Repetición tetratricopeptide

Repetición tetratricopeptide
Identificadores
Símbolo	TPR_1
Pfam	PF00515
Clan pfam	CL0020
InterPro	IPR001440
SCOP2	1a17 / SCOPe / SUPFAM
CDD	cd00189
Estructuras proteicas disponibles: Pfam   estructuras / ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum resumen de estructura PDB 1w3b B: 89-122 1fch A: 522-555 2fbn B: 228-261 1p5qB:276-295 1qz2C:276-295 1ihgA:223-256 1iipA:223-256 1elwB:4-37 1wao2:28-61 1a17 :28-61 1elrA:225-258 2c2lC:27-60 1uzsA:114-147 1e96B:71-104 1hh8A:71-104 1wm5A:71-104 1kt0A:351-384 1kt1A:351-384

La repetición tetratricopeptide ( TPR ) es un motivo estructural . Consiste en una repetición en tándem degenerada de 34 aminoácidos identificada en una amplia variedad de proteínas . Se encuentra en matrices en tándem de 3-16 motivos, ^[1] que forman andamios para mediar las interacciones proteína-proteína y, a menudo, el ensamblaje de complejos multiproteicos. Estas repeticiones de pares de hélice alfa generalmente se pliegan para producir un dominio de solenoide lineal único llamado dominio TPR . Las proteínas con tales dominios incluyen las subunidades cdc16 del complejo promotor de anafase (APC), Cdc23 y Cdc27 , la NADPH oxidasa subunidad p67-phox , hsp90 de unión a inmunofilinas , factores de transcripción , la proteína quinasa R (PKR), el principal receptor para peroxisomal proteína de la matriz de importación PEX5 , proteína arginina metiltransferasa 9 (PRMT9), y la importación mitocondrial proteínas.

Representación de la repetición de TPR. Imagen renderizada con King Software. ID de PDB: 1NA0.

Estructura

La estructura de la proteína PP5 fue la primera estructura que se determinó. La estructura resuelta por cristalografía de rayos X por Das y sus colegas mostró que el motivo de la secuencia TPR estaba compuesto por un par de hélices alfa antiparalelas. ^[2] La estructura PP5 contenía 3 repeticiones de TPR en tándem que mostraban que las repeticiones de TPR secuenciales formaban una estructura de solenoide de hélice alfa .

Una estructura de TPR típica se caracteriza por interacciones entre las hélices A y B del primer motivo y la hélice A 'del siguiente TPR. Aunque la naturaleza de tales interacciones puede variar, las dos primeras hélices del motivo TPR suelen tener un ángulo de empaquetamiento de ~ 24 grados dentro de un único motivo. Las repeticiones de más de tres motivos TPR generan una superhélice derecha caracterizada por una cara cóncava y convexa, de las cuales la cara cóncava suele participar en la unión del ligando. ^{[1] [3]}

Esta imagen muestra los residuos de la firma que se encuentran comúnmente en los motivos TPR. La imagen se renderizó utilizando el software KING a partir del PDB 1NA3.

En términos de secuencia, un TPR posee una mezcla de residuos hidrófobos pequeños y grandes, sin embargo, ninguna posición es completamente invariante. Sin embargo, hay ciertos residuos que generalmente se conservan, incluidos Triptófano 4, Leucina 7, Glicina 8, Tirosina 11, Alanina 20, Fenilalanina 24, Alanina 27 y Prolina 32. Entre esos 8, la alanina en las posiciones 8, 20 y 27 tienden a ser más conservado. Las otras posiciones tienen una preferencia más fuerte por aminoácidos pequeños, grandes o aromáticos en lugar de un residuo específico. Entre hélices, la conservación de residuos juega un papel más estructural con los residuos de rotura de hélice presentes. Entre los TPR adyacentes, los residuos tienen funciones con implicaciones tanto estructurales como funcionales. ^[1]

TPR que contiene péptidos

Hop

La proteína adaptadora de lúpulo media la asociación de las chaperonas moleculares Hsp70 y Hsp90. Contiene tres repeticiones de 3-TPR, cada una con su propia especificidad de unión a péptidos. Se sabe que su dominio TPR1 reconoce el C-terminal de Hsp70 mientras que TPR2 se une al C-terminal de Hsp90. Ambas secuencias C-terminales terminan con un motivo EEVD y la naturaleza de la interacción es tanto electrostática como hidrófoba. ^{[1] [4]}

PEX5

La proteína PEX5 es un receptor para PTS1 (tripéptido de señal de dirección peroxisomal que dirige las proteínas hacia los peroxisomas). Interactúa con la señal a través de motivos TPR. La mayoría de sus contactos con el tripéptido C-terminal PTS1 se encuentran en la cara cóncava de los TPR 1, 2 y 3. ^[5]

Factor citosólico de neutrófilos 2

El factor 2 citosólico de neutrófilos es esencial para el complejo NADPH oxidasa que a su vez produce superóxidos en respuesta a la infección microbiana. La unión de la Rac GTPasa es un paso clave en el ensamblaje del complejo y los TPR en la unidad phox median el ensamblaje del complejo multiproteico actuando como un andamio de unión. ^[6]

Ejemplos

Los genes humanos que codifican proteínas que contienen este motivo incluyen:

• AAG2 , ANAPC7
• BBS4
• CABIN1 , CDC16 , CDC23 , CDC27 , CNOT10 , CTR9
• DNAJC3 , DNAJC7 , DYX1C1
• FAM10A4 , FAM10A5 , FKBP4 , FKBP5 , FKBP8 , FKBPL
• GPSM1 , GPSM2 , GTF3C3
• IFIT1 , IFIT1L , IFIT2 , IFIT3 , IFIT5 , IFT140 , IFT88
• KLC1 , KLC2 , KLC3 , KLC4 , KNS2
• LONRF2
• NARG1 , NARG1L , NASP , NCF2 , NFKBIL2 , NOXA1 , NPHP3
• OGT
• PEX5 , PEX5L , PPID , PPP5C , PRPF6
• RANBP2 , RANBP2L2 , RANBP2L6 , RAPSN , RGPD5 , RGPD7 , RPAP3
• SGTA , SGTB , SH3TC1 , SH3TC2 , SPAG1 , SRP72 , ST13 , STIP1 , STUB1 , SUGT1
• TMTC1 , TMTC2 , TMTC3 , TMTC4 , TOMM34 , TOMM70A
• TTC1 , TTC3 , TTC4 , TTC5 , TTC6 , TTC7A , TTC7B , TTC8 , TTC9C , TTC12 , TTC13 , TTC14 , TTC15 , TTC16 , TTC17 , TTC18 , TTC21A , TTC21B , TTC22 , TTC24 , TTC25 , TTC27 , TTC28 , TTC29 , TTC30A , TTC30B ,TTC31 , TTC33 , TTC37
• UNC45A , UNC45B , UTX , UTY
• WDTC1
• ZC3H7B

Referencias

1. Blatch GL, Lässle M (noviembre de 1999). "La repetición tetratricopeptide: un motivo estructural que media las interacciones proteína-proteína". BioEssays . 21 (11): 932–9. doi : 10.1002 / (SICI) 1521-1878 (199911) 21:11 <932 :: AID-BIES5> 3.0.CO; 2-N . PMID  10517866 .
2. Das AK, Cohen PW, Barford D (marzo de 1998). "La estructura de las repeticiones tetratricopeptide de la proteína fosfatasa 5: implicaciones para las interacciones proteína-proteína mediadas por TPR" . El diario EMBO . 17 (5): 1192–9. doi : 10.1093 / emboj / 17.5.1192 . PMC 1170467 . PMID 9482716 .  
3. Wilson CG, Kajander T, Regan L (enero de 2005). "La estructura cristalina de NlpI. Una proteína repetida tetratricopeptide procariota con un pliegue globular" . La revista FEBS . 272 (1): 166–79. doi : 10.1111 / j.1432-1033.2004.04397.x . PMID 15634341 . 
4. Scheufler C, Brinker A, Bourenkov G, Pegoraro S, Moroder L, Bartunik H, Hartl FU, Moarefi I (abril de 2000). "Estructura de complejos de péptido-dominio de TPR: elementos críticos en el ensamblaje de la máquina multichaperona Hsp70-Hsp90" . Celular . 101 (2): 199–210. doi : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80830-2 . PMID 10786835 . S2CID 18200460 .  
5. Gatto GJ, Geisbrecht BV, Gould SJ, Berg JM (diciembre de 2000). "Reconocimiento de la señal 1 de dirección peroxisomal por los dominios TPR de PEX5 humano". Biología estructural de la naturaleza . 7 (12): 1091–5. doi : 10.1038 / 81930 . PMID 11101887 . S2CID 35168630 .  
6. Lapouge K, Smith SJ, Walker PA, Gamblin SJ, Smerdon SJ, Rittinger K (octubre de 2000). "Estructura del dominio TPR de p67phox en complejo con Rac.GTP" . Célula molecular . 6 (4): 899–907. doi : 10.1016 / S1097-2765 (05) 00091-2 . PMID 11090627 . 

Lectura adicional

• Lima Mde F, Eloy NB, Pegoraro C, Sagit R, Rojas C, Bretz T, Vargas L, Elofsson A, de Oliveira AC, Hemerly AS, Ferreira PC (18 de noviembre de 2010). "Evolución genómica y complejidad del Complejo Promotor de Anafase (APC) en plantas terrestres" . Biología Vegetal BMC . 10 : 254. doi : 10.1186 / 1471-2229-10-254 . PMC  3095333 . PMID  21087491 .
• Das AK, Cohen PW, Barford D (marzo de 1998). "La estructura de las repeticiones tetratricopeptide de la proteína fosfatasa 5: implicaciones para las interacciones proteína-proteína mediadas por TPR" . El diario EMBO . 17 (5): 1192–9. doi : 10.1093 / emboj / 17.5.1192 . PMC  1170467 . PMID  9482716 .
• Whitfield C, Mainprize IL (febrero de 2010). "Motivos TPR: señas de identidad de un nuevo andamio de exportación de polisacáridos" . Estructura . 18 (2): 151–3. doi : 10.1016 / j.str.2010.01.006 . PMID  20159460 .
• Krachler AM, Sharma A, Kleanthous C (julio de 2010). "Autoasociación de dominios de TPR: lecciones aprendidas de un oligómero de TPR diseñado, basado en consenso". Las proteínas . 78 (9): 2131–43. doi : 10.1002 / prot.22726 . PMID  20455268 .
• Schapire AL, Valpuesta V, Botella MA (septiembre de 2006). "Proteínas TPR en la señalización de hormonas vegetales" . Señalización y comportamiento de la planta . 1 (5): 229-30. doi : 10.4161 / psb.1.5.3491 . PMC  2634123 . PMID  19704665 .
• Cortajarena AL, Regan L (mayo de 2006). "Unión de ligando por dominios TPR" . Ciencia de las proteínas . 15 (5): 1193–8. doi : 10.1110 / ps.062092506 . PMC  2242500 . PMID  16641492 .
• D'Andrea LD, Regan L (diciembre de 2003). "Proteínas TPR: la hélice versátil". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 28 (12): 655–62. CiteSeerX  10.1.1.313.8712 . doi : 10.1016 / j.tibs.2003.10.007 . PMID  14659697 .
• Goebl M, Yanagida M (mayo de 1991). "La hélice rápida de TPR: un motivo de repetición de una nueva proteína de la mitosis a la transcripción". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 16 (5): 173–7. doi : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90070-C . PMID  1882418 .

Enlaces externos

• Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_TPR
• Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso TRG_PTS1