La base de datos MetaCyc es una de las bases de datos de enzimas y rutas metabólicas más grandes disponibles en la actualidad. Los datos de la base de datos se seleccionan manualmente de la literatura científica y cubren todos los dominios de la vida. MetaCyc tiene amplia información sobre compuestos químicos, reacciones, vías metabólicas y enzimas. Los datos han sido seleccionados de más de 58.000 publicaciones. [1] [2] [3]
Contenido | |
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Descripción | Base de datos de enzimas y vías metabólicas |
Contacto | |
Centro de Investigación | SRI Internacional |
Autores | R. Caspi, H. Foerster, CA Fulcher, LA Mueller, Peter Karp |
Cita primaria | Caspi y col. (2014) [1] |
Fecha de lanzamiento | 1997 |
Acceso | |
Sitio web | metacyc |
MetaCyc ha sido diseñado para múltiples tipos de usos. A menudo se utiliza como una extensa enciclopedia en línea del metabolismo. Además, MetaCyc se utiliza como un conjunto de datos de referencia para predecir computacionalmente la red metabólica de organismos a partir de sus genomas secuenciados; se ha utilizado para realizar predicciones de rutas para miles de organismos, incluidos los de la colección de bases de datos BioCyc . MetaCyc también se utiliza en ingeniería metabólica e investigación en metabolómica .
MetaCyc incluye mini revisiones de vías y enzimas que brindan información de antecedentes, así como referencias bibliográficas relevantes. También proporciona datos extensos sobre enzimas individuales, que describen su estructura de subunidades, cofactores, activadores e inhibidores, especificidad de sustrato y, cuando están disponibles, constantes cinéticas. Los datos de MetaCyc sobre metabolitos incluyen estructuras químicas, energía estándar de formación prevista y enlaces a bases de datos externas. Las reacciones en MetaCyc se presentan en una pantalla visual que incluye las estructuras de todos los componentes. Las reacciones están equilibradas e incluyen números de CE, dirección de reacción, asignaciones de átomos pronosticados que describen la correspondencia entre los átomos en los compuestos reactivos y los compuestos del producto, y energía libre de Gibbs calculada .
Se puede hacer clic en todos los objetos de MetaCyc y proporcionan un fácil acceso a los objetos relacionados. Por ejemplo, la página de L-lisina enumera todas las reacciones en las que participa la L-lisina, así como las enzimas que las catalizan y las vías en las que tienen lugar estas reacciones.
Referencias
- ^ a b Caspi R, Altman T, Billington R, Dreher K, Foerster H, Fulcher CA, Holland TA, Keseler IM, Kothari A, Kubo A, Krummenacker M, Latendresse M, Mueller LA, Ong Q, Paley S, Subhraveti P , Weaver DS, Weerasinghe D, Zhang P, Karp PD (enero de 2014). "La base de datos MetaCyc de rutas metabólicas y enzimas y la colección BioCyc de bases de datos Pathway / Genome" . Ácidos nucleicos Res . 38 (Problema de la base de datos): D473–9. doi : 10.1093 / nar / gkp875 . PMC 2808959 . PMID 19850718 .
- ^ "Publicaciones MetaCyc" .
- ^ Karp PD, Caspi R (septiembre de 2011). "Una encuesta de bases de datos metabólicas haciendo hincapié en la familia MetaCyc" . Arco. Toxicol . 85 (9): 1015–33. doi : 10.1007 / s00204-011-0705-2 . PMC 3352032 . PMID 21523460 .