El consorcio myGrid produce y utiliza un conjunto de herramientas diseñadas para "ayudar a los científicos electrónicos a seguir adelante con la ciencia y a los científicos". Las herramientas apoyan la creación de laboratorios electrónicos y se han utilizado en dominios tan diversos como biología de sistemas , ciencias sociales , música , astronomía , [1] multimedia y química . [2] [3]
Formación | 2001 |
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Tipo | Organización de e-Science |
Propósito | Desarrollo de herramientas de software para científicos |
Localización | |
Investigador principal | Carole Goble |
Sitio web | www |
El consorcio está dirigido por Carole Goble del Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Manchester , Reino Unido.
Herramientas producidas y utilizadas por myGrid
Las herramientas desarrolladas por el consorcio myGrid incluyen:
- El banco de trabajo Taverna para diseñar, editar y ejecutar flujos de trabajo científicos [4] [5] [6]
- myExperiment para compartir flujos de trabajo y datos relacionados [7]
- BioCatalogue un registro público de servicios web para científicos biológicos [8]
- Seek [9] [10] producido en colaboración con SysModb: Base de datos de Biología de Sistemas de Microorganismos [11] [12] Encontrar, compartir e intercambiar datos, modelos y procesos en Biología de Sistemas
- MethodBox [13] [14] Examine conjuntos de datos y comparta conocimientos.
- RightField [15] [16] Compartir el significado de sus datos mediante la incorporación de anotaciones de ontología en hojas de cálculo
- La base de datos del riñón y la vía urinaria (KUPKB) [17] [18] [19]
- Flujos de trabajo para siempre (wf4ever) [20] [21] Preservación del flujo de trabajo científico
Historia
El consorcio tiene tres fases distintas:
Fase 1
El consorcio se formó en 2001 y reunió a colaboradores de las universidades de Manchester , Southampton , Newcastle , Nottingham y Sheffield , el Laboratorio Europeo de Biología Molecular - Instituto Europeo de Bioinformática [22] (EMBL-EBI) en Cambridge, y socios industriales GlaxoSmithKline , Merck KGaA , AstraZeneca , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics y Cerebra, (anteriormente Network Inference). El Consejo de Investigación de Ingeniería y Ciencias Físicas del Reino Unido financió la primera fase del proyecto con 3,5 millones de libras esterlinas. [23]
Hasta la fecha, el desarrollo de Grid se ha centrado en los problemas básicos de almacenamiento, computación y gestión de recursos necesarios para hacer que la información y las herramientas de una comunidad científica global sean accesibles en un entorno de alto rendimiento. Sin embargo, desde el punto de vista de la e-ciencia, el propósito de Grid es brindar un entorno colaborativo y de apoyo que permita a los científicos distribuidos geográficamente lograr los objetivos de investigación de manera más efectiva. MyGrid diseñará, desarrollará y demostrará funcionalidades de nivel superior sobre una infraestructura Grid existente que ayudará a los científicos a hacer uso de recursos distribuidos complejos.
El proyecto ha desarrollado un banco de trabajo de e-Science llamado Taverna [4] [5] [6] que admite:
- el proceso científico de investigación experimental, acumulación de evidencias y asimilación de resultados;
- el uso que hace el científico de la información de la comunidad; y
- colaboración científica, permitiendo agrupaciones dinámicas para abordar problemas de investigación emergentes.
El proyecto myGrid también ha desarrollado myExperiment para permitir el intercambio de flujos de trabajo científicos de Taverna y otros sistemas de flujo de trabajo científico .
El banco de trabajo Taverna apoya a los científicos individuales al proporcionar instalaciones de personalización relacionadas con la selección de recursos, la gestión de datos y la implementación de procesos. La actividad de diseño y desarrollo será informada y evaluada utilizando problemas en bioinformática, que se caracteriza por una comunidad altamente distribuida, con muchos recursos de herramientas compartidos. myGrid desarrollará dos entornos de aplicación, uno que respalde a los científicos individuales en el análisis de datos genómicos funcionales y otro que respalde la anotación de una base de datos de patrones . Ambas tareas requieren representación explícita y promulgación de procesos científicos, y tienen requisitos de desempeño desafiantes.
Fase 2
En la fase 2, de 2006 a 2009, el consorcio está financiado por £ 2 millones [24] como parte del Open Middleware Infrastructure Institute . La membresía del consorcio se concentró en la Universidad de Manchester y EMBL-EBI .
Fase 3
En diciembre de 2008, el Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas del Reino Unido aprobó la propuesta de subvención de renovación del equipo. La subvención es de £ 1,15 millones [25] y comenzó en enero de 2009. Los miembros del equipo myGrid para la Fase 3 son la Universidad de Manchester y la Universidad de Southampton . El proyecto se organiza en torno a 4 temas: Gestión del conocimiento para la ciencia electrónica, Gestión de metadatos en los laboratorios electrónicos, Diseño del flujo de trabajo científico, Gestión y puesta en práctica, y Computación social para científicos electrónicos. El tema de Computación Social se orienta en torno al entorno de investigación virtual myExperiment [7] (VRE) para la curación social y el intercambio de objetos de investigación científica .
Referencias
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