El cianol de xileno se puede utilizar como marcador de color electroforético , o colorante de seguimiento , para controlar el proceso de electroforesis en gel de agarosa y electroforesis en gel de poliacrilamida . El azul de bromofenol y el naranja G también se pueden utilizar para este propósito.
En los geles de agarosa al 1%, el xileno cianol migra aproximadamente a la misma velocidad que un fragmento de ADN de 4 a 5 kilopares de bases, [1] aunque esto depende del tampón utilizado. El cianol de xileno en un gel de poliacrilamida al 6% migra a la velocidad de un fragmento de ADN de 140 pares de bases. En electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) desnaturalizante (urea 7 M) al 20%, el xileno cianol migra aproximadamente a la velocidad de un oligonucleótido de 25 bases.