El análisis de espaciador intergénico ( RISA ) de ARN ribosómico ( ARNr ) es un método de análisis de comunidades microbianas que proporciona un medio para comparar diferentes entornos o impactos de tratamiento sin el sesgo impuesto por los enfoques dependientes de la cultura. [1] Este tipo de análisis a menudo se denomina toma de huellas dactilares de la comunidad . RISA implica la amplificación por PCR de una región del operón del gen rRNA entre las subunidades pequeña ( 16S ) y grande ( 23S ) denominada región espaciadora intergénica ISR. [2]
Mediante el uso de cebadores de oligonucleótidos dirigidos a regiones conservadas en los genes 16S y 23S, se pueden generar fragmentos RISA a partir de la mayoría de las bacterias dominantes en una muestra ambiental. Si bien la mayoría del operón de ARNr cumple una función estructural, partes de la región intergénica 16S-23S pueden codificar ARNt según la especie bacteriana. Sin embargo, el valor taxonómico de la ISR radica en la heterogeneidad significativa tanto en la longitud como en la secuencia de nucleótidos. En RISA, intentamos explotar la heterogeneidad de longitud del ISR, que se ha demostrado que oscila entre 150 y 1500 pb, con la mayoría de las longitudes de ISR entre 150 y 500 pb. [3]
El producto PCR resultante será una mezcla de fragmentos aportados por varios miembros dominantes de la comunidad. Este producto se somete a electroforesis en un gel de poliacrilamida y el ADN se visualiza después de la tinción. El resultado es un patrón de bandas complejo que proporciona un perfil específico de la comunidad, en el que cada banda de ADN corresponde a una población bacteriana en el ensamblaje original.