La base de datos de epigenómica del Centro Nacional de Información Biotecnológica era una base de datos para conjuntos de datos de epigenética de genoma completo . [1] Se retiró el 1 de junio de 2016.
Contenido | |
---|---|
Descripción | conjuntos de datos epigenómicos . |
Contacto | |
Centro de Investigación | Centro Nacional de Información Biotecnológica |
Autores | Ian M Fingerman |
Cita primaria | Fingerman y col. (2011) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2010 |
Acceso | |
Sitio web | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics |
La base de datos de epigenómica
La base de datos de epigenómica del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) se lanzó en junio de 2010 como un medio para recopilar mapas de modificaciones epigenéticas y su aparición en todo el genoma humano. [2] Esta base de datos proporciona un recurso disponible públicamente para mapas en células madre y tejidos primarios ex vivo que detallan paisajes de factores epigenéticos de todo el genoma que ocurren en el desarrollo humano y las enfermedades. [1]
Contenido de la base de datos de epigenómica
Los recursos principales para el contenido de la base de datos de epigenómica se derivan de dos bases de datos de archivo en el NCBI: The Gene Expression Omnibus (GEO) y Sequence Read Archive (SRA). [1] El Gene Expression Omnibus es un sistema de datos para datos genómicos de alto rendimiento que se generan a partir de microarrays y tecnologías de secuenciación de próxima generación. [3] Los datos utilizados en la base de datos de epigenómica son una combinación de subconjuntos de GEO y SRA que son específicos de los factores epigenéticos. Estos datos se someten a una revisión adicional y se organizan de una manera más fácil de obtener antes de agregarlos a la base de datos Epigenomics. [1]
Uso de la base de datos
Todos los experimentos y las muestras correspondientes en la base de datos de Epigenomics se muestran en el navegador predeterminado. En octubre de 2013, actualmente hay 4112 experimentos y 1257 muestras disponibles en la base de datos. [4] Cinco especies estudiadas están representadas en la base de datos, y hay muchas pistas de datos disponibles que incluyen expresión de ARN micro y pequeños, modificación de histonas y enzimas modificadoras de histonas, accesibilidad a la cromatina y factores asociados a la cromatina y factores de transcripción. [1] Un ejemplo de la base de datos es un estudio de ciertos factores epigenéticos en Drosophila melanogaster en la etapa embrionaria de desarrollo de 20 a 24 horas. [5]
El navegador de la base de datos de Epigenomics contiene dos registros de búsqueda fundamentales, "Experimentos" y "Muestras".
Búsqueda de experimentos
El registro de búsqueda de experimentos se refiere a uno o más experimentos con un conjunto de objetivos científicos. [1] Aquí un usuario puede recuperar información completa de la fuente de datos. Esta información incluye la institución del remitente, enlaces a las presentaciones de datos originales en GEO y SRA, enlaces a citas bibliográficas en PubMed y / o artículos de texto completo en Pubmed. [1] Los registros de experimentos contienen un número de acceso único que incluye un prefijo 'ESS'. [1]
Búsqueda de muestra
El registro de búsqueda de muestra corresponde al material biológico examinado en un experimento dado en la base de datos y proporciona detalles sobre los atributos de origen con valores de vocabularios controlados. [1] Hay más de 20 campos de atributos biológicos disponibles, y entre estos campos se incluyen cepa, cultivo, ecotipo, individuo, género, edad, etapa de desarrollo, línea celular, tipo de célula, tipo de tejido y estado de salud. [1]
Hay muchos recursos disponibles en línea para ayudar a navegar y usar la base de datos de Epigenomics. La sección "Ayuda de epigenética" del manual de ayuda de NCBI contiene información sobre la base de datos de búsqueda y proporciona al usuario herramientas para usar, administrar, descargar y cargar y navegar por la base de datos. [6] También hay guías para la navegación de la base de datos dirigidas a investigadores y campos de estudio específicos, como la investigación con células madre. [7]
Proyecto Roadmap Epigenomics
En 2007, los Institutos Nacionales de Salud (NIH) lanzaron el Proyecto Roadmap Epigenomics . El objetivo del proyecto es el desarrollo de mapas de epigenoma de referencia disponibles públicamente a partir de una variedad de tipos de células. [1] Estos mapas epigenéticos están destinados a proporcionar recursos para estudios de eventos epigenéticos que subrayan el desarrollo humano, la diversidad y la enfermedad. [8] Para esfuerzos similares ver el Proyecto ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), cuyas iniciativas son complementarias al Proyecto Roadmap Epigenomics. [9]
El epigenoma
El epigenoma consiste en un registro de los cambios químicos en el ADN y las proteínas histonas de un organismo. Estos cambios químicos influyen en la expresión génica en muchos tipos de tejidos y etapas de desarrollo. [10] Estos cambios epigenéticos implican métodos de alteración de la expresión génica que no implican cambios en la secuencia de ADN primaria subyacente; estos incluyen la metilación del ADN , el silenciamiento de genes y la estructura de la cromatina , [11] así como la participación de ARN no codificante . [12]
Ver también
Referencias
- ^ a b c d e f g h i j k l Fingerman, Ian M; McDaniel Lee; Zhang Xuan; Ratzat Walter; Hassan Tarek; Jiang Zhifang; Cohen Robert F; Schuler Gregory D (enero de 2011). "NCBI Epigenomics: un nuevo recurso público para explorar conjuntos de datos epigenómicos" . Ácidos nucleicos Res . 39 (Problema de la base de datos): D908–12. doi : 10.1093 / nar / gkq1146 . PMC 3013719 . PMID 21075792 .
- ^ "Resumen" . Institutos Nacionales de Salud . Oficina de Coordinación Estratégica - Fondo Común . Consultado el 22 de septiembre de 2013 .
- ^ Sayers, EW; et al. (Enero de 2010). "Base de datos de recursos del Centro Nacional de Información Biotecnológica" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D5–16. doi : 10.1093 / nar / gkp967 . PMC 2808881 . PMID 19910364 .
- ^ "Base de datos de epigenómica" . Consultado el 20 de octubre de 2013 .
- ^ Negre, N; Morrison CA; Shah PK; Bild NA; White KP (12 de mayo de 2009). "Mapas de todo el genoma del estado de la cromatina en embriones de Drosophila en etapas, ChIP-seq" . ModENCODE . GSE16013 . Consultado el 17 de noviembre de 2013 .
- ^ Bethesda (MD) (2010). Ayuda de epigenómica . Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica (EE. UU.).
- ^ Karnik, R; Meissner A. (3 de julio de 2013). "Navegación de genomas (Epi): una guía de recursos de datos y navegadores de epigenomas para investigadores de células madre" . Célula madre celular . 13 (1): 14-21. doi : 10.1016 / j.stem.2013.06.006 . PMC 3750740 . PMID 23827707 .
- ^ Bernstein, Bradley E; John A. Stamatoyannopoulos ; Joseph F Costello; Bing Ren; Aleksandar Milosavljevic; Alexander Meissner; Manolis Kellis; Marco A Marra; Arthur L Beaudet; Joseph R Ecker; Peggy J Farnham; Martin Hirst; Eric S Lander; Tarjei S Mikkelsen; James A Thomson (13 de octubre de 2010). "El Consorcio de cartografía epigenómica de la hoja de ruta de los NIH" . Biotecnología de la naturaleza . 28 (10): 1045–1048. doi : 10.1038 / nbt1010-1045 . PMC 3607281 . PMID 20944595 .
- ^ Proyecto Encode, Consorcio (22 de octubre de 2004). "Proyecto ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements)" (PDF) . Ciencia . 306 (5696): 636–40. Código Bibliográfico : 2004Sci ... 306..636E . doi : 10.1126 / science.1105136 . PMID 15499007 .
- ^ Bernstein, Bradley E; Alexander Meissner; Eric S. Lander (19 de diciembre de 2011). "El epigenoma de los mamíferos". Celular . 4. 128 (4): 669–681. doi : 10.1016 / j.cell.2007.01.033 . PMID 17320505 .
- ^ Russo, Vincenzo EA, Robert A. Martienssen y Arthur D. Riggs. (1996). Mecanismos epigenéticos de la regulación genética . Prensa de laboratorio de Cold Spring Harbor. pag. Resumen. ISBN 978-0-87969-490-6.CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
- ^ Costa, Fabricio F. (29 de febrero de 2008). "ARN no codificantes, epigenética y complejidad". Gene . 410 (1): 9-17. doi : 10.1016 / j.gene.2007.12.008 . PMID 18226475 .
enlaces externos
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics
- http://www.nihroadmap.nih.gov/epigenomics
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/