Alfonso Valencia es un biólogo español , profesor ICREA, actual director del departamento de Ciencias de la Vida del Barcelona Supercomputing Center . [9] y del Instituto Nacional de Bioinformática (INB-ISCIII). De 2015 a 2018, fue presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [10] Su investigación se centra en el estudio de sistemas biomédicos con enfoques de biología computacional y bioinformática. [5]
Alfonso Valencia | |
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alma mater | |
Conocido por | BioCreativo [1] [2] [3] [4] |
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Asesores académicos | Chris Sander [6] [7] [8] |
Educación
Valencia estudió biología en la Universidad Complutense de Madrid , formándose en genética de poblaciones y biofísica . [11] En 1987 fue científico visitante en el Laboratorio de la Cruz Roja Estadounidense. [12] Se doctoró en biología molecular en 1988 por la Universidad Autónoma de Madrid . [13] De 1989 a 1994 fue becario postdoctoral en el laboratorio de Chris Sander en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Heidelberg , estudiando la evolución de la función de las proteínas utilizando enfoques basados en secuencias y estructuras . [12] [14]
El artículo de 1994 "Mutaciones correlacionadas y contactos de residuos en proteínas", [15] del cual Valencia fue el autor principal, estableció la idea de que las mutaciones correlacionadas en las ubicaciones correspondientes de las secuencias de ADN en diferentes organismos podrían indicar que esas ubicaciones correspondían a residuos de aminoácidos. que estaban físicamente cerca uno del otro en la proteína final, informando la predicción de mapas de contacto . Esta fuente previamente no considerada de información lateral para la predicción de estructura de proteína se acostumbró con el aumento de la eficacia en la década de 2010, lo que conduce en última instancia, para el éxito de DeepMind 's AlphaFold algoritmo 2 en 2020. [16]
Investigar
En 1994 Valencia formó el Grupo de Diseño de Proteínas en el Centro Nacional de Biotecnología de España (CNB) . [13] Fue líder del Grupo de Biología Estructural y Computacional del CNIO. [13] En 2006 se trasladó al Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) como Director del programa de Biología Estructural y Bioinformática.
Desde 2016 es Profesor ICREA [17] y Director del Departamento de Ciencias de la Vida del Barcelona Supercomputing Center (BSC). [18] [19]
Como biólogo computacional, el enfoque de su trabajo es la comprensión mecanicista de los sistemas biológicos, incluido el cáncer y otras enfermedades, con una combinación de enfoques de bioinformática, biología de redes y aprendizaje automático. Su grupo ha desarrollado sistemas en las áreas de predicción de estructuras de proteínas, interacciones de proteínas y redes de proteínas, biología de sistemas, minería de textos y datos, con aplicaciones en epigenética, genómica del cáncer [20] y comorbilidad de enfermedades. Todos estos activos convergen en el tema general de la Medicina Personalizada, con especial interés en la interfaz con la Inteligencia Artificial y la Computación de Alto Rendimiento.
A partir de 2019[actualizar], Valencia ha publicado más de 420 artículos revisados por pares , [5] [21] [22] que han sido citados más de 40.000 veces, [11] en revistas científicas como Nature , [23] [24] [25] PNAS , [6 ] Investigación de ácidos nucleicos , [26] [27] el Journal of Molecular Biology , [28] [29] [30] Bioinformática , [31] [32] [33] [34] Biología del genoma , [2] [3] [ 35] [36] PLOS Computational Biology , [37] PLOS Biology , [38] Nature Genetics , [39] [40] Nature Biotechnology , [4] [41] Genome Research , [42] Biochemistry , [7] Opinión actual en Biología Estructural , [43] Biología Estructural de la Naturaleza , [8] Tendencias en Genética [44] y la conferencia de Sistemas Inteligentes para Biología Molecular . [45]
Premios y honores
Valencia fue nombrado profesor de investigación en la CNB en 2005. [13] Fue miembro fundador de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) y fue honrado como miembro de la ISCB en 2010. [46] Valencia también se ha desempeñado como vicepresidente de la ISCB y en 2013 fue nombrado presidente electo. [11] De 2015 a 2018, fue presidente de la ISCB, sucediendo a Burkhard Rost . Valencia es causa Doctor Honoris de la DTU danesa y miembro electo de la Organización Europea de Biología Molecular (EMBO) . [47]
Valencia participa en varios consorcios internacionales, como Genecode / ENCODE , [23] [38] [42] el Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer , el Consorcio Internacional de Investigación de Enfermedades Raras (IRDiRC), el Consorcio Internacional de Epigenómica Humana . [41] Valencia es Director del Instituto Nacional de Bioinformática de España, una plataforma del ISCIII, el nodo español de la Infraestructura Europea de Ciencias de la Vida para la Información Biológica (ELIXIR) . [11]
Actualmente es co-editor ejecutivo de la revista Bioinformatics y miembro de los consejos editoriales de eLIFE, FEBS Letters, PeerJ y F1000 Prime.
Referencias
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Precedido por Burkhard Rost | Presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional 2015 - 2018 | Sucedido por Thomas Lengauer |