Sirius es un sistema de análisis y modelado molecular desarrollado en San Diego Supercomputer Center . Sirius está diseñado para satisfacer los requisitos de los usuarios avanzados que van más allá de la simple visualización de pequeñas moléculas y proteínas . Sirius admite gráficos 3D interactivos de alta calidad , construcción de estructuras, visualización de secuencias primarias de proteínas o ADN , acceso a fuentes de datos remotas y visualización de trayectorias de dinámica molecular . Se puede utilizar para visualización y análisis científicos , e instrucción en química y biología .
Desarrollador (es) | Centro de supercomputación de San Diego |
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Lanzamiento estable | 1.2 / 18 de noviembre de 2008 |
Sistema operativo | Multiplataforma : Windows , Linux , macOS |
Tipo | Modelado molecular |
Licencia | Freeware patentado para académicos, sin fines de lucro |
Sitio web | sirius |
Caracteristicas clave
Sirius admite una variedad de aplicaciones con un conjunto de características, que incluyen:
- Construyendo y editando estructuras químicas usando una biblioteca de fragmentos
- Estructura de proteínas y alineación de secuencias
- Intérprete de línea de comandos y soporte de scripting totalmente compatible con scripts RasMol existentes
- Soporte completo para visualización de trayectoria de dinámica molecular
- Búsqueda BLAST directamente en Protein Data Bank y bases de datos Uniprot
- Capacidad para mover partes de los datos cargados mientras congela el resto
- Cálculo interactivo de enlaces de hidrógeno , choques estéricos, diagramas de Ramachandran
- Soporte para todos los formatos principales de estructura y secuencia.
- POV-Ray incluido para crear imágenes fotorrealistas
- Selección y coloración integradas en componentes de visualización individuales
Sirius se basa en el código de gráficos moleculares y las estructuras de datos desarrolladas como parte del Kit de herramientas de biología molecular. [1]
Secuencias de comandos compatibles con RasMol
Sirius cuenta con un intérprete de línea de comandos que se puede utilizar para manipular rápidamente la apariencia y la orientación de la estructura. El conjunto de comandos se ha diseñado siguiendo el modelo de RasMol , por lo que es totalmente compatible con los scripts existentes. Los comandos agregados introducidos en Sirius brindan soporte para manipular múltiples estructuras cargadas al mismo tiempo y permiten una selección más flexible.
Los scripts RasMol existentes se pueden importar y ejecutar dentro de Sirius para producir representaciones de alta calidad de escenas moleculares codificadas. Dado que RasMol utiliza un sistema de coordenadas que difiere de Sirius, la conversión interna se realiza cuando se importan los scripts de RasMol, de modo que cualquier cambio de orientación se muestre correctamente. Sin embargo, cualquier comando ingresado manualmente se ejecuta de acuerdo con el sistema de coordenadas de Sirius. [2]
Sirius admite varios conjuntos de residuos de átomos y esquemas de color predefinidos, permite la edición de scripts mediante la interfaz del Panel de comandos y se pueden usar operadores lógicos y paréntesis para crear comandos de selección complejos.
Visualización de trayectorias de dinámica molecular
Sirius contiene un componente de visualización de dinámica molecular (MD) con todas las funciones. Puede leer archivos de salida de simulaciones AMBER y CHARMM , incluidos archivos comprimidos y AMBER out. Los cambios de RMSD a lo largo de la trayectoria pueden calcularse utilizando subconjuntos de átomos definidos por el usuario y mostrarse en un gráfico actualizado de forma interactiva. Para reducir los requisitos de memoria, se pueden cargar grandes simulaciones de múltiples archivos en modo de búfer. Si una simulación implica cambios en el pliegue de proteínas , Sirius se puede configurar para rastrear y volver a calcular las características de la estructura secundaria mostradas en tiempo real, lo que proporciona una forma conveniente de observar las transformaciones de la estructura. La trayectoria completa o los fotogramas seleccionados se pueden exportar como video QuickTime o un conjunto de instantáneas de escenas de POV-Ray que luego se pueden convertir en una película de alta calidad.
Accede y descarga
Sirius se distribuye gratuitamente desde el sitio web del proyecto a personas afiliadas a organizaciones académicas y sin fines de lucro. [3] Hay instaladores de aplicaciones de escritorio nativas disponibles para Windows , Linux y macOS . Además de proporcionar las descargas, el sitio del proyecto contiene el sistema de ayuda de Sirius , tutoriales y capturas de pantalla .
Ver también
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
- Lista de sistemas de gráficos moleculares
- Editor de moléculas
- Modelado molecular
- Gráficos moleculares
- Dinámica molecular
Referencias
- ^ Kit de herramientas de biología molecular Archivado el 14 de diciembre de 2012 en archive.today
- ^ Ayuda de Sirius
- ^ Descargas de Sirius
enlaces externos
- Página web oficial
- Tutoriales de Sirius
- Kit de herramientas de biología molecular
- Centro de supercomputación de San Diego
- Universidad de California San Diego