Calypso fue utilizado por la Armada como cañonera, y se le ordenó patrullar las vías navegables de la Confederación para evitar que el Sur comerciara con otros países.
Calypso , un streamer armado, fue capturado el 11 de junio de 1863 frente a Wilmington, Carolina del Norte , por el USS Florida ; comprado en el tribunal de premios el 12 de octubre de 1863; y comisionado el 24 de septiembre de 1863, el maestro interino FD Stuart al mando.
Calypso se unió al Escuadrón de Bloqueo del Atlántico Norte frente a Wilmington, Carolina del Norte , y el 24 de octubre de 1863 se llevó su primer premio en Frying Pan Shoals , la goleta Herald . Al regresar a Norfolk, Virginia , en noviembre para reparaciones, el vapor volvió a estar de servicio en Wilmington el 31 de marzo de 1864.
En junio, se unió al USS Nansemond para navegar hacia New River Inlet para apoyar al Ejército de la Unión en una expedición para cortar el ferrocarril de Wilmington y Weldon . Las tropas fueron desembarcadas con éxito de Nansemond en botes de ambos barcos el 21 de junio, y durante los días siguientes, los botes de Calypso patrullaron río arriba y llevaron suministros al Ejército. Cuando la oposición confederada impidió la conexión del grupo de desembarco con una fuerza que se movía por tierra, Calypso evacuó rápidamente a los soldados.
Durante el verano, Calypso patrulló la pista de los barcos que intentaban ejecutar el bloqueo desde Nassau, Bahamas , y el 28 de octubre de 1864, después de una larga persecución y ayuda de última hora del USS Eolus y el USS Fort Jackson , tomó el vapor Lady Sterling . Calypso fue enviada al norte con su premio el 6 de noviembre y, después de recibir reparaciones en la ciudad de Nueva York , regresó a fines de la primavera de 1865 para navegar desde la bahía de Chesapeake hasta la costa de Florida .
Fue dada de baja en Washington Navy Yard el 15 de agosto de 1865 y vendida en la ciudad de Nueva York el 30 de noviembre de 1865.