Durante el período previo a la Guerra Civil estadounidense , la propuesta de secesión de Missouri de la Unión fue controvertida debido al estatus en disputa del estado. La convención del estado de Missouri votó en marzo de 1861, por 98 a 1, en contra de la secesión, y fue un estado fronterizo hasta que abolió la esclavitud en enero de 1865. Missouri fue reclamado tanto por la Unión como por la Confederación , tenía dos gobiernos estatales rivales (su estado confederado “gobierno” en el exilio, que opera desde el norte de Texas), y envió representantes tanto al Congreso de los Estados Unidos como al Congreso Confederado .
A pesar de las amenazas esporádicas de los ejércitos irregulares pro-confederados y de la Confederación que controlaba el sur de Missouri al principio de la guerra, el gobierno de la Unión había establecido un control permanente de Missouri en 1862, y el gobierno confederado de Missouri funcionó sólo como un gobierno en el exilio durante el resto del tiempo. de la guerra después de haber sido expulsado del estado.
Después de las elecciones de 1860 , el gobernador de Missouri fue Claiborne Fox Jackson , un simpatizante del Sur que estaba a favor de la secesión. En su toma de posesión, durante la llamada Secesión, Winter Jackson había solicitado la autorización de una convención constitucional estatal para considerar la relación entre Missouri y el gobierno federal. Un referéndum especial aprobó la Convención Constitucional de Missouri y se eligieron delegados. Contrariamente a las expectativas de Jackson, no se eligió ningún delegado secesionista declarado. En febrero, Jackson defendió sin éxito la secesión de Missouri ante la Convención Constitucional del Estado convocada para debatir la cuestión bajo el liderazgo del ex gobernador Sterling Price . La mayor parte de Missouri, como Price, tenía creencias "unionistas condicionales" en ese momento, lo que significa que no favorecían la secesión ni apoyaban a los Estados Unidos en la guerra contra la Confederación. Votaron en contra de la secesión el 1 de marzo de 1861. [ cita necesaria ]
A principios de febrero, el capitán del ejército de los Estados Unidos , Nathaniel Lyon , fue trasladado a Missouri y destinado en el Arsenal de St. Louis . El arsenal estaba bajo el mando del mayor Brevet Peter V. Hagner y supervisado por el general de brigada William S. Harney , comandante del Departamento del Oeste del ejército estadounidense . Ambos hombres fueron considerados moderados en las cuestiones de la esclavitud y el conflicto seccional por la administración del presidente James Buchanan , partidario de la esclavitud y simpatizante del sur . Ambos hombres creían que una política de apaciguamiento mantendría a Missouri en la Unión, y Harney en particular tenía profundos vínculos con la élite de Missouri a través de la familia de su esposa. Lyon, por otro lado, creía que el conflicto era inevitable en Missouri y que el apaciguamiento era un error peligroso. Llegó a este puesto a partir de su experiencia con la violencia llevada a cabo por los "rufianes fronterizos" de Missouri durante el Kansas sangriento .
El Arsenal de St. Louis, que contenía uno de los mayores depósitos de suministros militares de Occidente , era de gran importancia estratégica para cualquier conflicto venidero en el estado. Durante el invierno de la secesión, varios estados del sur se separaron de la Unión. Además, estos estados comenzaron a apoderarse de las instalaciones militares federales dentro de sus fronteras, tomando las armas y la artillería que se encontraban dentro de ellas. Si bien Missouri votó a favor de no secesionarse, muchos en el estado estaban a favor de la secesión y Lyon temía que el Arsenal estuviera demasiado mal defendido para resistir un intento de tomarlo si se hacía. Con el objetivo de aumentar el número de tropas de la Unión que podían ser llamadas a defender el Arsenal, a principios de marzo de 1861 Lyon comenzó a entrenar y ayudar a armar en secreto una milicia pro-Unión. Esta milicia estaba compuesta principalmente por inmigrantes alemanes antiesclavistas y miembros pro republicanos del capítulo de St. Louis de Wide Awakes . Lyon contó con el apoyo del congresista Frank Blair , un aliado de Abraham Lincoln , con poderosas conexiones con el presidente entrante a través de su hermano Montgomery Blair .