El software de espectrometría de masas es un software que se utiliza para la adquisición de datos, [1] análisis o representación en espectrometría de masas .
Software de proteómica
En la espectrometría de masas de proteínas, los experimentos de espectrometría de masas en tándem (también conocida como MS / MS o MS 2 ) se utilizan para la identificación de proteínas / péptidos . Los algoritmos de identificación de péptidos se dividen en dos grandes clases: búsqueda en bases de datos y búsqueda de novo . La primera búsqueda tiene lugar en una base de datos que contiene todas las secuencias de aminoácidos que se supone están presentes en la muestra analizada, mientras que la última infiere secuencias de péptidos sin conocimiento de los datos genómicos .
Algoritmos de búsqueda de bases de datos
Nombre | Tipo | Descripción |
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ProSightPC y ProSightPD | propiedad | ProSightPC / PD son herramientas de software para buscar datos de espectrometría de masas en tándem de proteínas y péptidos en bases de datos derivadas de UniProt. Mediante el uso del conjunto de proteoformas conocidas, el software puede buscar de manera eficiente el espacio de proteoformas conocido, identificando y caracterizando proteoformas. |
TopPIC | fuente abierta | TopPIC (identificación y caracterización de proteoformas basada en espectrometría de masas descendente) identifica y caracteriza proteoformas a nivel de proteoma mediante la búsqueda de espectros de masas en tándem descendente en una base de datos de secuencias de proteínas. TopPIC es un sucesor de MS-Align +. Identifica de manera eficiente proteoformas con alteraciones inesperadas, como mutaciones y modificaciones postraduccionales (PTM), estima con precisión la importancia estadística de las identificaciones y caracteriza proteoformas informadas con cambios de masa desconocidos. Utiliza varias técnicas, como índices, alineación espectral, métodos de función de generación y la puntuación de identificación de modificación (MIScore), para aumentar la velocidad, la sensibilidad y la precisión. [2] |
TopMG | fuente abierta | TopMG (identificación de proteoformas basada en espectrometría de masas descendente usando Mass Graphs) es una herramienta de software para identificar proteoformas ultra modificadas mediante la búsqueda de espectros de masas en tándem descendente en una base de datos de secuencias de proteínas. Es capaz de identificar proteoformas con múltiples PTM variables y alteraciones inesperadas, como proteoformas de histonas y fosforiladas. Utiliza gráficos de masas, que representan de manera eficiente las proteoformas candidatas con múltiples PTM variables, para aumentar la velocidad y la sensibilidad en la identificación de proteoformas. Además, se emplean métodos de filtrado aproximados basados en el espectro para el filtrado de secuencias de proteínas, y se utiliza un método de Monte Carlo de cadena de Markov (TopMCMC) para estimar la significación estadística de las identificaciones. [3] |
Andrómeda (parte de MaxQuant) | freeware | Andromeda es un motor de búsqueda de péptidos basado en puntuación probabilística. En los datos del proteoma, Andromeda se desempeña tan bien como Mascot, un motor de búsqueda comercial ampliamente utilizado, según lo juzga el análisis de sensibilidad y especificidad basado en búsquedas de señuelos de destino. Puede manejar datos con una precisión de masa de fragmentos arbitrariamente alta, es capaz de asignar y puntuar patrones complejos de modificaciones postraduccionales, como péptidos altamente fosforilados, y admite bases de datos extremadamente grandes. Andromeda puede funcionar de forma independiente o integrada en MaxQuant. Esta combinación permite el análisis de grandes conjuntos de datos en una computadora de escritorio. La identificación de péptidos co-fragmentados mejora el número de péptidos identificados. Desarrollado por Jürgen Cox y otros en el Instituto de Bioquímica Max Planck . [4] |
Byonic | propiedad | Algoritmo de búsqueda de base de datos lanzado en 2011 por Protein Metrics Inc. con desarrollos originales en PARC [5] que busca datos de MS / MS de todo tipo de instrumentos y emplea internamente el programa Combyne, [6] que combina identificaciones de péptidos para producir puntajes e identificación de proteínas probabilidades. |
Cometa | fuente abierta | Algoritmo de búsqueda de base de datos desarrollado en la Universidad de Washington disponible para Windows y Linux. Tenga en cuenta que Comet es solo un binario de línea de comandos que realiza búsquedas en bases de datos MS / MS. Toma espectros en algún formato de entrada compatible y escribe archivos .pep.xml, .pin.xml, .sqt y / o .out. Necesitará alguna otra herramienta de soporte para hacer uso de los resultados de Comet (solo está disponible una GUI para Windows). [7] |
Marea (reescritura de Crux) | fuente abierta | Tide es una herramienta para identificar péptidos a partir de espectros de masas en tándem. Es una reimplementación independiente del algoritmo SEQUEST, que identifica péptidos comparando los espectros observados con un catálogo de espectros teóricos derivados in silico de una base de datos de proteínas conocidas. El antepasado inmediato de Tide es Crux, pero Tide ha sido completamente rediseñado para lograr una mejora mil veces mayor en la velocidad mientras reproduce exactamente las puntuaciones de SEQUEST XCorr. Desarrollado en la Universidad de Washington . [8] |
Graylag | fuente abierta | Algoritmo de búsqueda de bases de datos desarrollado en el Instituto Stowers de Investigación Médica diseñado para realizar grandes búsquedas en clústeres computacionales que tienen cientos de nodos. |
Inspeccionar | fuente abierta | Un algoritmo de búsqueda de alineación MS disponible en el Centro de Espectrometría de Masas Computacional de la Universidad de California, San Diego [9] |
Mascota | propiedad | Realiza análisis de datos de espectrometría de masas a través de una evaluación estadística de coincidencias entre fragmentos de péptidos observados y proyectados. [10] |
MassMatrix | freeware | MassMatrix es un algoritmo de búsqueda de bases de datos para datos espectrométricos de masas en tándem. Utiliza un modelo de puntuación probabilístico sensible a la precisión masiva para clasificar las coincidencias de péptidos y proteínas. |
MassWiz | fuente abierta | Algoritmo de búsqueda desarrollado en el Instituto de Genómica y Biología Integrativa disponible como una herramienta de línea de comandos de Windows. |
MS-GF + | fuente abierta | MS-GF + (también conocido como MSGF + o MSGFPlus) realiza la identificación de péptidos puntuando los espectros de MS / MS contra péptidos derivados de una base de datos de secuencias de proteínas. Es compatible con el archivo de entrada estándar HUPO PSI (mzML) y guarda los resultados en el formato mzIdentML, aunque los resultados se pueden transformar fácilmente a TSV. ProteomeXchange admite envíos de datos completos mediante los resultados de búsqueda de MS-GF +. Desarrollado en el Centro de Espectrometría de Masas Computacional de la Universidad de California, San Diego, con trabajo posterior en el Laboratorio Nacional del Noroeste del Pacífico (PNNL) |
MSFragger | freeware | Búsqueda rápida de bases de datos basada en indexación de iones de fragmentos eficiente Capaz de búsquedas abiertas (tolerantes a masas) para el descubrimiento de modificaciones postraduccionales , búsquedas de glicoproteómicas ligadas a O y N , búsquedas semi y no enzimáticas, además de las búsquedas tradicionales en bases de datos. Desarrollado en la Universidad de Michigan . [11] |
MyriMatch | fuente abierta | Programa de búsqueda de bases de datos desarrollado en el Vanderbilt University Medical Center diseñado para ejecutarse en un entorno de una sola computadora o en un grupo completo de nodos de procesamiento. [12] |
MS-LAMP | Fuente abierta | Un software independiente capaz de ayudar en la interpretación de datos de espectrometría de masas de lípidos de ionización por electropulverización (ESI) y / o desorción e ionización láser asistida por matriz (MALDI). [13] |
OMSSA | freeware | El algoritmo de búsqueda por espectrometría de masas abierta (OMSSA) es un motor de búsqueda eficaz para identificar espectros de péptidos MS / MS mediante la búsqueda de bibliotecas de secuencias de proteínas conocidas. OMSSA puntúa aciertos significativos con una puntuación de probabilidad desarrollada utilizando pruebas de hipótesis clásicas, el mismo método estadístico utilizado en BLAST. Se desarrolla en el Centro Nacional de Información Biotecnológica . [14] [15] |
PEAKS DB | propiedad | Motor de búsqueda de base de datos, que se ejecuta en paralelo con la secuenciación de novo para validar automáticamente los resultados de la búsqueda, lo que permite un mayor número de secuencias encontradas para una determinada tasa de falsos descubrimientos. Además de proporcionar una búsqueda de base de datos independiente, los resultados se pueden incorporar como parte de la herramienta de informes de consenso de múltiples motores del software (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB), inChorus. [16] La herramienta también proporciona una lista de secuencias identificadas exclusivamente por secuenciación de novo. |
pBuscar | freeware | pFind Studio es una solución computacional para proteómica basada en espectrometría de masas, que germinó en 2002 en el Instituto de Tecnología Informática, Academia China de Ciencias, Beijing, China. |
Fenix | propiedad | Desarrollado por Geneva Bioinformatics (GeneBio) en colaboración con el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB). Phenyx incorpora OLAV, una familia de modelos de puntuación estadística, para generar y optimizar esquemas de puntuación que pueden adaptarse a todo tipo de instrumentos, configuraciones instrumentales y tratamientos generales de muestras. [17] |
ProbID | fuente abierta | PI es una potente suite de análisis del espectro de masas en tándem. ProbID busca cubrir la necesidad de análisis profundo del espectro de masas en tándem, incluyendo las reglas de fragmentación, preferencia de clivaje, pérdidas neutrales, etc. Desarrollado en el Grupo de Bioinformática, Instituto de Tecnología Informática, Academia China de Ciencias, Beijing, China. [18] |
ProLuCID | freeware | ProLuCID es un programa de identificación de proteínas basado en espectros de masas en tándem rápido y sensible desarrollado recientemente por Tao Xu y otros en el laboratorio Yates del Instituto de Investigación Scripps. [19] |
Software ProteinPilot | propiedad | Utiliza el algoritmo de búsqueda de la base de datos Paragon que combina la generación de etiquetas de secuencia corta ('etiquetas') para el cálculo de valores de temperatura de secuencia y estimaciones de probabilidades de características para permitir la identificación de péptidos considerando cientos de modificaciones, escisiones no trípticas y sustituciones de aminoácidos. Utiliza el algoritmo Pro Group para el análisis de inferencia de proteínas para informar el conjunto mínimo de proteínas justificado en base a la evidencia de péptidos. Admite la cuantificación para flujos de trabajo basados en etiquetas (reactivos iTRAQ, reactivos mTRAQ y etiquetado SILAC). Una capa de traducción traduce los controles de la interfaz de usuario en el lenguaje del científico experimental de proteómica a parámetros informáticos complejos subyacentes. [20] |
Prospector de proteínas | fuente abierta | Protein Prospector es un paquete de unas veinte herramientas de análisis proteómico desarrolladas en la Universidad de California en San Francisco . El software de búsqueda por espectrometría de masas en tándem es Batch-Tag / Batch-Tag Web, con los resultados procesados y mostrados usando Search Compare. Utiliza sistemas de puntuación adaptados al instrumento y al modo de fragmentación para optimizar el análisis de diferentes tipos de datos de fragmentación. |
Redada | perdió | Desarrollado en el Centro Nacional de Información Biotecnológica, la Identificación Robusta y Precisa (RAId) [21] es un conjunto de herramientas proteómicas para analizar datos de espectrometría de masas en tándem con estadísticas precisas. [22] |
SEQUEST | propiedad | Identifica colecciones de espectros de masas en tándem para secuencias de péptidos que se han generado a partir de bases de datos de secuencias de proteínas . [23] |
SIMS | fuente abierta | SIMS (Sequential Interval Motif Search) es un diseño de herramienta de software para realizar búsquedas PTM sin restricciones sobre espectros de masas en tándem; los usuarios no tienen que caracterizar los PTM potenciales. En cambio, los usuarios solo necesitan especificar el rango de masa de modificación para cada aminoácido individual. [24] |
SimTandem | freeware | Un motor de búsqueda de bases de datos para la identificación de secuencias de péptidos a partir de datos LC / MS / MS; el motor se puede utilizar como una herramienta externa en OpenMS / TOPP. [25] |
SQID | fuente abierta | SeQuence IDentification (SQID) es un algoritmo de identificación de proteínas de intensidad incorporada para espectrometría de masas en tándem. |
X! Tándem | fuente abierta | Hace coincidir espectros de masas en tándem con secuencias de péptidos. |
WsearchVS2020 | freeware | Software de análisis de datos que puede mostrar espectros adquiridos en instrumentos comerciales de MS. También puede buscar / hacer coincidir la base de datos comercial NIST |
Algoritmos de secuenciación de novo
Los algoritmos de secuenciación de péptidos de novo se basan, en general, en el enfoque propuesto en Bartels et al. (1990). [26]
Nombre | Tipo | Descripción |
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CycloBranch | fuente abierta | Un motor de novo independiente, multiplataforma y de código abierto para la identificación de péptidos no ribosomales (lineales, cíclicos, ramificados y cíclicos de ramificación) a partir de espectros de iones de productos precisos. [27] |
DeNovoX | propiedad | Secuenciación de novo en espectros CID adquiridos con espectrómetros de masas con trampa de iones que entregan secuencias de péptidos completas y / o parciales (etiquetas de secuencia). [28] |
DeNoS | Secuenciación de péptidos utilizando toda la información de los espectros CAD y ECD; parte de la herramienta de software Proteinmatching Analysis Software (PAS) que a su vez forma parte del paquete de software Medicwave Bioinformatics Suite (MBS). [29] | |
Lutefisk | fuente abierta | Software para la interpretación de novo de espectros CID de péptidos. |
Novor | patentado, gratis para investigación académica | Motor de secuenciación de péptidos de novo en tiempo real que es rápido, preciso y fácil de integrar en las líneas de investigación. Novor puede secuenciar de novo más de 300 espectros MS / MS por segundo en una computadora portátil Macbook Pro. [30] |
PICOS | propiedad | La secuenciación de novo para cada péptido, las puntuaciones de confianza en las asignaciones de aminoácidos individuales con el modo asistido manualmente y la secuenciación de novo automatizada en un ciclo completo de LC procesaron datos más rápido que 1 espectro por segundo. [31] [32] |
Supernovo | propiedad | Una solución manos libres única para la secuenciación de novo de un extremo a otro de anticuerpos monoclonales |
Algoritmos de búsqueda de homología
Nombre | Tipo | Descripción |
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Homología MS | fuente abierta | MS-Homology es un programa de búsqueda de bases de datos dentro del paquete Protein Prospector que permite buscar con cadenas que combinan masas y tramos de aminoácidos, donde se puede especificar el número de desajustes de aminoácidos permitidos. |
ARAÑA | propiedad | El algoritmo SPIDER hace coincidir las etiquetas de secuencia con errores con las secuencias de la base de datos con el fin de identificar proteínas y péptidos y se puede utilizar junto con el software de análisis de datos de espectrometría de masas PEAKS. |
Cuantificación de péptidos MS / MS
Nombre | Tipo | Descripción |
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Software MarkerView | propiedad | Software comercial para análisis estadístico para conjuntos de datos de especificación de masa cuantitativos de aplicaciones de perfiles de metabolómica y proteómica. |
Destilador Mascot | propiedad | Software para preparación de picos y preprocesamiento de datos brutos. Tiene una caja de herramientas opcional para la cuantificación sin etiquetas, así como el etiquetado isobárico y el etiquetado isotópico . Admite formatos de archivo sin procesar de los principales proveedores de instrumentos. |
Mascot Server | propiedad | El motor de búsqueda admite la cuantificación basada en el etiquetado isobárico siempre que toda la información requerida sea parte del espectro MS / MS. |
MassChroQ | fuente abierta | Análisis de cuantificación de péptidos de diferentes métodos de etiquetado isotópico o sin etiqueta ( SILAC , ICAT, N-15, C-13…), funciona con sistemas de espectrómetro de alta y baja resolución, admite tratamientos de datos complejos como el fraccionamiento de péptidos o proteínas antes del análisis LC-MS (SCX, SDS-PAGE, etc.). |
MaxQuant | freeware | Proteómica cuantitativa de software desarrollado por Jürgen Cox y otros en el Instituto Max Planck de Bioquímica en Martinsried , Alemania escrito en C # que permite el análisis de libre etiqueta y SILAC proteómica experimentos basados. |
Software MultiQuant | propiedad | Puede procesar conjuntos de datos cuantitativos de los sistemas TripleTOF o QTRAP, incluidos MRM y SWATH Acquisition . |
OpenMS / TOPP | fuente abierta | Biblioteca de software C ++ para la gestión y análisis de datos LC-MS / MS que ofrece una infraestructura para el desarrollo de software relacionado con la espectrometría de masas. Permite péptido y cuantificación metabolito, apoyando etiqueta libre de cuantificación basado e isotópica de la etiqueta (tales como iTRAQ y TMT y SILAC ), así como dirigido SWATH-MS cuantificación. [33] |
OpenPIP | sitio web, acceso abierto | OpenPIP es una herramienta de acceso abierto basada en la web, desarrollada por InterVenn Biosciences para integrar los picos adquiridos en experimentos de monitoreo de reacciones múltiples (MRM). El software funciona con redes neuronales recurrentes y se entrenó en una colección masiva de picos cromatográficos anotados manualmente. |
ProtMax | freeware | ProtMAX [34] es una herramienta de software para analizar conjuntos de datos de espectrometría de masas de proteómica de escopeta, desarrollada por Volker Egelhofer en la Universidad de Viena. |
Espectronauta | propiedad | Software comercial para proteómica cuantitativa desarrollado por Biognosys AG (Schlieren, Suiza) basado en el algoritmo mProphet [35] que permite el análisis dirigido de conjuntos de datos de adquisición independiente de datos (DIA) para la cuantificación de péptidos sin etiqueta, también llamada adquisición SWATH. [36] |
Horizonte | fuente abierta | Software de cliente de Windows de código abierto (Apache 2.0) desarrollado en el laboratorio MacCoss de la Universidad de Washington [37] que admite la construcción de Monitoreo de reacciones seleccionadas (SRM) / Monitoreo de reacciones múltiples (MRM), Monitoreo de reacciones en paralelo (PRM - Targeted MS / MS), Adquisición independiente de datos (DIA / SWATH) y DDA dirigido con métodos cuantitativos MS1 y análisis de los datos resultantes del espectrómetro de masas. |
Software SWATH 2.0 | propiedad | Herramienta de procesamiento de software comercial dentro de PeakView que permite el procesamiento de datos específicos de los datos de adquisición SWATH . Usando una biblioteca de iones de proteína / péptido, se generan cromatogramas de iones extraídos de iones de fragmentos (XIC), se puntúan y se cuantifican los péptidos de la biblioteca. Después del análisis de tasa de descubrimiento falso (FDR), los resultados se filtran y los datos cuantitativos de péptidos / proteínas se pueden exportar para análisis estadístico. |
BACIQ | fuente abierta | BACIQ es un enfoque matemáticamente riguroso que integra intensidades de péptidos y concordancia de medición de péptidos en intervalos de confianza para las proporciones de proteínas (BACIQ). Las principales ventajas de BACIQ son: 1) elimina la necesidad de establecer un umbral de la señal del péptido informada en función de un límite arbitrario, lo que reporta más mediciones de un experimento dado; 2) la confianza se puede asignar sin repeticiones; 3) para experimentos repetidos, BACIQ proporciona intervalos de confianza para la unión, no la intersección, de proteínas cuantificadas; 4) para experimentos repetidos, los intervalos de confianza BACIQ son más predictivos que los intervalos de confianza basados en el acuerdo de medición de proteínas. |
Otro software
Nombre | Tipo | Descripción | |
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HI cuant | fuente abierta | Un modelo y algoritmo de primeros principios para cuantificar las estequiometrías de proteoformas a partir de datos ascendentes. [38] | |
TopFD | fuente abierta | TopFD (Detección de características espectrales de masas de arriba hacia abajo) es una herramienta de software para la deconvolución espectral de arriba hacia abajo y sucesora de MS-Deconv. Agrupa los picos espectrales de arriba hacia abajo en envolturas de isotopómeros y convierte las envolturas de isótopos en masas neutras monoisotópicas. Además, extrae características de proteoforma de datos LC-MS o CE-MS. | |
ArtIST por Clover Biosoft | propiedad | (Mecanografía de inteligencia artificial) MALDI-TOF MS Herramientas de análisis de datos y descubrimiento de biomarcadores, basadas en inteligencia artificial y algoritmos de aprendizaje automático. ArtIST es un servicio en línea. | |
Desarrollo de química avanzada | propiedad | Soluciones comerciales para la interpretación de datos MS y xC / MS con emparejamiento espectro / estructura, identificación de metabolitos conocidos y desconocidos, así como para la identificación de compuestos mediante comparación espectral. | |
Analista | propiedad | Software de AB Sciex, una división de The Danaher Corporation . | |
AnalyzerPro | propiedad | Una aplicación de software independiente del proveedor de SpectralWorks para procesar datos de espectrometría de masas. Puede procesar datos de GC-MS y LC-MS mediante el procesamiento de datos cualitativos y cuantitativos y se utiliza en metabolómica utilizando MatrixAnalyzer para la comparación de múltiples conjuntos de datos. Ampliado recientemente para incluir herramientas de visualización y análisis estadístico (PCA). AnalyzerPro XD es una versión de 64 bits que incluye soporte para procesamiento de datos bidimensionales como GCxGC-MS. | |
CFM-ID | fuente abierta | Software para predicción de espectros ESI-MS / MS in-silico, anotación de espectros MS / MS e identificación de compuestos basados en el espectro MS / MS. Desarrollado en Wishartlab [39] [40] [41] [42] | |
Chromeleon | propiedad | Software de Thermo Fisher Scientific utilizado con instrumentos de espectrometría de masas, así como con instrumentos de cromatografía. | |
Crosslinx | fuente abierta | Identifique péptidos reticulados de archivos mzML. Script de Python o ejecutables independientes para Linux y Windows. Viable para bases de datos más grandes con un enfoque de dos pasos. [43] | |
DeNovoGUI | fuente abierta | Software con una interfaz gráfica de usuario para ejecutar versiones paralelizadas de las herramientas de software de secuenciación de novo disponibles gratuitamente Novor y PepNovo +. [44] | |
Easotopo | fuente abierta | Software para archivar, organizar y analizar datos de espectrómetros de masas. Actualmente orientado al análisis de CO 2 agrupado , pero también útil para el trabajo de CO 2 a granel y expandible a otros sistemas isotópicos. | |
[El-MAVEN] | fuente abierta | Software de escritorio de Elucidata para procesar datos etiquetados LC-MS, GC-MS y LC-MS / MS en formatos abiertos (mzXML, mzML, CDF). El software tiene una interfaz gráfica y de línea de comandos con integración a una plataforma en la nube para almacenamiento y análisis adicionales como flujo relativo y cuantificación. [45] | |
ESIprot | Permite la determinación del estado de carga y el cálculo del peso molecular para datos de espectrometría de masas (MS) de ionización por electrospray (ESI) de baja resolución de proteínas. [46] | ||
Expresionista | propiedad | Una solución de software empresarial de Genedata para procesar, analizar y reportar datos de espectrometría de masas en áreas de aplicación tales como caracterización bioterapéutica, monitoreo de calidad y aplicaciones relacionadas de proteómica y metabolómica. | |
KnowItAll Software de espectroscopia y biblioteca espectral de masas | propiedad | Software de Wiley con soluciones para espectrometría de masas que incluyen: análisis espectral, búsqueda de bases de datos (espectro, estructura, pico, propiedad, etc.), procesamiento, creación de bases de datos (MS o técnicas múltiples, incluidas IR, Raman, NMR, UV, cromatogramas), espectrales resta, además de herramientas para generar informes y dibujar la estructura de ChemWindow . | |
LabSolutions LCMS | propiedad | Software de Shimadzu Corporation utilizado con instrumentos de espectrometría de masas y HPLC. | |
Masa ++ | fuente abierta | Software de análisis para espectrometría de masas que puede importar y exportar archivos con formatos abiertos (mzXML, mzML) y cargar algunos formatos de proveedores de instrumentos; los usuarios pueden desarrollar y agregar funciones originales como complementos Mass ++. | |
MassBank.jp | sitio web | sitio web alojado por el Instituto de Biociencias Avanzadas, en la Universidad de Keio , ciudad de Tsuruoka , Yamagata , Japón con datos de espectrometría de masas para compuestos orgánicos. | |
MassBank.eu | sitio web | Servidor MassBank europeo. El sitio web es mantenido y alojado por el Centro Helmholtz de Investigación Ambiental (Leipzig, Alemania). | |
MassBank | fuente abierta | Sitio web de desarrollo de MassBank y RMassBank proporcionado por el consorcio MassBank. Los datos de MassBank se comparten bajo una licencia Creative Commons. | |
MassCenter | propiedad | Software de JEOL utilizado con instrumentos de espectrometría de masas. | |
Frontera de masas | propiedad | Software de HighChem utilizado para la interpretación y gestión de espectros de masas de moléculas pequeñas. | |
MassLynx | propiedad | Software de Waters Corporation . | |
MassMap | propiedad | Paquete de software de uso general para la evaluación automatizada de datos de MS de MassMap GmbH & Co. KG , adecuado para datos de LC / MS y GC / MS de todo tipo de moléculas, el análisis de espectros de masas intactos de proteínas, el análisis de experimentos generales de HDX y el análisis de fragmentos HDX de péptidos, con un método particular para la identificación de componentes inesperados / desconocidos incluso en mezclas muy complejas. | |
Mass-Up | fuente abierta | Utilidad para proteómica diseñada para admitir el preprocesamiento y análisis de datos de espectrometría de masas MALDI-TOF que carga datos de archivos mzML, mzXML y CSV y permite a los usuarios aplicar corrección de línea base, normalización, suavizado, detección de picos y coincidencia de picos. Además, permite la aplicación de diferentes métodos estadísticos y de aprendizaje automático a los datos preprocesados para el descubrimiento de biomarcadores, la agrupación no supervisada y la clasificación de muestras supervisada. [47] | |
massXpert | GPL de código abierto | Software basado en interfaz gráfica de usuario (GUI) para simular y analizar datos espectrométricos de masas obtenidos en secuencias conocidas de biopolímeros. [48] Sucesor de polyxmass. Un programa del paquete de software msxpertsuite.org . | |
fósforos | fuente abierta | Biblioteca de Python para importar, limpiar, procesar y comparar cuantitativamente los espectros de MS / MS. Desarrollado en el Centro de eScience de los Países Bajos . [49] | |
METASPACIO | gratis y de código abierto | Plataforma en la nube para la identificación de metabolitos y lípidos, y base de conocimiento de metabolomas espaciales poblada por la comunidad, con miles de conjuntos de datos públicos compartidos por los usuarios: metaspace2020.eu . También proporciona capacidades para la visualización, el intercambio y la publicación de datos en línea. | |
Plataforma tecnológica y de base de datos METLIN | propiedad | Creado en 2003, METLIN ahora incluye más de un millón de moléculas que van desde lípidos, esteroides, metabolitos de plantas y bacterias, péptidos pequeños, carbohidratos, fármacos / metabolitos exógenos, metabolitos de carbono central y tóxicos. Los metabolitos y otras moléculas pequeñas se han analizado individualmente para proporcionar datos empíricos e in silico de EM / EM. | |
mineXpert | GPL de código abierto | Software basado en interfaz gráfica de usuario (GUI) para visualización / minería de datos espectrales de masas. Admite espectrometría de masas de movilidad iónica. [50] Un programa del paquete de software msxpertsuite.org . | |
mMass | fuente abierta | Paquete multiplataforma de herramientas para el análisis e interpretación de datos de espectrometría de masas escrito en Python (no más desarrollado). | |
MolAna | MolAna fue desarrollado por Phenomenome Discoveries Inc, (PDI) para su uso en el analizador molecular 3Q de IONICS Mass Spectrometry Group, espectrómetro de masas de triple cuadrupolo | ||
ms2mz | freeware | Utilidad para convertir entre formatos de archivo de espectrómetro de masas, por ejemplo, para convertir archivos binarios patentados a archivos de lista de picos MGF para preparar archivos para cargarlos en Proteome Cluster. | |
MSGraph | fuente abierta | ||
MSight | freeware | Software para imágenes de espectrometría de masas desarrollado por el Instituto Suizo de Bioinformática . [51] | |
MSiReader | freeware | Interfaz neutra del proveedor construida sobre la plataforma Matlab diseñada para ver y realizar análisis de datos de imágenes de espectrometría de masas (MSI). [52] Matlab no está obligado a utilizar MSiReader. | |
mspire | fuente abierta | Caja de herramientas para desarrolladores de informática de espectrometría de masas escrita en rubí que incluye un lector / escritor mzML, digestión in-silico y cálculo de patrones isotópicos, etc .; submódulos como mspire-lipidomics, mspire-sequest y mspire-simulator amplían la funcionalidad. [53] | |
MSqRob | fuente abierta | Paquete R con interfaz gráfica de usuario para un análisis robusto de abundancia diferencial de datos proteómicos cuantitativos sin etiquetas. [54] [55] [56] | |
Multimagen | propiedad | Software para imágenes de espectrometría de masas diseñado para normalizar, validar e interpretar imágenes de MS. | |
caja de herramientas multiMS | fuente abierta | ms-alone y multiMS-toolbox es una cadena de herramientas para la extracción de picos de datos de espectrometría de masas y el análisis estadístico. | |
mzCloud | sitio web | Base de datos de espectros de masas basada en la web que comprende una colección de datos de espectrometría de masas en tándem de alta y baja resolución adquiridos en diversas condiciones experimentales. | |
MZmine 2 | fuente abierta | Un software de código abierto para el procesamiento de datos de espectrometría de masas, con el enfoque principal en datos LC-MS. | |
Proteómica OmicsHub | OmicsHub Proteomics combina un LIMS para la gestión de información de especificación masiva con funcionalidades de análisis de datos en una plataforma. | ||
OpenChrom | fuente abierta | Software de cromatografía y espectrometría de masas que se puede ampliar mediante complementos y está disponible para varios sistemas operativos (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) y arquitecturas de procesador (x86, x86_64, ppc). con convertidores para el acceso nativo de varios archivos de datos, por ejemplo, convertidores para formatos de archivo mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan y Varian. | |
ORIGAMI | fuente abierta | Paquete de software para el análisis de conjuntos de datos de espectrometría de masas y espectrometría de masas de movilidad iónica. ORIGAMI se desarrolló originalmente para mejorar los flujos de trabajo de análisis de conjuntos de datos activados de IM-MS / despliegue inducido por colisión (CIU) y permitir una visualización perfecta de los resultados. Recientemente, ORIGAMI se modificó para aceptar mejor los no centrados en MS y permite la visualización de resultados de otras fuentes, así como también permite exportar todos los resultados en un formato interactivo donde el usuario puede compartir cualquier conjunto de datos y visualizar en un navegador de Internet. [57] | |
PatternLab | freeware | Software para el posanálisis de los resultados de búsqueda de bases de datos SEQUEST, ProLuCID o Comet filtrados por DTASelect o Census. [58] | |
pyOpenMS | fuente abierta | pyOpenMS es una biblioteca de Python de código abierto para espectrometría de masas, específicamente para el análisis de datos de proteómica y metabolómica en Python. | |
SIM-XL | freeware | La máquina de identificación de espectro para péptidos reticulados (SIM-XL) es un motor de búsqueda XL rápido y sensible que forma parte de PatternLab para entornos proteómicos, para analizar datos de espectrometría de masas en tándem derivados de péptidos reticulados. [59] | |
Pavo real | fuente abierta | Aplicación para Mac OS X desarrollada por Johan Kool que se puede utilizar para interpretar archivos de datos de cromatografía de gases / espectrometría de masas (GC / MS). | |
PeakInvestigator | propiedad | Mejora de resolución efectiva de 3-4 veces en el posprocesamiento de la salida de datos de perfil sin procesar de especificaciones masivas. El software de procesamiento de señales avanzado Veritomyx para la detección de picos, la deconvolución y el centroide de datos de especificación de masa de perfil sin procesar revela múltiples picos ocultos en datos superpuestos. Características notables: mejoras de orden de magnitud en la precisión de masa y abundancia para picos deconvolucionados; línea de base dinámica local; el algoritmo de umbral avanzado aumenta la sensibilidad en un amplio rango dinámico; basado en estadísticas y completamente automatizado (sin variación de usuario a usuario). Las listas de masas resultantes más completas y precisas facilitan la determinación posterior más rápida y rentable de las identificaciones biomoleculares correctas. | |
Pináculo | Propiedad | Desde la cuantificación integral de muchos miles de proteínas en cientos de muestras utilizando DDA, DIA, PRM o SRM con estadísticas e interpretación biológica completamente integradas, hasta una rutina completa de identificación de glicoproteínas ligadas a N, hasta un análisis muy profundo en la caracterización de proteínas, que incluye mapeo de péptidos, búsqueda tolerante a errores y análisis de disulfuro, todo esto está disponible en un solo software. El análisis de cientos de muestras presenta grandes desafíos de variación de LC y MS cuando se ejecutan durante meses de adquisición, y el software puede corregir esto automáticamente. Las capacidades de visualización, edición y anotación se pueden adaptar para que estén en el nivel alto de proteínas o en un nivel mucho más bajo de transiciones o isótopos. | |
PIQMIe | web | El servicio de integración y gestión de datos de identificaciones / cuantificaciones de proteómica es una herramienta basada en la web que ayuda en la gestión, análisis y visualización de datos fiables y escalables de experimentos de proteómica semicuantitativos ( SILAC ). [60] | |
POTAMOS | fuente abierta | Aplicación web que proporciona datos de espectrometría de masas calculados independientemente de la instrumentación centrada en una conocida familia de proteínas de histonas cuyas PTM se cree que desempeñan un papel crucial en la regulación génica; calcula el tipo, el número y las combinaciones de los posibles PTM correspondientes a una determinada secuencia de péptidos y una determinada masa. | |
ProMass | propiedad | ProMass es un paquete de software automatizado de desconvolución y generación de informes de biomoléculas que se utiliza para procesar datos ESI / LC / MS o espectros de masas ESI individuales. Utiliza el novedoso algoritmo de deconvolución, ZNova, para producir espectros de masas deconvolucionados libres de artefactos. ProMass está disponible actualmente para las plataformas Thermo, Waters y Shimadzu. También está disponible en un formato de navegador "ligero" llamado ProMass para la Web que no requiere ninguna instalación o descarga de software. | |
PROTRAWLER | Aplicación de reducción de datos LC / MS que lee datos de proveedores de espectrometría de masas sin procesar (de una variedad de compañías de instrumentos reconocidas) y crea listas de tripletes de {masa, tiempo de retención, intensidad de señal integrada} que resumen el cromatograma LC / MS. | ||
ProteoIQ | propiedad | Software para el análisis posterior de los resultados de búsqueda de la base de datos Mascot, SEQUEST o X! Tandem. [61] [62] [63] | |
Proteomático | Freeware | Pipeline de procesamiento de datos creado con el propósito de evaluar experimentos de proteómica espectrométrica de masas. [64] | |
ProteómicaHerramientas | fuente abierta | Software para el posanálisis del resultado de búsqueda de la base de datos MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda o Percolator. [sesenta y cinco] | |
ProteoWizard | fuente abierta | Biblioteca de enlaces y herramientas que son un conjunto de bibliotecas de software y herramientas multiplataforma de código abierto modulares y extensibles que facilitan el análisis de datos proteómicos. | |
ProteoWorker | propiedad | Software basado en la nube para el análisis de datos proteómicos, incluidos COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet y amplias herramientas de clasificación, filtrado y anotación de datos. | |
Provisión | fuente abierta | Software basado en la nube escrito en R para analizar datos de proteómica generados por MaxQuant. Este software está orientado al análisis de datos de cuantificación diferencial y proporciona herramientas y opciones de visualización para facilitar el análisis. Es posible procesar datos sin etiquetas y etiquetados en masa en tándem. [66] | |
pymzML | fuente abierta | Módulo de Python para interconectar datos mzML en Python basado en cElementTree con herramientas adicionales para MS-informática. [67] | |
Pyteomics | fuente abierta | Un marco de Python para el análisis de datos proteómicos. [68] | |
Quantem | Software para cuantificación ESI-MS sin estándares analíticos. Desarrollado en Kruvelab , distribuido por Quantem Analytics | ||
Quantinetix | propiedad | Software para imágenes de espectrometría de masas diseñado para cuantificar y normalizar imágenes MS en varios tipos de estudios que es compatible con una variedad de instrumentos MSI, incluidos Bruker, Sciex, Thermo y con iMZML. | |
Complemento de Excel de Rational Numbers | propiedad | Herramienta de identificación de novo para moléculas pequeñas que funciona con Microsoft Excel 2010, Excel 2013, Excel 2016 y Excel 2019. Este software trata las moléculas pequeñas como particiones matemáticas de la masa molecular y genera fórmulas de subfragmentos con átomos que son conjuntos de particiones que comprenden la masa molecular. fórmula. | |
Números racionales SPS | propiedad | Identificación de moléculas pequeñas mediante la comparación de datos de fragmentación de masa precisos con una base de datos de 250000 moléculas representadas como particiones matemáticas de las masas moleculares exactas. SPS (Similar Partition Searching) está diseñado para analizar y resumir rápidamente múltiples conjuntos de datos cromatográficos MS / MS adquiridos por DDA (adquisición dependiente de datos). | |
REGATA | Aplicación de comparación de listas LC / MS que funciona con ProTrawler (pero acepta entradas en formato Excel / CSV) para proporcionar un entorno para el filtrado de listas de resultados LC / MS y listas de normalización {masa, tiempo de retención, intensidad integrada}. | ||
RemoteAnalyzer | propiedad | Software de SpectralWorks para soluciones basadas en cliente / servidor de 'acceso abierto' independientes del proveedor para proporcionar un sistema de datos LC-MS y GC-MS de uso inmediato; control de instrumentos y soporte de procesamiento de datos para hardware de múltiples proveedores. También admite instrumentación y procesamiento de datos de RMN. | |
Andamio | propiedad | Conjunto de herramientas de proteómica para analizar espectros, péptidos y proteínas en múltiples muestras. | |
SO SCIEX | propiedad | Software de próxima generación de SCIEX que controla los espectrómetros de masas de la serie X y admite el análisis de datos adquiridos mediante el paquete de software Analyst. | |
Laboratorio SCiLS | propiedad | Software de varios proveedores para el análisis estadístico de datos de imágenes de espectrometría de masas. | |
SimGlycan | propiedad | Predice la estructura de glucanos y glucopéptidos utilizando datos de espectrometría de masas MS / MS. | |
SIMION | propiedad | Programa de simulación de óptica iónica | |
Espectrolizador | Spectrolyzer es un paquete de software basado en Microsoft Windows que proporciona herramientas de análisis de datos bioinformáticos para diferentes espectrómetros de masas que se enfoca en encontrar biomarcadores de proteínas y detectar desviaciones de proteínas. | ||
Espectromanía | propiedad | Software para análisis y visualización de datos espectrométricos de masas. [69] | |
StavroX | freeware | Software para identificar péptidos reticulados a partir de datos de espectrometría de masas escritos en Java que se pueden utilizar para una amplia variedad de reticuladores y proteasas utilizados en el experimento de reticulación MS; compara las combinaciones de enlaces cruzados péptido-péptido teóricas para las proteínas analizadas con los datos de MS / MS. [70] | |
Ábaco de masa suizo | fuente abierta | Swiss Mass Abacus es una calculadora de masas de péptidos y glicopéptidos. Se mantiene a propósito tan simple como una calculadora básica que ejecuta operaciones aritméticas. | |
TOF-DS | propiedad | Software de Markes International utilizado con espectrómetros de masas de tiempo de vuelo BenchTOF | |
TurboMass | propiedad | Software GC / MS de PerkinElmer . | |
Oleoducto trans-proteómico (TPP) | fuente abierta | Trans-Proteomic Pipeline (TPP) es una colección de herramientas integradas para la proteómica de MS / MS que incluye PeptideProphet para la validación estadística de PSM usando los resultados del motor de búsqueda, iProphet para la validación de secuencias de péptidos distintos, usando los resultados de PeptideProphet (también puede combinar los resultados de múltiples motores de búsqueda) y ProteinProphet para la identificación y validación de proteínas, utilizando los resultados de PeptideProphet o iProphet. TPP también realiza la cuantificación de proteínas con XPRESS (cálculo de abundancias relativas de péptidos y proteínas a partir de muestras MS / MS marcadas con isótopos), ASAPRatio (análisis estadístico automatizado de la proporción de proteínas; una alternativa a XPRESS) y Libra (cuantificación de muestras marcadas isobáricamente (p. Ej. iTraq, TMT, etc.) para cualquier número de canales). El TPP actualmente es compatible con Sequest, Mascot, ProbID, X! Tandem, Comet, SpectraST, MSGF +, Inspect, MyriMatch y Phenyx. Desarrollado en el Seattle Proteomic Center (SPC). [71] [72] | |
Calculadora de masa universal | Universal Mass Calculator (UMC) para Windows escrito en C ++ es una caja de herramientas patentada para calcular información relevante a partir de fórmulas de suma, por ejemplo, distribución de isótopos, diferencias de masa, desviaciones de masa e información de masa / isótopo de los elementos, grado de deuteración. | ||
VÍBORA | Análisis de masa precisa y análisis del tiempo de retención de cromatografía de las características de LC-MS (enfoque preciso de etiquetas de masa y tiempo). [73] | ||
Xcalibur | propiedad | Software de Thermo Fisher Scientific utilizado con instrumentos de espectrometría de masas. | |
XCMS en línea (basado en la nube) | propiedad | La plataforma de procesamiento de datos lipidómicos y metabolómicos más ampliamente disponible y disponible de forma gratuita con más de 21.000 usuarios a partir de 2017. |
Ver también
- Formato de datos de espectrometría de masas : para obtener una lista de visores de datos de espectrometría de masas y convertidores de formato.
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
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enlaces externos
- Software de espectrometría de masas en Curlie