La topología de proteínas es una propiedad de la molécula de proteína que no cambia bajo deformación (sin cortar o romper un enlace). Se han desarrollado y aplicado dos marcos de topología principales a las moléculas de proteínas: 1) Teoría de nudos que categoriza los entrelazamientos de cadenas 2) Topología de circuitos que categoriza los contactos intracadena en función de sus arreglos. Sin embargo, el uso de la teoría de los nudos se limita a un pequeño porcentaje de proteínas, ya que la mayoría de ellas no tienen nudos. En la literatura sobre biología, el término topología también se utiliza para referirse a la orientación mutua de estructuras secundarias regulares , como hélices alfa y hebras beta en la estructura de la proteína [1] [1]. Por ejemplo, dos hélices alfa o cadenas beta adyacentes que interactúan pueden ir en la misma dirección o en direcciones opuestas. PDBsum ( un ejemplo ) proporciona diagramas de topología de diferentes proteínas con estructura tridimensional conocida .
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Ver también
Referencias
- ^ Rawlings, CJ; Taylor, WR; Nyakairu, J; Fox, J; Sternberg, M JE (1985). "Razonamiento sobre la topología de proteínas utilizando el lenguaje de programación lógica PROLOG". Revista de gráficos moleculares . 3 (4): 151-157. doi : 10.1016 / 0263-7855 (85) 80027-8 .