En biología molecular, la base de datos PRINTS es una colección de las llamadas "huellas dactilares": [1] [2] proporciona tanto un recurso de anotación detallada para familias de proteínas como una herramienta de diagnóstico para secuencias recién determinadas. Una huella dactilar es un grupo de motivos conservados tomados de una alineación de secuencia múltiple- juntos, los motivos forman una firma característica para la familia de proteínas alineadas. Los motivos en sí mismos no son necesariamente contiguos en secuencia, pero pueden unirse en el espacio 3D para definir sitios de unión molecular o superficies de interacción. La fuerza diagnóstica particular de las huellas dactilares radica en su capacidad para distinguir las diferencias de secuencia en los niveles de clan, superfamilia, familia y subfamilia. Esto permite diagnósticos funcionales detallados de secuencias no caracterizadas, permitiendo, por ejemplo, la discriminación entre miembros de la familia en base a los ligandos a los que se unen o las proteínas con las que interactúan, y destacando sitios de oligomerización o alostéricos potenciales.
PRINTS es socio fundador del recurso integrado InterPro , una base de datos ampliamente utilizada de familias de proteínas, dominios y sitios funcionales.
Referencias
- ^ Attwood, TK ; Bradley, P .; Flor, RD; Gaulton, A .; Maudling, N .; Mitchell, AL; Moulton, G .; Nordle, A .; Paine, K .; Taylor, P .; Uddin, A .; Zygouri, C. (2003). "PRINTS y su complemento automático, prePRINTS" . Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 400–402. doi : 10.1093 / nar / gkg030 . PMC 165477 . PMID 12520033 .
- ^ Scordis, P .; Flor, RD; Attwood, TK (1999). "FingerPRINTScan: búsqueda inteligente de la base de datos de motivos PRINTS" . Bioinformática . 15 (10): 799–806. doi : 10.1093 / bioinformatics / 15.10.799 . PMID 10705433 .
Enlaces externos
- Base de datos PRINTS (Educación e investigación en bioinformática de la Universidad de Manchester)
