De Wikipedia, la enciclopedia libre
Saltar a navegación Saltar a búsqueda

Dentro de los sistemas biológicos, la degeneración ocurre cuando componentes / módulos / vías estructuralmente diferentes pueden realizar funciones similares (es decir, son efectivamente intercambiables) bajo ciertas condiciones, pero realizan funciones distintas en otras condiciones. [1] [2] La degeneración es, por tanto, una propiedad relacional que requiere comparar el comportamiento de dos o más componentes. En particular, si la degeneración está presente en un par de componentes, entonces existirán condiciones en las que el par aparecerá funcionalmente redundante pero otras condiciones en las que aparecerán funcionalmente distintas. [1] [3]

Tenga en cuenta que este uso del término prácticamente no tiene relevancia para el concepto cuestionablemente significativo de poblaciones evolutivamente degeneradas que han perdido funciones ancestrales .

Ejemplos biológicos [ editar ]

Se encuentran ejemplos de degeneración en el código genético , cuando muchas secuencias de nucleótidos diferentes codifican el mismo polipéptido ; en el plegamiento de proteínas , cuando diferentes polipéptidos se pliegan para ser estructural y funcionalmente equivalentes; en funciones proteicas , cuando se observan funciones de unión superpuestas y especificidades catalíticas similares; en el metabolismo , cuando pueden coexistir múltiples vías biosintéticas y catabólicas paralelas . De manera más general, la degeneración se observa en proteínas de todas las clases funcionales (p. Ej. , Enzimáticas , estructurales o reguladoras), [4] [5] complejo proteicoensamblajes, [6] ontogénesis , [7] el sistema nervioso , [8] señalización celular (diafonía) y muchos otros contextos biológicos revisados ​​en. [1]

Contribución a la solidez [ editar ]

La degeneración contribuye a la robustez de los rasgos biológicos a través de varios mecanismos. Los componentes degenerados se compensan entre sí en condiciones en las que son funcionalmente redundantes, lo que proporciona robustez frente a fallas de componentes o vías. Debido a que los componentes degenerados son algo diferentes, tienden a albergar sensibilidades únicas, por lo que es menos probable que un ataque dirigido, como un inhibidor específico , presente un riesgo para todos los componentes a la vez. [3] Existen numerosos ejemplos biológicos en los que la degeneración contribuye a la robustez de esta manera. Por ejemplo, las familias de genespueden codificar diversas proteínas con muchas funciones distintivas, pero a veces estas proteínas pueden compensarse entre sí durante la expresión génica perdida o suprimida , como se ve en las funciones de desarrollo de la familia de genes de las adhesinas en Saccharomyces . [9] Los nutrientes pueden ser metabolizados por distintas vías metabólicas que son efectivamente intercambiables para ciertos metabolitos aunque los efectos totales de cada vía no sean idénticos. [10] [11] En el cáncer , las terapias dirigidas al receptor de EGF se ven frustradas por la coactivación dereceptor de tirosina quinasas (RTK) que tienen un solapamiento funcional parcial con el receptor de EGF (y, por lo tanto, están degenerados), pero no son el objetivo del mismo inhibidor específico del receptor de EGF. [12] [13] Se pueden encontrar otros ejemplos de varios niveles de organización biológica en. [1]

Teoría [ editar ]

Relaciones teóricas entre propiedades biológicas importantes para la evolución. Para obtener una revisión de la evidencia que respalda estas relaciones, consulte. [3]

Varios desarrollos teóricos han esbozado los vínculos entre la degeneración y las importantes medidas biológicas relacionadas con la robustez, la complejidad y la capacidad de evolución . Éstas incluyen:

  • Los argumentos teóricos respaldados por simulaciones han propuesto que la degeneración puede conducir a formas distribuidas de robustez en las redes de interacción de proteínas. [14] Esos autores sugieren que es probable que surjan fenómenos similares en otras redes biológicas y que potencialmente también pueden contribuir a la resiliencia de los ecosistemas .
  • Tononi y col. han encontrado evidencia de que la degeneración es inseparable de la existencia de complejidad jerárquica en las poblaciones neuronales . [8] Argumentan que es probable que el vínculo entre degeneración y complejidad sea mucho más general.
  • Simulaciones bastante abstractas han apoyado la hipótesis de que la degeneración altera fundamentalmente la propensión de un sistema genético a acceder a nuevos fenotipos hereditarios [15] y que, por tanto, la degeneración podría ser una condición previa para la evolución abierta .
  • Las tres hipótesis anteriores se han integrado en [3] donde proponen que la degeneración juega un papel central en la evolución abierta de la complejidad biológica. En el mismo artículo, se argumentó que la ausencia de degeneración dentro de muchos sistemas complejos diseñados (abióticos) puede ayudar a explicar por qué la robustez parece estar en conflicto con la flexibilidad y la adaptabilidad, como se ve en el software, la ingeniería de sistemas y la vida artificial . [3]

Ver también [ editar ]

  • Canalización
  • Equifinalidad

Referencias [ editar ]

  1. ^ a b c d Edelman y Gally; Gally, JA (2001). "Degeneración y complejidad en sistemas biológicos" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias, EE . UU . 98 (24): 13763-13768. Código Bibliográfico : 2001PNAS ... 9813763E . doi : 10.1073 / pnas.231499798 . PMC  61115 . PMID  11698650 .
  2. ^ Mason, Paul H. (2 de enero de 2015). "Degeneración: desmitificar y desestigmatizar un concepto central en biología de sistemas". Complejidad . 20 (3): 12-21. Código Bib : 2015Cmplx..20c..12M . doi : 10.1002 / cplx.21534 .
  3. ↑ a b c d e Whitacre (2010). "Degeneración: un vínculo entre evolucionabilidad, robustez y complejidad en los sistemas biológicos" . Biología teórica y modelización médica . 7 (6): 6. arXiv : 0910.2586 . Código Bibliográfico : 2009arXiv0910.2586W . doi : 10.1186 / 1742-4682-7-6 . PMC 2830971 . PMID 20167097 .  
  4. ^ Atamas (2005). "Les affinités électives". Pour la Science . 46 : 39–43.
  5. ^ Wagner (2000). "El papel del tamaño de la población, la pleiotropía y los efectos de la aptitud de las mutaciones en la evolución de funciones genéticas superpuestas" . Genética . 154 (3): 1389–1401. PMC 1461000 . PMID 10757778 .  
  6. ^ Kurakin (2009). "Flujo de la vida libre de escamas: sobre la biología, la economía y la física de la célula" . Biología teórica y modelización médica . 6 (1): 6. doi : 10.1186 / 1742-4682-6-6 . PMC 2683819 . PMID 19416527 .  
  7. ^ Newman (1994). "Mecanismos físicos genéricos de la morfogénesis tisular: una base común para el desarrollo y la evolución" . Revista de Biología Evolutiva . 7 (4): 480. doi : 10.1046 / j.1420-9101.1994.7040467.x .
  8. ^ a b Tononi; Sporns, O .; Edelman, GM; et al. (1999). "Medidas de degeneración y redundancia en redes biológicas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias, EE . UU . 96 (6): 3257–3262. Código Bibliográfico : 1999PNAS ... 96.3257T . doi : 10.1073 / pnas.96.6.3257 . PMC 15929 . PMID 10077671 .  
  9. ^ Guo; Styles, CA; Feng, Q .; Fink, GR; et al. (2000). "Una familia de genes de Saccharomyces implicada en el crecimiento invasivo, la adhesión célula-célula y el apareamiento" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias, EE . UU . 97 (22): 12158–12163. Código Bibliográfico : 2000PNAS ... 9712158G . doi : 10.1073 / pnas.220420397 . PMC 17311 . PMID 11027318 .  
  10. ^ Kitano (2004). "Robustez biológica". Nature Reviews Genética . 5 (11): 826–837. doi : 10.1038 / nrg1471 . PMID 15520792 . 
  11. ^ Ma y Zeng; Zeng, AP (2003). "La estructura de conectividad, componente fuerte gigante y centralidad de las redes metabólicas" . Bioinformática . 19 (11): 1423-1430. doi : 10.1093 / bioinformatics / btg177 . PMID 12874056 . 
  12. ^ Huang; Mukasa, A .; Bonavia, R .; Flynn, RA; Brewer, ZE; Cavenee, WK; Furnari, FB; Blanco, FM; et al. (2007). "El análisis cuantitativo de las redes de señalización celular EGFRvIII revela una estrategia terapéutica combinatoria para el glioblastoma" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 104 (31): 12867–72. Código bibliográfico : 2007PNAS..10412867H . doi : 10.1073 / pnas.0705158104 . PMC 1937558 . PMID 17646646 .  
  13. ^ Stommel; Kimmelman, AC; Ying, H; Nabioullin, R; Ponugoti, AH; Wiedemeyer, R; Stegh, AH; Bradner, JE; et al. (2007). "La coactivación de receptores de tirosina quinasas afecta la respuesta de las células tumorales a las terapias dirigidas". Ciencia . 318 (5848): 287–90. Código bibliográfico : 2007Sci ... 318..287S . doi : 10.1126 / science.1142946 . PMID 17872411 . 
  14. ^ Whitacre y Bender; Bender, Axel (2010). "Almacenamiento en búfer en red: un mecanismo básico para la robustez distribuida en sistemas adaptativos complejos" . Biología teórica y modelización médica . 7 (20): 20. doi : 10.1186 / 1742-4682-7-20 . PMC 2901314 . PMID 20550663 .  
  15. ^ Whitacre y Bender; Bender, A (2010). "Degeneración: un principio de diseño para lograr robustez y capacidad de evolución". Revista de Biología Teórica . 263 (1): 143-153. arXiv : 0907.0510 . doi : 10.1016 / j.jtbi.2009.11.008 . PMID 19925810 . 

Lectura adicional [ editar ]

Debido a que hay muchos tipos distintos de sistemas que se someten a variación y selección heredables (ver Darwinismo universal ), la degeneración se ha convertido en un tema altamente interdisciplinario. A continuación se proporciona una breve hoja de ruta para la aplicación y el estudio de la degeneración dentro de diferentes disciplinas.

Comunicación animal

  • Hebets EA, Barron AB, Balakrishnan CN, Hauber ME, Mason PH, Hoke KL (2016). "Un enfoque de sistemas para la comunicación animal" . Proc. R. Soc. B . 283 (1826): 20152889. doi : 10.1098 / rspb.2015.2889 . PMC  4810859 . PMID  26936240 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )

Variación cultural

  • Downey G. (2012). "Variación cultural en las habilidades de rugby: un informe neuroantropológico preliminar". Anales de práctica antropológica . 36 (1): 26–44. doi : 10.1111 / j.2153-9588.2012.01091.x .

Ecosistemas

  • Atamas S., Bell J. (2009). "Dinámica de autoestructuración impulsada por la degeneración en repertorios selectivos" . Boletín de Biología Matemática . 71 (6): 1349-1365. doi : 10.1007 / s11538-009-9404-z . PMC  3707519 . PMID  19337776 .

Epigenética

  • Maleszka R., Mason PH, Barron AB (2014). "Epigenómica y el concepto de degeneración en sistemas biológicos" . Sesiones informativas sobre genómica funcional . 13 (3): 191–202. doi : 10.1093 / bfgp / elt050 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )

Historia y filosofía de la ciencia

  • Mason PH (2010). "Degeneración en múltiples niveles de complejidad". Teoría biológica . 5 (3): 277–288. doi : 10.1162 / biot_a_00041 .

Biologia de sistemas

  • Solé RV, Ferrer-Cancho R., Montoya JM, Valverde S. (2002). "Selección, retoques y aparición en redes complejas" (PDF) . Complejidad . 8 (1): 20–33. Código Bibliográfico : 2002Cmplx ... 8a..20S . doi : 10.1002 / cplx.10055 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  • Whitacre JM, Bender A. (2010). "Almacenamiento en búfer en red: un mecanismo básico para la robustez distribuida en sistemas adaptativos complejos" . Biología teórica y modelización médica . 7 (20). arXiv : 0912.1961 . Código Bibliográfico : 2009arXiv0912.1961W . doi : 10.1186 / 1742-4682-7-20 . PMC  2901314 . PMID  20550663 .
  • Mason PH (2015). "Degeneración: desmitificar y desestigmatizar un concepto central en biología de sistemas". Complejidad . 20 (3): 12-21. Código Bib : 2015Cmplx..20c..12M . doi : 10.1002 / cplx.21534 .
  • Mason PH, Domínguez DJF, Winter B., Grignolio A. (2015). "Oculto a la vista: degeneración en sistemas complejos". BioSystems . 128 : 1–8. doi : 10.1016 / j.biosystems.2014.12.003 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )

Evolución

  • Edelman GM, Gally JA (2001). "Degeneración y complejidad en sistemas biológicos" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias, EE . UU . 98 (24): 13763-13768. Código Bibliográfico : 2001PNAS ... 9813763E . doi : 10.1073 / pnas.231499798 . PMC  61115 . PMID  11698650 .
  • Whitacre JM (2010). "Degeneración: un vínculo entre evolucionabilidad, robustez y complejidad en los sistemas biológicos" . Biología teórica y modelización médica . 7 (6). arXiv : 0910.2586 . Código Bibliográfico : 2009arXiv0910.2586W . doi : 10.1186 / 1742-4682-7-6 . PMC  2830971 . PMID  20167097 .
  • Whitacre JM, Bender A. (2010). "Degeneración: un principio de diseño para lograr robustez y capacidad de evolución". Revista de Biología Teórica . 263 (1): 143–53. arXiv : 0907.0510 . doi : 10.1016 / j.jtbi.2009.11.008 . PMID  19925810 .
  • Whitacre JM, Atamas SP (2011). "La paradoja de la diversidad: cómo la naturaleza resuelve un dilema evolutivo". arXiv : 1112.3115 . Código Bibliográfico : 2011arXiv1112.3115W . Cite journal requiere |journal=( ayuda )

Inmunología

  • Cohn M (2005). "Degeneración, mimetismo y reactividad cruzada en el reconocimiento inmunológico". Inmunología molecular . 42 (5): 651–655. doi : 10.1016 / j.molimm.2004.09.010 .
  • Cohen, IR, U. Hershberg y S. Solomon, 2004 Degeneración del receptor de antígeno y paradigmas inmunológicos. Inmunología molecular. 40 (14-15) págs. 993-996.
  • Tieri, P., GC Castellani, D. Remondini, S. Valensin, J. Loroni, S. Salvioli y C. Franceschi, Capturando la degeneración del sistema inmunológico. En Inmunología Silico. Springer, 2007.
  • Tieri P., Grignolio A., Zaikin A., Mishto M., Remondini D., Castellani GC, Franceschi C. (2010). "Red, degeneración y pajarita. Integrando paradigmas y arquitecturas para captar la complejidad del sistema inmunológico" . Modelo Theor Biol Med . 7 : 32. doi : 10.1186 / 1742-4682-7-32 . PMC  2927512 . PMID  20701759 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )

Vida artificial , Inteligencia computacional

  • Andrews, PS y J. Timmis, Un modelo computacional de degeneración en un ganglio linfático. Lecture Notes in Computer Science, 2006. 4163: p. 164.
  • Mendao, M., J. Timmis, PS Andrews y M. Davies. El sistema inmunológico en pedazos: lecciones computacionales de la degeneración en el sistema inmunológico. en Fundamentos de la Inteligencia Computacional (FOCI). 2007.
  • Whitacre, JM y A. Bender. La neutralidad degenerada crea paisajes de fitness evolutivos. en WorldComp-2009. 2009. Las Vegas, Nevada, Estados Unidos.
  • Whitacre, JM, P. Rohlfshagen, X. Yao y A. Bender. El papel de la robustez degenerada en la capacidad de evolución de los sistemas multiagente en entornos dinámicos. en PPSN XI. 2010. Cracovia, Polonia.
  • Macia J., Solé R. (2009). "Robustez distribuida en redes celulares: conocimientos de circuitos evolucionados sintéticos" . Revista de la interfaz de la Royal Society . 6 (33): 393–400. doi : 10.1098 / rsif.2008.0236 . PMC  2658657 . PMID  18796402 .
  • Fernández-León, JA (2011). Evolución de las dependencias cognitivo-conductuales en agentes situados para la robustez conductual. BioSystems 106, págs. 94-110. [1]
  • Fernández-León, JA (2011). Robustez del comportamiento: un vínculo entre los mecanismos distribuidos y la dinámica transitoria acoplada. BioSystems 105, Elsevier, págs. 49–61. [2]
  • Fernández-León, JA (2010). Evolución del comportamiento robusto dependiente de la experiencia en agentes encarnados. BioSystems 103: 1, Elsevier, págs. 45–56. [3]

Cerebro

  • Price, C. y K. Friston, Degeneración y anatomía cognitiva. Trends in Cognitive Sciences, 2002. 6 (10) págs. 416–421.
  • Tononi, G., O. Sporns y GM Edelman, Medidas de degeneración y redundancia en redes biológicas. Actas de la Academia Nacional de Ciencias, EE. UU., 1999. 96 (6) págs. 3257–3262.
  • Mason, PH (2014) ¿Qué es normal? Un estudio histórico y una perspectiva neuroantropológica, en Jens Clausen y Neil Levy. (Eds.) Manual de neuroética, Springer, págs. 343–363.

Lingüística

  • Invierno B (2014). "El lenguaje hablado logra robustez y capacidad de evolución explotando la degeneración y la neutralidad". BioEssays . 36 (10): 960–967. doi : 10.1002 / bies.201400028 . PMID  25088374 .

Oncología

  • Tian, ​​T., S. Olson, JM Whitacre y A. Harding, Los orígenes de la solidez y evolución del cáncer. Integrative Biology, 2011. 3: págs. 17-30.

Revisión por pares

  • Lehky, S., Sistemas de selección y evaluación por pares: adaptación y mala adaptación de individuos y grupos a través de la revisión por pares. 2011: Prensa de BioBitField.

Investigadores [ editar ]

  • Duarte Araujo
  • Sergei Atamas
  • Andrew Barron
  • Keith Davids
  • Gerald Edelman
  • Ryszard Maleszka
  • Paul Mason
  • Ludovic Seifert
  • Ricard Sole
  • Giulio Tononi
  • James Whitacre

Enlaces externos [ editar ]

  • comunidad de investigación de la degeneración
  1. Fernandez-Leon, JA (2011). "Evolución de las dependencias cognitivo-conductuales en agentes situados para la robustez conductual". BioSystems . 106 (2-3): 94-110. doi : 10.1016 / j.biosystems.2011.07.003 . PMID 21840371 . 
  2. Fernandez-Leon, JA (2011). "Robustez del comportamiento: un vínculo entre los mecanismos distribuidos y la dinámica transitoria acoplada". BioSystems . 105 (1): 49–61. doi : 10.1016 / j.biosystems.2011.03.006 . PMID 21466836 . 
  3. Fernandez-Leon, JA (2010). "Evolución del comportamiento robusto dependiente de la experiencia en agentes encarnados". BioSystems . 103 (1): 45–56. doi : 10.1016 / j.biosystems.2010.09.010 . PMID 20932875 .