Legend of the Millennium Dragon (también conocido como Onigamiden ) comienza con una batalla entre samuráis y Oni , "demonios visualizados que parecen estar hechos de humo" [1] . No va bien para los samuráis y mientras los Oni se preparan para hacer su último esfuerzo para destruir un templo local, pero Monk Gen'un los aniquila a todos de un solo golpe con sus poderes mágicos. Luego, la película cambia el enfoque hacia Jun Tendo, un adolescente tímido, que es transportado 1200 años al pasado de Japón a la era Heian . Allí, debe contar con la ayuda del dragón Yamata no Orochi.para resolver una guerra entre humanos y Oni. Es acosado una y otra vez debido a su apariencia débil y falta de habilidades. Jun es seguido y atacado por un Oni, del que huye. Mientras corre, Jun se encuentra escondido en el templo de Monk Gen'un y se enfrenta a la verdad. Monk Gen'un comienza diciéndole a Jun que está siendo atacado por los monstruos oscuros y sobre la guerra entre humanos y Oni en la era Heian . Jun se desmaya y se despierta en el templo donde conoce a Raiko Minamoto, un espadachín altamente calificado que lucha junto a Gen'un. Jun es tratado como un miembro de la realeza y está muy confundido.
Durante la noche, el templo es atacado por Oni. Los humanos toman represalias y luchan para proteger su templo y su "salvador", Jun. Jun es un descendiente del clan Magatama con una marca de nacimiento en el hombro izquierdo. Solo los linajes directos con esa marca de nacimiento pueden despertar todos los poderes de un dragón místico llamado Orochi . Para convocar al dragón para salvar a Raiko y a todos los demás en la aldea, Jun debe cantar el encantamiento. Jun ve que Raiko está en serios problemas y grita su nombre mientras despierta al poderoso dragón en el proceso sin el encantamiento. Jun se despierta y se encuentra montado en la espalda de Orochi, que se convierte en el sirviente y fuente de poder de Jun.
Jun entra en conflicto con Mizuha, un Oni, y descubre que no son los demonios que todo el mundo cree que son. En lugar de ser demonios, los Oni son personas normales que usan una máscara que provoca la visualización de los demonios. Jun pronto descubre una historia diferente a la que Gen'un le ha contado de los Oni y ahora quiere respuestas. Siente ambos lados de las historias y no sabe en quién confiar. Mizuha señala a Jun y le pide que se una a ellos y luche para proyectar su causa, pero Jun se niega a tomar una decisión tan rápida porque quiere confiar en ambos lados. Jun es presionado por Mizuha y pide a Orochi que escape. Mizuha salta sobre Orochi y escapa con Jun, pero pronto golpean una barrera libre de Oni y son derribados por poder mágico. Jun se despierta para encontrarse con Tsuna y Kinta, el compañero espadachín de Raiko,que ha estado buscando a Jun para encontrarse con Raiko.
Gen'un se enfrenta a un consejero del templo y se exponen sus verdaderos planes. Jun se pone furioso una vez que descubre que los asesores han muerto y llama a Orochi. Una batalla entre Oni y Human finalmente estalla. Jun ordena detener la batalla, pero es atacado por Raiko. Jun no reconoce a Raiko y un Oni le dice que Gen'un usó sus poderes y convirtió a Raiko y sus amigos en los Cuatro Reyes Celestiales "armaduras impulsadas por dioses". [1] Raiko y sus amigos ya no tienen control sobre sus cuerpos. Jun finalmente se entera de los malvados planes de Gen'un y que el asesinato de los asesores fue obra de Gen'un. Gen'un quiere obtener la verdadera grandeza y los poderes de un Dios.