La base de datos de interfaz común de proteínas ( ProtCID ) es una base de datos de interfaces proteína-proteína similares en estructuras cristalinas de proteínas homólogas . [1] [5]
Contenido | |
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Descripción | Interacciones similares de proteínas homólogas en múltiples formas cristalinas |
Contacto | |
Centro de Investigación | Centro Oncológico Fox Chase |
Laboratorio | Instituto de Investigación del Cáncer |
Autores | Qifang Xu, Roland Dunbrack |
Cita primaria | Xu y Dunbrack (2011) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2010 |
Acceso | |
Sitio web | http://dunbrack2.fccc.edu/protcid |
Su objetivo principal es identificar y agrupar interfaces homodiméricas y heterodiméricas observadas en múltiples formas cristalinas de proteínas homólogas. Tales interfaces, especialmente de proteínas no idénticas o complejos de proteínas, se han asociado con interacciones biológicamente relevantes. [6]
Una interfaz común en ProtCID indica interacciones cadena-cadena o dominio-dominio que ocurren en diferentes formas cristalinas. A todas las secuencias de proteínas de estructura conocida en el Protein Data Bank (PDB) [7] se les asigna una " arquitectura de cadena Pfam ", que denota las asignaciones ordenadas de Pfam [8] para esa secuencia, por ejemplo (Pkinase) o (Cyclin_N) _ (Cyclin_C ). Se comparan las interfaces homodiméricas en todos los cristales que contienen arquitecturas de cadenas o dominios particulares, independientemente de si hay otros tipos de proteínas en los cristales. También se comparan todas las interfaces entre dos dominios Pfam diferentes o arquitecturas Pfam en todas las entradas PDB que las contienen (por ejemplo, (Pkinase) y (Cyclin_N) _ (Cyclin_C)). Tanto para los homodímeros como para los heterodímeros, las interfaces se agrupan en interfaces comunes según una puntuación de similitud.
ProtCID informa la cantidad de formas cristalinas que contienen una interfaz común, la cantidad de entradas de PDB, la cantidad de anotaciones de ensamblaje biológico PDB y PISA [9] que contienen la misma interfaz, el área de superficie promedio y la identidad de secuencia mínima de proteínas que contener la interfaz. ProtCID proporciona una verificación independiente de las anotaciones de interacciones biológicas disponibles públicamente para las entradas de PDB.
ProtCID también contiene grupos de interfaces entre dominios de proteínas y péptidos, ácidos nucleicos y ligandos.
Ver también
Referencias
- ^ a b Xu, Q .; Dunbrack, RL (2010). "La base de datos de interfaz común de proteínas (ProtCID): una base de datos completa de interacciones de proteínas homólogas en múltiples formas cristalinas" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D761–70. doi : 10.1093 / nar / gkq1059 . PMC 3013667 . PMID 21036862 .
- ^ Zhang, X .; Gureasko, J .; Shen, K .; Cole, PA; Kuriyan, J. (2006). "Un mecanismo alostérico para la activación del dominio quinasa del receptor del factor de crecimiento epidérmico" . Celular . 125 (6): 1137-1149. doi : 10.1016 / j.cell.2006.05.013 . PMID 16777603 .
- ^ Aertgeerts, K .; Skene, R .; Yano, J .; Sang, B. -C .; Zou, H .; Snell, G .; Jennings, A .; Iwamoto, K .; Habuka, N .; Hirokawa, A .; Ishikawa, T .; Tanaka, T .; Miki, H .; Ohta, Y .; Sogabe, S. (2011). "Análisis estructural del mecanismo de inhibición y activación alostérica del dominio quinasa de la proteína HER2" . Revista de Química Biológica . 286 (21): 18756–18765. doi : 10.1074 / jbc.M110.206193 . PMC 3099692 . PMID 21454582 .
- ^ Qiu, C .; Tarrant, MK; Choi, SH; Sathyamurthy, A .; Bose, R .; Banjade, S .; Pal, A .; Bornmann, WG; Lemmon, MA ; Cole, PA; Leahy, DJ (2008). "Mecanismo de activación e inhibición de la quinasa HER4 / ErbB4" . Estructura . 16 (3): 460–467. doi : 10.1016 / j.str.2007.12.016 . PMC 2858219 . PMID 18334220 .
- ^ Xu, Q; Dunbrack, RL (5 de febrero de 2020). "ProtCID: un recurso de datos para información estructural sobre interacciones de proteínas" . Comunicaciones de la naturaleza . 11 (1): 711. doi : 10.1038 / s41467-020-14301-4 . PMC 7002494 . PMID 32024829 .
- ^ Xu, Qifang; Canutescu, Adrian A .; Wang, Guoli; Shapovalov, Maxim; Obradovic, Zoran; Dunbrack, Roland L. (2008). "Análisis estadístico de la similitud de la interfaz en cristales de proteínas homólogas" . Revista de Biología Molecular . 381 (2): 487–507. doi : 10.1016 / j.jmb.2008.06.002 . PMC 2573399 . PMID 18599072 .
- ^ Berman, HM; Battistuz, T .; Bhat, TN; Bluhm, WF; Bourne, PE; Burkhardt, K .; Feng, Z .; Gilliland, GL; Iype, L .; Jain, S .; Fagan, P .; Marvin, J .; Padilla, D .; Ravichandran, V .; Schneider, B .; Thanki, N .; Weissig, H .; Westbrook, JD; Zardecki, C. (2002). "El banco de datos de proteínas" . Acta Crystallographica Sección D . 58 (Pt 6 No 1): 899–907. doi : 10.1107 / S0907444902003451 . PMID 12037327 .
- ^ Punta, M .; Coggill, PC; Eberhardt, RY; Mistry, J .; Tate, J .; Boursnell, C .; Pang, N .; Forslund, K .; Ceric, G .; Clements, J .; Heger, A .; Holm, L .; Sonnhammer, ELL; Eddy, SR; Bateman, A .; Finn, RD (2011). "La base de datos de familias de proteínas Pfam" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D290 – D301. doi : 10.1093 / nar / gkr1065 . PMC 3245129 . PMID 22127870 .
- ^ Krissinel, E .; Henrick, K. (2007). "Inferencia de compuestos macromoleculares de estado cristalino". Revista de Biología Molecular . 372 (3): 774–797. doi : 10.1016 / j.jmb.2007.05.022 . PMID 17681537 .
enlaces externos
- http://dunbrack2.fccc.edu/protcid
- Interfaces, superficies y ensamblajes de proteínas (PISA)
- http://www.rcsb.org