La hibridación sustractiva es una tecnología que permite la amplificación basada en PCR de solo fragmentos de ADNc que difieren entre un control (controlador) y un transcriptoma experimental . El cDNA se produce a partir de mRNA . Se destacan las diferencias en la abundancia relativa de transcripciones, al igual que las diferencias genéticas entre especies. La técnica se basa en la eliminación de dsDNA formado por hibridación entre un control y una muestra de prueba, eliminando así cDNAs o gDNAs de abundancia similar, y reteniendo transcripciones o secuencias genómicas expresadas diferencialmente o variables en secuencia.
La hibridación sustractiva de supresión también se ha utilizado con éxito para identificar secuencias de ADN específicas de cepas o especies en una variedad de bacterias, incluidas las especies de Vibrio ( Metagenomics ).