Basado en energía semi-empírica
SemiEmpirical Energy Based (SEEB) es un método de partición introducido por Carvalho y Melo para estudiar los procesos de asociación de ligandos de proteínas . [1] Este método permite la descomposición de la energía de estabilización tanto en componentes físicamente significativos como espaciales. Como este formalismo se desarrolló a un nivel cuántico semiempírico , también permite la completa separabilidad de estos componentes. El formalismo SEEB se amplió para describir las interacciones proteína-ligando utilizando un potencial por pares. [2] Los resultados obtenidos permiten concluir que el presente esquema de descomposición puede utilizarse para comprender los fenómenos de cohesión en proteínas . Métodos computacionalesson de gran interés para evaluar las afinidades de unión entre proteínas y ligandos , con muchas aplicaciones en el diseño de fármacos basados en estructuras . [3]
Descriptores SEEB
El comportamiento de los descriptores SEEB se analizó con un modelo MLR. Con este fin, se desarrolló un modelo SEEB / MLR 3D-QSAR para evaluar la eficacia de los inhibidores de benzamida tripsina . Se demuestra que la capacidad predictiva de SEEB logra un rendimiento QSAR de vanguardia .
Referencias
- ^ Partición energética en procesos de asociación. Int J Quantum Chem. 2005; 104: 240–248.
- ^ Potencial de pares exacto y eficaz para las interacciones proteína-ligando obtenido de una partición de energía semiempírica. Int J Mol Sci. Septiembre de 2008; 9 (9): 1652–1664.
- ^ Carvalho, Alexandre RF; Melo, André (2010). "Rendimiento de los descriptores basados en energía cuántica semiempírica (SEEB) con inhibidores de benzamidina de tripsina". Informática molecular . 29 : 525–531. doi : 10.1002 / minf.201000024 .
