ISIS / Draw fue un programa de dibujo de estructuras químicas desarrollado por MDL Information Systems . Introdujo varios formatos de archivo para el almacenamiento de información química que se han convertido en estándares de la industria. [1]
Historia
Molecular Design Limited (MDL) fue fundada por Stuart Marson y W. Todd Wipke en 1978, siguiendo la experiencia de este último con EJ Corey en el desarrollo de software para planificar síntesis orgánicas. [2] La empresa desarrolló un software para almacenar y buscar estructuras químicas en grandes bases de datos bajo la marca MACCS (Molecular ACCess System), que estaba dirigido a empresas farmacéuticas y agroquímicas. [3] [4] MDL ofreció sus productos ISIS (Integrated Scientific Information System), incluido ISIS / Draw como componentes del sistema MACCS, específicamente para permitir que los químicos utilicen una interfaz gráfica para registrar nuevos compuestos en bases de datos corporativas y buscar en estas bases de datos por estructura o estructura parcial. También introdujeron ISIS / Base, un programa de base de datos de productos químicos adecuado para el almacenamiento de un número relativamente pequeño de estructuras con datos asociados para uso personal independientemente de los sistemas corporativos. Las estructuras de ISIS / Draw podrían incorporarse a otros documentos, por ejemplo, utilizando el software de procesador de textos que estaba disponible en la década de 1980, proporcionando así una publicación electrónica completa para los químicos. [5] MDL lanzó muchas versiones del software e hizo que ISIS / Draw estuviera disponible gratuitamente para uso no comercial: la versión 2.5 estaba disponible para ejecutarse en Windows 98 . [6] En 2007, MDL (entonces propiedad de Reed Elsevier ) se fusionó con Symyx Technologies , que a su vez fue adquirida por Accelrys en 2010 y ahora es propiedad de Dassault Systèmes . El software ahora tiene la marca BIOVIA Draw.
Formatos de archivo
MDL introdujo especificaciones para formatos de archivos químicos , incluido el archivo mol (.mol) y el archivo de estructura / datos (.sdf) que posteriormente se colocaron en el dominio público y se han convertido en estándares para representar estructuras en dibujos en 2-D y para transferir dicha información. con datos asociados, por ejemplo, identificadores, nombres químicos y propiedades de las sustancias. [1] [4] Muchas bases de datos públicas implementaron estos estándares y ChemSpider , por ejemplo, permite a los usuarios descargar archivos mol para las estructuras que contiene. [7] ISIS / Draw conservó sus propios formatos de archivo patentados con la extensión .skc (archivo de boceto) y .rxn (para reacciones) y debido a su función en la preparación de consultas de bases de datos, admitió una variedad de tipos especiales de átomos y enlaces utilizados para la subestructura. búsqueda, como átomos comodín , enlaces aromáticos , enlaces de anillo y el mapeo de átomos requerido para búsquedas de reacciones.
Funciones del programa
Si bien ISIS / Draw era principalmente un programa de dibujo 2D, tenía algunas funciones de rotación 3D y podía interactuar con Rasmol para visualización y renderizado 3D. ISIS / Draw también incluía características de validación de estructura y reacción y podía calcular propiedades elementales como la fórmula y el peso molecular. Tenía un complemento "AutoNom" que permitía la creación de nombres IUPAC para estructuras válidas y podía usar un "pseudoátomo" especial para generar secuencias de aminoácidos para proteínas. [6] [8]
Una característica importante del sistema MACCS e ISIS / Draw era que tenía instalaciones completas, utilizando enlaces tramados y encajados, para representar la estereoquímica y quiralidad relativa o absoluta y para reconocer la isomería cis-trans en enlaces dobles. En este sentido, era superior a la notación de línea Wiswesser [9], que hasta ahora se había utilizado para crear bases de datos con capacidad de búsqueda. Asimismo, mientras que la notación SMILES [10] puede manejar la estereoquímica en algunas implementaciones, es más difícil para los no especialistas codificar sus estructuras de esa manera que dibujándolas.
Implementación actual
La implementación actual (2020) del software se llama BIOVIA Draw y tiene varias características nuevas, como soporte para leer y escribir identificadores químicos internacionales (InChi) y convertir nombres IUPAC en dibujos de estructura. Está disponible gratuitamente para uso académico y no comercial. [11]
Ver también
Referencias
- ^ a b Dalby, Arthur; Nourse, James G .; Hounshell, W. Douglas; Gushurst, Ann KI; Grier, David L .; Leland, Burton A .; Laufer, John (1992). "Descripción de varios formatos de archivo de estructura química utilizados por programas informáticos desarrollados en Molecular Design Limited". Revista de información química y modelado . 32 (3): 244-255. doi : 10.1021 / ci00007a012 .
- ^ Corey, EJ; Wipke, WT (1969). "Diseño asistido por computadora de síntesis orgánicas complejas". Ciencia . 166 (3902): 178-192. Código Bibliográfico : 1969Sci ... 166..178C . doi : 10.1126 / science.166.3902.178 . PMID 17731475 .
- ^ Ash, Janet E .; Willett, P. (1985). Comunicación, almacenamiento y recuperación de información química . ISBN 9780853125716.
- ^ a b Ash, JE; Warr, WA (1991). Willett, P. (ed.). Sistemas de estructura química: técnicas computacionales para la representación, búsqueda y procesamiento de información estructural . Ellis Horwood. pag. 250. ISBN 9780131266995.
- ^ Warr, Wendy A. (1991). "Algunas observaciones sobre las soluciones de publicación electrónica fragmentadas en la industria farmacéutica". Revista de información química y modelado . 31 (2): 181–186. doi : 10.1021 / ci00002a003 .
- ^ a b Pearce, Greg (8 de febrero de 2019). "ISIS / Draw - Una guía introductoria" . Consultado el 15 de junio de 2020 .
- ^ Brumfiel, G. (2008). "Los químicos tejen una red de datos" . Naturaleza . 453 (7192): 139. Código Bibliográfico : 2008Natur.453..139B . doi : 10.1038 / 453139a . PMID 18464701 .
- ^ Li, Z .; Wan, H .; Shi, Y .; Ouyang, P. (2004). "Experiencia personal con cuatro tipos de software de dibujo de estructuras químicas: revisión sobre ChemDraw, ChemWindow, ISIS / Draw y ChemSketch". J. Chem. Inf. Computación. Sci. 44 (5): 1886–1890. doi : 10.1021 / ci049794h . PMID 15446849 .
- ^ Wiswesser, William J. (1982). "Cómo empezó la WLN en 1949 y cómo podría ser en 1999". Revista de Información Química y Ciencias de la Computación . 22 (2): 88–93. doi : 10.1021 / ci00034a005 .
- ^ Weininger, David (febrero de 1988). "SONRISAS, lenguaje químico y sistema de información. 1. Introducción a la metodología y reglas de codificación". Revista de Información Química y Ciencias de la Computación . 28 (1): 31–6. doi : 10.1021 / ci00057a005 .
- ^ "Sorteo BIOVIA gratuito para uso académico y no comercial" . Dassault Systèmes . Consultado el 15 de junio de 2020 .
Otras lecturas
- Johann Gasteiger, Thomas Engel (2003). Quimioinformática: un libro de texto . Wiley-VCH. pag. 143 . ISBN 3-527-30681-1.
- Bawden, David; Robinson, Lyn (2011). "Información farmacéutica: una perspectiva de 30 años sobre la literatura" (PDF) . Revisión anual de ciencia y tecnología de la información . 45 : 63-119. doi : 10.1002 / aris.2011.1440450109 .