El recurso de información de Arabidopsis ( TAIR ) es un recurso comunitario y una base de datos de organismos modelo en línea de datos de biología genética y molecular para la planta modelo Arabidopsis thaliana , comúnmente conocida como berro de oreja de ratón. [1]
Contenido | |
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Descripción | un recurso comunitario y una base de datos de organismos modelo en línea de datos de biología genética y molecular para la planta modelo Arabidopsis thaliana , comúnmente conocida como berro de oreja de ratón. |
Organismos | Arabidopsis thaliana |
Contacto | |
Centro de Investigación | Phoenix Bioinformática |
Acceso | |
Sitio web | https://www.arabidopsis.org/ |
TAIR integra información sobre el genoma de Arabidopsis, genes, productos génicos, variantes naturales, alelos mutantes y fenotipos de plantas y literatura de investigación. Los datos en TAIR se pueden recuperar mediante búsquedas simples y avanzadas, consultas masivas y herramientas de descarga, y en colecciones de archivos de texto preparados. El genoma y las anotaciones de Arabidopsis se pueden visualizar utilizando las herramientas interactivas SeqViewer y GBrowse. Los biocuradores de TAIR son responsables de adquirir e integrar datos de la literatura de investigación (anotación funcional) [2] , así como de ayudar a la comunidad en el uso de datos y herramientas de Arabidopsis. TAIR colabora con el Consorcio de Recursos Biológicos de Arabidopsis [3] (ABRC) para permitir que los investigadores busquen, examinen y soliciten reservas de semillas y ADN. La misión del ABRC es adquirir, preservar y distribuir recursos de semillas y ADN que sean útiles para la comunidad de investigación de Arabidopsis. La comunidad de TAIR incluye más de 28.000 usuarios registrados [4] y el sitio web atrae alrededor de 60.000 visitantes únicos por mes. [5]
TAIR se encuentra en Phoenix Bioinformatics, [6] y se financia mediante suscripciones. [7]
Historial de financiación TAIR
Desde su inicio en 1999 hasta 2013, TAIR fue financiado principalmente por la National Science Foundation (Grant No. DBI-0850219). En respuesta al fin de la financiación de NSF, un grupo central del personal de TAIR fundó la organización sin fines de lucro, Phoenix Bioinformatics, [6] con el objetivo de encontrar soluciones creativas para la sostenibilidad de las bases de datos. En septiembre de 2013, con el apoyo de Phoenix, TAIR pasó a los ingresos por suscripción. Las tarifas de suscripción se utilizan para financiar la conservación continua de datos y mejoras en la base de datos y las herramientas de TAIR. TAIR ofrece una variedad de opciones de suscripción para acceder al recurso completo y actualizado. [8]
Para garantizar el mayor acceso de la comunidad a los datos y promover la reutilización de datos, los datos solo para suscriptores en TAIR se ponen a disposición del público un año después de su publicación inicial en el sitio TAIR. [9]
Referencias
- ^ Lamesch, P; Berardini, TZ; Li, D; Swarbreck, D; Wilks, C; Sasidharan, R; Muller, R; Dreher, K; Alexander, DL; García-Hernández, M; Karthikeyan, AS; Lee, CH; Nelson, WD; Ploetz, L; Singh, S; Wensel, A; Huala, E (2012). "El recurso de información de Arabidopsis (TAIR): anotación genética mejorada y nuevas herramientas" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Base de datos): D1202-10. doi : 10.1093 / nar / gkr1090 . PMC 3245047 . PMID 22140109 .
- ^ Berardini, TZ; Mundodi, S; Reiser, L; Huala, E; García-Hernández, M; Zhang, P; Mueller, LA; Yoon, J; Doyle, A; Lander, G; Moseyko, N; Yoo, D; Xu, yo; Zoeckler, B; Montoya, M; Miller, N; Weems, D; Rhee, SY (2004). "Anotación funcional del genoma de Arabidopsis utilizando vocabularios controlados" . Fisiología vegetal . 135 (2): 745–55. doi : 10.1104 / pp.104.040071 . PMC 514112 . PMID 15173566 .
- ^ "ABRC" . abrc.osu.edu .
- ^ "Búsqueda de la comunidad TAIR" . TAIR . Consultado el 11 de mayo de 2015 .
- ^ "TAIR Google Analytics" . Google Analytics . Consultado el 12 de mayo de 2015 .
- ^ a b "Phoenix Bioinformatics" . www.phoenixbioinformatics.org .
- ^ https://www.arabidopsis.org/doc/about/tair_subscriptions/413
- ^ "Página de suscripción TAIR" . TAIR . Consultado el 12 de mayo de 2015 .
- ^ "Los datos TAIR Comunicado de prensa" . TAIR . Consultado el 12 de mayo de 2015 .
enlaces externos
- El recurso de información de Arabidopsis