El 29 de mayo de 1453 se produjo la Caída de Constantinopla , marcando así el final del Imperio bizantino . El Patriarcado Ecuménico quedó sujeto al Imperio Otomano .
Hay diferentes sugerencias de los eruditos para la sucesión de los patriarcas de 1462 a 1466. Las posiciones principales son las siguientes:
El 23 de julio de 1833 la Iglesia de Grecia se declaró autocéfala . Le siguieron la Iglesia ortodoxa rumana en 1864, el Exarcado búlgaro en 1872 y la Iglesia ortodoxa serbia en 1879, reduciendo así la extensión territorial de la jurisdicción del Patriarcado Ecuménico .