El elemento de empaquetamiento psi retroviral , también conocido como la señal de empaquetamiento de ARN Ψ , es un elemento de ARN que actúa en cis identificado en los genomas de los retrovirus Virus de inmunodeficiencia humana (VIH) [1] y virus de inmunodeficiencia de simios (VIS). [2] Participa en la regulación del proceso esencial de empaquetar el genoma del ARN retroviral en la cápside viral durante la replicación. [3] [4] [5] [6] El virión final contiene un dímero de dos copias idénticas sin empalmar del genoma viral.
Sitio de inicio de la dimerización del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 | |
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Identificadores | |
Símbolo | HIV-1_DIS |
Alt. Simbolos | Retroviral_psi |
Rfam | RF00175 |
Otros datos | |
Tipo de ARN | Cis-regp |
Dominio (s) | Virus |
ENTONCES | Entonces: 0000233 |
Estructuras PDB | PDBe |
En el VIH, el elemento psi tiene alrededor de 80-150 nucleótidos de longitud y está ubicado en el extremo 5 ' del genoma, justo aguas arriba del codón de iniciación gag . [8] Tiene una estructura secundaria conocida compuesta por cuatro horquillas llamadas SL1 a SL4 (SL es para Stem-loop ) que están conectadas por enlazadores relativamente cortos. Los cuatro bucles de tallo son importantes para el empaquetamiento del genoma y cada uno de los bucles de tallo SL1, [8] SL2, [9] SL3 [10] [11] y SL4 [12] se ha expresado y caracterizado estructuralmente de forma independiente.
El bucle de tallo 1 (SL1) (también denominado HIV-1_DIS) consiste en una estructura de horquilla conservada con una secuencia de bucle palindrómico que fue predicha y confirmada por mutagénesis. [13] Este bucle palindrómico se conoce como el sitio de iniciación del dímero primario (DIS), ya que se cree que promueve la dimerización del genoma viral a través de la formación de un intermedio "dímero besante". [14] La estructura de Rfam que se muestra se basa en un modelo de covariación.
Se ha demostrado que SL1 puede proporcionar un sitio de unión secundario para la proteína Rev viral. [15] La proteína Rev es una proteína reguladora del VIH esencial que aumenta la estabilidad y el transporte del ARN viral sin empalmar. [dieciséis]
Stem-loop 2 (SL2) (también denominado VIH-1 SD) consiste en un tallo-loop de 19 nt altamente conservado que, mediante mutagénesis, ha demostrado modular la eficacia de corte y empalme de los ARNm del VIH-1. [17]
Stem-loop 3 (SL3) consiste en un tallo-loop de 14 nt altamente conservado que fue predicho y confirmado por mutagénesis y detección espectrométrica de masas (MS3D). El VIH-1 SL3 es suficiente por sí mismo para inducir ARN heterólogo en partículas similares a virus, pero su deleción no elimina completamente la encapsidación . [17]
Stem-loop 4 (SL4) consiste en un tallo-loop de 14 nt altamente conservado que se encuentra justo debajo del codón de inicio gag . La estructura fue confirmada por mutagénesis y tiene una RMN y detección espectrométrica de masas (MS3D). [17] También puede tener funciones de codificación y no codificación .
Referencias
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enlaces externos
- Página para HIV-1_DIS en Rfam
- Página de HIV-1_SD en Rfam
- Página para VIH-1 SL3 en Rfam
- Página para VIH-1 SL4 en Rfam