciences, 25 , 415--419.

[1]