Los acidófilos u organismos acidófilos son aquellos que prosperan en condiciones altamente ácidas (generalmente a pH 2.0 o inferior). Estos organismos se pueden encontrar en diferentes ramas del árbol de la vida , incluyendo Archaea , Bacteria , [1] y Eukarya .
La mayoría de los organismos acidófilos han desarrollado mecanismos extremadamente eficientes para bombear protones fuera del espacio intracelular con el fin de mantener el citoplasma en un pH neutro o próximo a él. Por lo tanto, las proteínas intracelulares no necesitan desarrollar estabilidad ácida a lo largo de la evolución. Sin embargo, otros acidófilos, como Acetobacter aceti , tienen un citoplasma acidificado que obliga a casi todas las proteínas del genoma a desarrollar estabilidad ácida. [7] Por esta razón, Acetobacter aceti se ha convertido en un recurso valioso para comprender los mecanismos por los cuales las proteínas pueden alcanzar la estabilidad ácida.
Los estudios de proteínas adaptadas a pH bajo han revelado algunos mecanismos generales mediante los cuales las proteínas pueden lograr la estabilidad ácida. En la mayoría de las proteínas estables a los ácidos (como la pepsina y la proteína soxF de Sulfolobus acidocaldarius ), hay una sobreabundancia de residuos ácidos que minimiza la desestabilización del pH bajo inducida por una acumulación de carga positiva. Otros mecanismos incluyen la minimización de la accesibilidad al disolvente de residuos ácidos o la unión de cofactores metálicos. En un caso especializado de estabilidad ácida, se demostró que la proteína NAPasa de Nocardiopsis alba había reubicado los puentes salinos sensibles al ácido.lejos de las regiones que juegan un papel importante en el proceso de desarrollo. En este caso de estabilidad cinética del ácido, la longevidad de la proteína se logra en un amplio rango de pH, tanto ácido como básico.