La repetición WD40 (también conocida como repetición WD o beta-transducina ) es un motivo estructural corto de aproximadamente 40 aminoácidos , que a menudo termina en un dipéptido triptófano - ácido aspártico (WD). [2] Las copias en tándem de estas repeticiones normalmente se pliegan juntas para formar un tipo de dominio de proteína de solenoide circular llamado dominio WD40 .
Dominio WD, repetición G-beta | ||||||||||
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![]() Diagrama de cintas del dominio WD40 C-terminal de Tup1 (a transcripcional corepressor en la levadura), que adopta un 7 de hoja beta-hélice de plegado. La cinta está coloreada de azul ( extremo N ) a rojo ( extremo C ). [1] | ||||||||||
Identificadores | ||||||||||
Símbolo | WD40 | |||||||||
Pfam | PF00400 | |||||||||
Clan pfam | CL0186 | |||||||||
InterPro | IPR001680 | |||||||||
PROSITE | PDOC00574 | |||||||||
SCOP2 | 1gp2 / SCOPe / SUPFAM | |||||||||
CDD | cd00200 | |||||||||
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Estructura
Las proteínas que contienen el dominio WD40 tienen de 4 a 16 unidades repetidas, todas las cuales se cree que forman una estructura de hélice beta circularizada (ver figura a la derecha). [3] [4] El dominio WD40 se compone de varias repeticiones, una región variable de alrededor de 20 residuos al principio seguida de un conjunto repetido de residuos más común. Estas repeticiones forman típicamente una hoja o hoja beta antiparalela de cuatro hebras. Estas palas se unen para formar una hélice, siendo la más común una hélice beta de 7 palas. Las hojas se entrelazan para que la última hebra beta de una repetición se forme con las tres primeras de la siguiente repetición para formar la estructura de la hoja 3D.
Función
Las proteínas de repetición WD40 son una gran familia que se encuentra en todos los eucariotas y están implicadas en una variedad de funciones que van desde la transducción de señales y la regulación de la transcripción hasta el control del ciclo celular , la autofagia y la apoptosis . [5] La función común subyacente de todas las proteínas de repetición WD40 es coordinar conjuntos de complejos de múltiples proteínas, donde las unidades repetidas sirven como un andamio rígido para las interacciones de proteínas. La especificidad de las proteínas está determinada por las secuencias fuera de las propias repeticiones. Ejemplos de tales complejos son las proteínas G (la subunidad beta es una hélice beta), el factor de transcripción TAFII y la ubiquitina ligasa E3 . [3] [4]
Ejemplos de
Según el análisis inicial del genoma humano, las repeticiones WD40 son la octava familia más grande de proteínas. En total, se identificaron 277 proteínas que las contenían. [6] Los genes humanos que codifican proteínas que contienen este dominio incluyen:
- AAAS , AAMP , AHI1 , AMBRA1 , APAF1 , ARPC1A , ARPC1B , ATG16L1 ,
- BOP1 , BRWD1 , BRWD2 , BRWD3 , BTRC , BUB3 ,
- C6orf11 , CDC20 , CDC40 , CDRT1 , CHAF1B , CIAO1 , CIRH1A , COPA , COPB2 , CORO1A , CORO1B , CORO1C , CORO2A , CORO2B , CORO6 , CORO7 , CSTF1 ,
- DDB2 , DENND3 , DMWD , DMXL1 , DMXL2 , DNAI1 , DNAI2 , DNCI1 , DTL , DYNC1I1 , DYNC1I2 , EDC4 ,
- EED , EIF3S2 , ELP2 , EML1 , EML2 , EML3 , EML4 , EML4-ALK , EML5 , ERCC8 ,
- FBXW10 , FBXW11 , FBXW2 , FBXW4 , FBXW5 , FBXW7 , FBXW8 , FBXW9 , FZR1 ,
- GBL, GEMIN5 , GNB1 , GNB1L , GNB2 , GNB2L1 , GNB3 , GNB4 , GNB5 , GRWD1 , GTF3C2 ,
- HERC1 , HIRA , HZGJ ,
- IFT121 , IFT122 , IFT140 , IFT172 , IFT80 , IQWD1 ,
- KATNB1 , KIAA1336 , KIF21A , KIF21B , KM-PA-2 ,
- KEAP1 ,
- LLGL1 , LLGL2 , LRBA , LRRK1 , LRRK2 , LRWD1 , LYST ,
- MAPKBP1 , MED16 , MORG1 ,
- NBEA , NBEAL1 , NEDD1 , NLE1 , NSMAF , NUP37 , NUP43 , NWD1 ,
- PAAF1 , PAFAH1B1 , PAK1IP1 , PEX7 , PHIP , PIK3R4 , PLAA , PLRG1 , PPP2R2A , PPP2R2B , PPP2R2C , PPP2R2D , PPWD1 , PREB , PRPF19 , PRPF4 , PWP1 , PWP2 ,
- RAE1 , RPTOR , RBBP4 , RBBP5 , RBBP7 , RFWD2 , RFWD3 , RRP9 ,
- SCAP , SEC13 , SEC31A , SEC31B , SEH1L , SHKBP1 , SMU1 , SPAG16 , SPG, CORREA , STRN , STRN3 , STRN4 , STXBP5 , STXBP5L ,
- TAF5 , TAF5L , TBL1X , tbl1xr1 , TBL1Y , TBL2 , TBL3 , TEP1 , THOC3 , THOC6 , TLE1 , TLE2 , TLE3 , TLE4 , TLE6 , TRAF7 , TSSC1 , TULP4 , TUWD12 ,
- UTP15 , UTP18 ,
- WAIT1 , WDF3 , WDFY1 , WDFY2 , WDFY3 , WDFY4 , WDHD1 , WDR1 , WDR10 , WDR12 , WDR13 , WDR16 , WDR17 , WDR18 , WDR19 , WDR20 , WDR21A , WDR21C , WDR22 , WDR23 , WDR24 , WDR25 , WDR26 , WDR27 , WDR3 , WDR31 , WDR32 , WDR33 , WDR34 , WDR35 , WDR36 , WDR37 , WDR38 , WDR4 , WDR40A , WDR40B , WDR40C , WDR41 , WDR42A , WDR42B , WDR43 , WDR44 , WDR46 , WDR47 , WDR48 , WDR49 , WDR5 , WDR51A , WDR51B , WDR52 , WDR53 , WDR54 , WDR55 , WDR57 , WDR59 , WDR5B , WDR6 , WDR60 , WDR61 , WDR62 , WDR63 , WDR64 , WDR65 , WDR66 , WDR67 , wdr68 , WDR69 , WDR7 , WDR70 , WDR72 , WDR73 , WDR74 , WDR75 , WDR76 , WDR77 , WDR78 , WDR79 , WDR8 , WDR81 , WDR82 , WDR85 , WDR86 , WDR88 , WDR89 , WDR90 , WDR91 , WDR92 , WDSOF1 , WDSUB1 , WDTC1 , WSB1 , WSB2 ,
- ZFP106
Gen WDR | otros nombres de genes | Identificación del gen NCBI Entrez | Enfermedad humana asociada con mutaciones |
---|---|---|---|
WDR1 | AIP1; NORI-1; HEL-S-52 | 9948 | |
WDR2 | CORO2A ; IR10; CLIPINB | 7464 | |
WDR3 | DIP2; UTP12 | 10885 | |
WDR4 | TRM82; TRMT82 | 10785 | |
WDR5 | SWD3; BIG-3; CFAP89 | 11091 | |
WDR6 | 11180 | ||
WDR7 | TRAG; KIAA0541; Rabconnectin 3 beta | 23335 | |
WDR8 | WRAP73 | 49856 | |
WDR9 | BRWD1 ; N143; C21orf107 | 54014 | |
WDR10 | IFT122 ; SECCIÓN DE LA ECONOMÍA; SPG; CED1; WDR10p; WDR140 | 55764 | Síndrome de Sensenbrenner |
WDR11 | DR11; HH14; BRWD2; WDR15 | 55717 | Síndrome de Kallmann |
WDR12 | YTM1 | 55759 | |
WDR13 | MG21 | 64743 | |
WDR14 | GNB1L ; GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK3 | 54584 | |
WDR15 | WDR11 | ||
WDR16 | CFAP52 ; WDRPUH | 146845 | |
WDR17 | 116966 | ||
WDR18 | Ipi3 | 57418 | |
WDR19 | ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; Oseg6; PWDMP; SRTD5; IFT144; NPHP13 | 57728 | Síndrome de Sensenbrenner , síndrome de Jeune |
WDR20 | DMR | 91833 | |
WDR21 | DCAF4 ; WDR21A | 26094 | |
WDR22 | DCAF5 ; BCRG2; BCRP2 | 8816 | |
WDR23 | DCAF11 ; GL014; PRO2389 | 80344 | |
WDR24 | JFP7; C16orf21 | 84219 | |
WDR25 | C14orf67 | 79446 | |
WDR26 | CDW2; GID7; MIP2 | 80232 | |
WDR27 | 253769 | ||
WDR28 | GRWD1; CDW4; GRWD; RRB1 | 83743 | |
WDR29 | SPAG16 ; PF20 | 79582 | |
WDR30 | ATG16L1 ; IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L | 55054 | enfermedad de Crohn |
WDR31 | 114987 | ||
WDR32 | DCAF10 | 79269 | |
WDR33 | NET14; WDC146 | 55339 | |
WDR34 | DIC5; FAP133; SRTD11 | 89891 | Síndrome de Jeune |
WDR35 | CED2; IFTA1; SRTD7; IFT121 | 57539 | Síndrome de Sensenbrenner |
WDR36 | GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP | 134430 | Glaucoma primario de ángulo abierto |
WDR37 | 22884 | ||
WDR38 | 401551 | ||
WDR39 | CIAO1 ; CIA1 | 9391 | |
WDR40A | DCAF12 ; CT102; TCC52; KIAA1892 | 25853 | |
WDR41 | MSTP048 | 55255 | |
WDR43 | UTP5; NET12 | 23160 | |
WDR44 | RPH11; RAB11BP | 54521 | |
WDR45 | JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; WIPI4; WIPI-4 | 11152 | Neurodegeneración asociada a proteínas de hélice beta (BPAN) |
WDR46 | UTP7; BING4; FP221; C6orf11 | 9277 | |
WDR47 | NEMITINA; KIAA0893 | 22911 | |
WDR48 | P80; UAF1; SPG60 | 57599 | |
WDR49 | 151790 | ||
WDR50 | UTP18 ; CGI-48 | 51096 | |
WDR52 | CFAP44 | 55779 | |
WDR53 | 348793 | ||
WDR54 | 84058 | ||
WDR55 | 54853 | ||
WDR56 | IFT80 ; ATD2; SRTD2 | 57560 | Síndrome de Jeune |
WDR57 | SNRNP40 ; SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP | 9410 | |
WDR58 | THOC6 ; BBIS; fSAP35 | 79228 | |
WDR59 | FP977 | 79726 | |
WDR60 | SRPS6; SRTD8; FAP163 | 55112 | Síndrome de Jeune |
WDR61 | SKI8; REC14 | 80349 | |
WDR62 | MCPH2; C19orf14 | 284403 | microcefalia |
WDR63 | DIC3; NYD-SP29 | 126820 | |
WDR64 | 128025 | ||
WDR65 | CFAP57 ; VWS2 | 149465 | Síndrome de Van der Woude |
WDR66 | CaM-IP4 | 144406 | |
WDR67 | TBC1D31 ; Gm85 | 93594 | |
WDR68 | DCAF7 ; AN11; HAN11; CISNE-1 | 10238 | |
WDR69 | DAW1 ; ODA16 | 164781 | |
WDR70 | 55100 | ||
WDR71 | PAAF1 ; PAAF; Rpn14 | 80227 | |
WDR72 | AI2A3 | 256764 | Amelogénesis imperfecta |
WDR73 | HSPC264 | 84942 | |
WDR74 | 54663 | ||
WDR75 | NET16; UTP17 | 84128 | |
WDR76 | CDW14 | 79968 | |
WDR77 | p44; MEP50; MEP-50; HKMT1069; Nbla10071; p44 / Mep50 | 79084 | |
WDR78 | DIC4 | 79819 | |
WDR79 | WRAP53 ; DKCB3; TCAB1 | 55135 | |
WDR80 | ATG16L ; ATG16B | 89849 | |
WDR81 | CAMRQ2; PPP1R166 | 124997 | ataxia cerebelosa, retraso mental y síndrome de desequilibrio-2 |
WDR82 | SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; PRO2730; TMEM113; PRO34047 | 80335 | |
WDR83 | MORG1 | 84292 | |
WDR84 | PAK1IP1 ; PIP1; MAK11 | 55003 | |
WDR85 | DPH7 ; RRT2; C9orf112 | 92715 | |
WDR86 | 349136 | ||
WDR87 | NYD-SP11 | 83889 | |
WDR88 | PQWD | 126248 | |
WDR89 | MSTP050; C14orf150 | 112840 | |
WDR90 | C16orf15; C16orf16; C16orf17; C16orf18; C16orf19 | 197335 | |
WDR91 | HSPC049 | 29062 | |
WDR92 | MONADA | 116143 | |
WDR93 | 56964 | ||
WDR94 | AMBRA1 ; DCAF3 | 55626 | |
WDR96 | CFAP43 ; C10orf79 | 80217 |
Ver también
- Hélice beta
- Tomosyn , una proteína de dos dominios WD40
- Repeticiones en tándem de proteínas
Referencias
- ^ PDB : 1erj ; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (junio de 2000). "Estructura del dominio C-terminal de Tup1, un correpresor de transcripción en levadura" . EMBO J . 19 (12): 3016–27. doi : 10.1093 / emboj / 19.12.3016 . PMC 203344 . PMID 10856245 .
- ^ Neer EJ, Schmidt CJ, Nambudripad R, Smith TF (septiembre de 1994). "La antigua familia de proteínas reguladoras de proteínas de repetición WD". Naturaleza . 371 (6495): 297–300. Código Bibliográfico : 1994Natur.371..297N . doi : 10.1038 / 371297a0 . PMID 8090199 . S2CID 600856 .
- ^ a b Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (mayo de 1999). "La repetición WD40: una arquitectura común para diversas funciones". Trends Biochem. Sci . 24 (5): 181–5. doi : 10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5 . PMID 10322433 .
- ^ a b Li D, Roberts R (diciembre de 2001). "Proteínas de repetición WD: características de estructura, función biológica y su participación en enfermedades humanas". Célula. Mol. Life Sci . 58 (14): 2085–97. doi : 10.1007 / PL00000838 . PMID 11814058 . S2CID 20646422 .
- ^ Stirnimann CU, Petsalaki E, Russell RB, Müller CW (mayo de 2010). "Las proteínas WD40 impulsan las redes celulares". Trends Biochem. Sci . 35 (10): 565–74. doi : 10.1016 / j.tibs.2010.04.003 . PMID 20451393 .
- ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. (Febrero de 2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano" (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. doi : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 .
enlaces externos
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_APCC_Dbox_1
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_APCC_KENbox_2
- Motivo lineal eucariota clase de motivo de recurso LIG_COP1
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