Estas pautas son necesariamente bastante técnicas y están destinadas a editores con cierta experiencia en la elaboración de diagramas de estructura química y esquemas de reacción. Para obtener una descripción general menos técnica de los problemas involucrados, consulte Wikipedia: diagrama de estructura molecular .
General
Las estructuras químicas y los esquemas de reacción deben ajustarse a lo siguiente:
- Las imágenes deben dibujarse con un editor de moléculas , nunca a mano alzada
- Los ajustes de ACS deben usarse tanto para estructuras como para esquemas de reacción. Todos estos ajustes están disponibles como plantillas en los programas de dibujo químico ChemDraw, Isis / Draw y ChemSketch. Utilice fuentes sans-serif como Arial.
- Los índices utilizados para el etiquetado deben tener superíndices: R 1 -CH 2 -R 2 (no R 1 -CH 2 -R 2 )
- No incluir texto en inglés en las imágenes: esto evita su reutilización en otros idiomas.
- Los grupos metilo deben indicarse con "CH 3 ", no con "Me", a menos que estén unidos a un heteroátomo (por ejemplo, "NMe 2 "). Esto es para evitar confusiones con "Me", la abreviatura alemana de metal ( Metall ). Se desaconseja el uso de "Et", "Pr", etc. Por defecto, "Ph" denota fenilo y "X" halógeno.
- El uso de grupos metilo explícitos en los siguientes casos es una elección de estilo, y ambas formas son generalmente aceptables en Wikipedia:
- grupos metilo unidos a un anillo o como ramificaciones en una cadena de carbono más larga;
- grupos metilo al final de una cadena de carbono.
- Si se desean etiquetas para estructuras, considere el uso de números en negrita, que son neutrales en cuanto al lenguaje.
- Se debe incluir información sobre estereocentros y estereoisomería si está disponible (por ejemplo, mediante el uso de enlaces enclavados).
- Para artículos sobre racematos, la estereoquímica debe describirse como indefinida (enlaces rectos y no ondulados ni en cuña unidos al centro estereogénico).
Consideraciones tecnicas
- Las imágenes deben cargarse en formato PNG o SVG . Las imágenes PNG deben tener un tamaño aproximado de 600 a 720 ppp. Debe utilizarse un fondo transparente. Las imágenes aún deben ser legibles cuando se reducen a 450 píxeles para evitar conflictos con Chembox.
- Las imágenes SVG son deseables porque son infinitamente escalables, sin dejar de ser compactas. Sin embargo, la compatibilidad con imágenes SVG entre editores de moléculas comunes es limitada y es posible que no se muestre correctamente en Wikipedia.
- Las imágenes escaneadas tienden a ser de mala calidad. Las imágenes escaneadas de libros o revistas pueden violar los derechos de autor. No los suba.
Configuración sugerida del editor de moléculas
Las plantillas ACS están disponibles en la mayoría de los programas de dibujo químico .
Dibujar en ACD / Chemsketch
ACD / ChemSketch es un programa gratuito disponible para uso personal, doméstico y educativo de ACDlabs . Tiene características integrales de dibujo químico y puede conectarse directamente a PubChem , eMolecules y Chemspider para buscar estas grandes bases de datos por estructura o subestructura. El programa puede leer y escribir en muchos formatos de archivo, incluida la exportación de archivos PNG. Si se requieren archivos SVG, se recomienda que los diagramas de estructura se exporten como metarchivos mejorados (.emf) que Inkscape y otros editores de imágenes pueden leer .
- En el menú "Opciones", elija "Establecer estilo de dibujo de estructura" → Estilo ACS
- Dibuja la estructura o diagrama de reacción
- Exporte el archivo como PNG o EMF para su posterior procesamiento (ver más abajo)
Dibujando en Biovia Draw
BIOVIA Draw es la versión actual del programa ISIS / Draw original , ahora propiedad de Dassault Systèmes y disponible gratuitamente para usuarios académicos y no comerciales de BIOVIA . Otras versiones anteriores se llamaron Accelrys Draw y SymyxDraw. El programa puede leer y escribir muchos formatos de archivo, además de su formato de archivo de boceto propietario (.skc) y puede exportar archivos PNG. Si se requieren archivos SVG, se recomienda exportar los diagramas de estructura como metarchivos mejorados (.emf) que Inkscape y otros editores de imágenes pueden leer.
- En el menú "Opciones", elija "Cargar configuración" → Documento ACS
- Dibuja la estructura o diagrama de reacción
- Exporte el archivo como PNG o EMF para su posterior procesamiento (ver más abajo)
Dibujar en ChemDraw
- En el menú "Archivo", seleccione "Aplicar la configuración del documento de → Documento ACS 1996".
- Dibuje la estructura y guárdela como un archivo ChemDraw.
- Si dibujó la estructura antes de aplicar cualquier configuración, entonces debe seleccionar el objeto, abrir el menú "Objeto" y elegir "Aplicar la configuración del documento de → Documento ACS 1996".
- Luego, guárdelo como un archivo PNG, para que lo lea un editor de imágenes como GIMP o IrfanView (consulte los detalles a continuación).
La configuración de ACS es la siguiente:
- Ángulo de cadena: 120 grados
- Espaciado de enlace: 18% de la longitud
- Longitud del enlace: 0,508 cm (14,4 pt)
- Ancho en negrita: 0.071 cm (2 pt)
- Ancho de línea: 0,021 cm (0,6 pt)
- Ancho del margen: 0,056 cm (1,6 pt)
- Espaciado hash: 0,088 cm (2,5 pt)
- Subtítulos: Arial 10 pt
- Etiquetas de átomo: Arial 10 pt
- Ángulos de unión y longitud: se recomienda "fijo"
También se recomienda: para los símbolos menos en los átomos, cambie la fuente del símbolo menos a "Símbolo" para mayor claridad.
Dibujar en MarvinSketch
Los siguientes dos cambios en la fuente se pueden realizar yendo a Archivo → Estilo de documento )
- Fuente: Arial
- Escala de fuente: 18
- Etiquetas de carbón: Nunca (lo que se puede hacer yendo a Editar → Preferencias → Estructura )
- Ver → Colores: Monocromo
Los siguientes tres se pueden realizar yendo a Editar → Preferencias → Pantalla :
- Espaciado de doble enlace: 0,18
- Espesor de la unión de la estructura alámbrica: 0.06
- Fuente de etiquetas de carga circuladas: Arial
Mientras que este último se puede realizar yendo a Editar → Preferencias → Bonos
- Orientación de la cuña hacia abajo: apunta hacia arriba (luz del día)
La visualización del Stereocenter se puede habilitar eligiendo Ver → Estéreo → Etiquetas R / S: Todo .
Dibujar con WinDrawChem
Existe un programa gratuito de código abierto llamado WinDrawChem (la versión para Windows de XDrawChem) que parece funcionar bien. Enlace
Dibujando en BKChem
Existe un programa gratuito de código abierto llamado BKchem . Puede guardar los siguientes archivos de configuración en ~ / .bkchem en Linux o C: \ Documents and Settings \
standard.cdml:
xml version = "1.0"?> version = "0.15" xmlns = "http://www.freesoftware.fsf.org/bkchem/cdml" > version = "0.12.2" > BKchem area_color = "" font_family = "Arial" font_size = "24" line_color = "# 000" line_width = "0.06cm" paper_crop_margin = "5" paper_crop_svg = "1" paper_orientation = " retrato " paper_type = " Legal " > double-ratio = " 0.85 " length = " 1.4cm " wedge-width = " 0.18cm " width = " 0.21cm " /> length = " 1.6cm " /> < / estándar>
prefs.xml:
xml version = "1.0"?> type = "StringType" > en type = "StringType" > 1016x522 + 4 + 27 tipo = "StringType" > type = "StringType" > type = "IntType" > 0 type = "StringType" > ~
Modelos 3D
CORINA en línea
CORINA online es un generador de modelos 3D de moléculas fácil de manejar, con el objetivo de ejecutar la determinación estructural dentro de una inversión de tiempo particularmente baja. Esta ventaja se compra por una divergencia de la geometría ideal. Por ejemplo, el programa funciona con ajustes preestablecidos. Hasta qué punto son tolerables estas divergencias depende del caso individual y de las exigencias de calidad. CORINA no es “infalible”. Los centros de pseudoquiralidad pueden resultar como trampas (por ejemplo, aminas que son quirales en forma protonada). Estos detalles deben tenerse en cuenta en el código SMILES , es decir, el mínimo de energía relativa correcto debe asegurarse manualmente.
Generando archivos PNG
La mayoría de los editores de moléculas no pueden producir imágenes .PNG directamente con los requisitos descritos anteriormente. El paso de procesamiento de imágenes también permite agregar un lienzo (margen) (esto generalmente está ausente en la salida del editor de moléculas).
- Guardar como: mapa de bits TIFF en blanco y negro con una resolución de 720 ppp (moléculas pequeñas) a 240 ppp (moléculas grandes) (en ChemDraw, en el botón Opciones del cuadro de diálogo Guardar como TIFF).
- ChemDraw / ChemBioDraw 11 (2007) no puede guardar imágenes TIFF en blanco y negro. Por lo tanto, guarde como una imagen TIFF en escala de grises de 1200 ppp y reduzca la profundidad de color a 2 bits (blanco y negro) durante el procesamiento de la imagen.
- Procesamiento de imágenes (vista de Photoshop o Irfan):
- Agregue un lienzo de aproximadamente un 5% a cada lado (pruébelo, generalmente alrededor de 30 píxeles) (Photoshop: Imagen: Tamaño del lienzo, relativo, 10% de ancho, 10% de alto)
- Guárdelo como un mapa de bits PNG en blanco y negro (profundidad de color: 2) con fondo transparente.
Generando archivos SVG
Se prefieren los archivos SVG , porque son más pequeños, pueden generar imágenes de alta calidad para imprimir y son más fáciles de traducir si se agrega texto al mecanismo.
Uso de ChemDraw 12 para Windows
- Dibuje la estructura en ChemDraw 12 o posterior
- Vaya a Archivo → Guardar como
- Elija Gráficos vectoriales escalables (* .svg) como formato para guardar como.
ChemDraw exporta archivos svgs con fondo blanco. Puede usar el script vbs en User: Smallman12q / Scripts / Transperify para hacer que el fondo sea transparente. Otra opción es abrir el archivo con Inkscape, hacer clic derecho en la estructura y seleccionar "Desagrupar", luego hacer clic en cualquier lugar del fondo blanco y presionar eliminar, luego guardar nuevamente.
Uso de ChemDraw 12 para Mac
- Dibuje la estructura en ChemDraw 12 o posterior
- Vaya a Archivo → Guardar como
- Elija PDF como formato de guardar como
- Sube el PDF resultante al conversor Texterity FreeSVG y deberías terminar con un SVG muy ligero.
- Conversor SVG gratuito alternativo: conversor SVG en línea .
Usando MarvinSketch
- Haga clic en Archivo → Exportar a imagen .
- Cambie la extensión del nombre del archivo a “.svg” o elija el tipo de archivo Scalable Vector Graphics / SVG (* .svg * .svgz) y haga clic en Guardar .
- Establezca el valor de Escala en 112.
- Marque la casilla Usar canal alfa y, finalmente, haga clic en Guardar .
Suele haber un margen excesivamente grande alrededor de la extensión del diagrama, por lo que a menudo es una buena idea recortar la imagen en un programa vectorial como Inkscape antes de cargarla. Deje un pequeño margen de 1,6 pt.
Usando Inkscape
Este método solo funciona si su editor de moléculas puede exportar archivos en formato de metarchivo de Windows . Por ejemplo, ChemDraw admite esto, al igual que ChemSketch y BIOVIA Draw ( .emf es preferible para este último).
- Dibuje la estructura en su editor de moléculas y guárdelo como Metarchivo de Windows ( .wmf ), Metarchivo mejorado ( .emf ) o Postscript encapsulado ( .eps ).
- Abra el archivo guardado en Inkscape.
- Cambie el tamaño de la imagen aproximadamente en un 400%, luego haga clic en Archivo → Propiedades del documento → Ajustar página a la selección.
- Seleccione la molécula y haga clic en Ruta → Objeto a ruta. (para solucionar problemas comunes: errores de librsvg con fuentes)
- Haga clic en Archivo → Guardar como para guardar el archivo como SVG sin formato.
Usando Scribus
Una forma alternativa (pero un poco más compleja) de generar archivos SVG de alta calidad y tamaño pequeño. Es necesario descargar e instalar tanto Scribus como Ghostscript para archivar la conversión de EPS a SVG.
- Dibuje la estructura en su editor de moléculas (idealmente cambie la configuración para darle a una molécula el doble de tamaño que el estándar JACS o cambie el tamaño al 200% antes del siguiente paso) y guárdelo como un archivo PostScript encapsulado (.eps) - muchos de los los controladores de impresión Apple (no se requiere una impresora Apple) que imprimen en una impresora PostScript se pueden configurar en EPS en las opciones del cuadro de diálogo de impresión, por lo que la impresión en un archivo genera un archivo EPS adecuado (impresoras HP con PS en el nombre, por ejemplo, "HP LaserJet 2300 Series PS "también funciona, ideal para Windows 7 donde los controladores de Apple son difíciles de encontrar)
- Abra el archivo PostScript en Scribus. Tenga en cuenta el tamaño de la imagen y establezca el tamaño del papel en aproximadamente 10px más grande que la dimensión más grande.
- NB: SymyxDraw generalmente agregará un rectángulo de página completa al dibujo: desagrupar, seleccionar rectángulo y eliminar, luego seleccionar todo y reagrupar la estructura.
- Vaya a Archivo → Exportar → Guardar página como SVG.
Convertidor MOL2SVG
El archivo MDL / Symyx MOL se puede convertir al formato de gráficos SVG recomendado por Wikipedia mediante el software gratuito convertidor Mol2Svg [1] . Sin embargo, tenga en cuenta los siguientes problemas con Mol2Svg:
- Construirá líneas de enlace a partir de las coordenadas del archivo mol, es decir, todos los enlaces se unirán sin un espacio para los heteroátomos, luego colocará un rectángulo blanco sobre la unión del enlace y una letra negra. Esto se ve bien cuando se muestra sobre un fondo blanco, pero no sobre un fondo de color.
- Toma datos del archivo mol y los ajusta al tamaño de svg solicitado (en la pantalla principal), por lo que es necesario ajustar el tamaño de svg y el tamaño de fuente para obtener la relación deseada entre la longitud del enlace y el tamaño de fuente.
- Las letras se colocan en la parte inferior del rectángulo descrito anteriormente (en el número 1). Esto es incorrecto, necesitan estar en el centro.
Una solución alternativa a los problemas es:
- Realice varias conversiones de prueba modificando el svg y el tamaño de la fuente hasta que se vea correctamente (ver en Inkscape).
- Luego edite en Inkscape - Desagrupe el dibujo y mueva las letras hacia arriba con cuidado (Alt-UpArrow - para un movimiento fino) hasta el lugar correcto
- Si planea usar un fondo que no sea blanco, agregue un rectángulo blanco grande que cubra toda la molécula (y luego colóquelo detrás) O coloree previamente los pequeños rectángulos en blanco detrás de las letras.
Carga y derechos de autor
Sube imágenes a Wikimedia Commons y no a la Wikipedia en inglés . Esto permite que las imágenes se usen en otros lenguajes de Wikipedia y otros proyectos de Wikimedia y hace que la actualización de las imágenes sea mucho más fácil, también evita que otra persona tenga que mover la estructura a Commons más adelante. También es más sencillo encontrar imágenes en la estructura de categorías de Commons en comparación con Wikipedia. Para subir imágenes a Commons, debe ser un usuario registrado allí. Debido al inicio de sesión de usuario único , es posible que ya tenga una cuenta en Commons ( marque aquí ).
Como de costumbre, las imágenes cargadas deben tener una etiqueta de derechos de autor correcta: agregue {{ PD-chem }}; esto agregará el texto Esta imagen de una fórmula estructural simple no es elegible para derechos de autor y, por lo tanto, es de dominio público, porque consta completamente de información que es propiedad común y no contiene autoría original . Las imágenes publicadas bajo licencias de “uso no comercial solamente” no se aceptan y se eliminarán sin previo aviso, al igual que las imágenes sin etiqueta.
La forma más sencilla es utilizar este formulario de carga precargado . Complete el formulario y una o más categorías específicas (normalmente subcategorías de Categoría: Compuestos químicos ).
Método alternativo:
- Vaya a la página de carga (es posible que desee marcar esto)
- Pegue este texto en la plantilla de resumen:
- Para ChemDraw:
{{Información| Descripción = {{en | Estructura química de [[: en: ... |]]}}| Fuente = {{Propio}}| Fecha = 2021-05-31| Autor = ~~~| Permiso = {{PD-chem}}| other_versions =}}== Comentarios ==.PNG de alta resolución en blanco y negro hecho con [[: en: ChemDraw | ChemDraw]] y [[: en: IrfanView | IrfanView]] - ver [[: en: Wikipedia: Manual de estilo (química) / Dibujo de estructura | WikiProject Chemistry - dibujo de la estructura]] para obtener instrucciones detalladas. Envíeme una nota si necesita el archivo fuente.[[Categoría: Estructuras químicas]]
- Para BKchem:
{{Información| Descripción = {{en | Estructura química de [[: en: ... |]]}}| Fuente = {{Propio}}| Fecha = 2021-05-31| Autor = ~~~| Permiso = {{PD-chem}}| other_versions =}}== Comentarios ==Archivo CD-SVG creado con [[: en: BKchem |]] - consulte [[: en: Wikipedia: Manual de estilo (química) / Dibujo de estructura | Química de WikiProject - dibujo de estructura]] para obtener instrucciones detalladas.[[Categoría: Estructuras químicas]]
- Reemplace "..." con el nombre del artículo de Wikipedia y su nombre de usuario, respectivamente.
- La fecha ya está establecida en la fecha actual.
- Busque su archivo y selecciónelo. Opcionalmente, cambie el nombre de la imagen final en el cuadro a continuación
- No seleccione una licencia del formulario de carga: las etiquetas ya están en el texto pegado
- Sube el archivo
- Cambie su estructura a la subcategoría (o subcategorías) más específica de Categoría: Compuestos químicos
Plantillas
Las siguientes plantillas se pueden utilizar en Wikipedia y Commons para marcar estructuras químicas incorrectas o deficientes:
Wikipedia: {{Química en disputa | motivo}} Comunes: {{Química en disputa | motivo}} | |
Wikipedia: {{Química de baja calidad | motivo}} Comunes: {{Química de baja calidad | motivo}} |
Ver también
- Wikipedia: preparación de imágenes para subir
- Usuario: Benjah-bmm27 / MakingMolecules
enlaces externos
- Representación gráfica de la configuración estereoquímica Recomendaciones de la IUPAC 2006 . Una guía para dibujar estructuras químicas. Cubre temas como el uso de enlaces en cuña y ondulados, ángulos de enlace y perspectiva.
Notas
- ^ Error de cita: la referencia nombrada
Mol2Svg
se invocó pero nunca se definió (consulte la página de ayuda ).