Apache Taverna es una herramienta de software de código abierto para diseñar y ejecutar flujos de trabajo , inicialmente creada por el proyecto myGrid con el nombre de Taverna Workbench , ahora un proyecto bajo la incubadora de Apache . Taverna permite a los usuarios integrar muchos componentes de software diferentes, incluidos los servicios web WSDL SOAP o REST , como los proporcionados por el Centro Nacional de Información Biotecnológica , el Instituto Europeo de Bioinformática , el Banco de Datos de ADN de Japón (DDBJ) , SoapLab, BioMOBY y EMBOSS.. El conjunto de servicios disponibles no es finito y los usuarios pueden importar nuevas descripciones de servicios en Taverna Workbench. [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8]
Desarrollador (es) | Apache Software Foundation ( myGrid para 2.x) |
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Lanzamiento estable | 3.1 / 1 de julio de 2016 |
Repositorio | |
Escrito en | Java |
Sistema operativo | Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
Tipo | Sistema de flujo de trabajo científico |
Licencia | Licencia Apache 2.0 ( LGPL para 2.x) |
Sitio web | taberna |
Taverna Workbench proporciona un entorno de creación de escritorio y un motor de promulgación para los flujos de trabajo científicos. El motor de flujo de trabajo de Taverna también está disponible por separado, como API de Java, herramienta de línea de comandos o como servidor.
Taverna es utilizada por usuarios en muchos dominios, como bioinformática , [9] [10] quiminformática , [11] medicina , astronomía , [12] ciencias sociales , música y preservación digital . [13]
Algunos de los servicios para el uso en los flujos de trabajo de Taverna se pueden descubrir a través del BioCatalogue , un registro público, centralizado y curado de servicios web de ciencias de la vida. Los flujos de trabajo de Taverna también se pueden compartir con otras personas a través del sitio web social myExperiment para científicos. [14] BioCatalogue y myExperiment son otros dos productos del consorcio myGrid .
Taverna se utiliza en más de 350 organizaciones en todo el mundo, tanto académicas como comerciales. A partir de 2011, ha habido más de 80.000 descargas de Taverna en diferentes versiones.
Capacidades
Los flujos de trabajo de Taverna pueden invocar servicios web SOAP / WSDL o REST generales , y servicios web SADI, BioMart, BioMoby y SoapLab más específicos . También puede invocar servicios estadísticos de R , código Java local, herramientas externas en máquinas locales y remotas (a través de ssh ), realizar XPath y otras manipulaciones de texto, importar una hoja de cálculo e incluir subflujos de trabajo.
Taverna Workbench incluye la capacidad de monitorear la ejecución de un flujo de trabajo y examinar la procedencia de los datos producidos, exponiendo los detalles de la ejecución del flujo de trabajo como un gráfico de procedencia W3C PROV -O RDF , [15] dentro de un paquete estructurado de objetos de investigación [16] Archivo ZIP que incluye entradas, salidas, valores intermedios y la definición del flujo de trabajo ejecutado; en conjunto, este formato se llama TavernaProv . [17]
Taverna incluye la capacidad de buscar servicios descritos en BioCatalogue para invocar desde flujos de trabajo. Sin embargo, no es necesario describir los servicios dentro de BioCatalogue para incluirlos en los flujos de trabajo, ya que se pueden agregar a partir de una descripción del servicio web WSDL o ingresar como un patrón REST URI .
Taverna también incluye la capacidad de buscar flujos de trabajo en myExperiment . Taverna Workbench puede descargar, modificar y ejecutar flujos de trabajo descubiertos en myExperiment, y también cargar flujos de trabajo creados para compartirlos con otros utilizando los aspectos sociales de myExperiment.
Los flujos de trabajo de Taverna no necesitan ejecutarse dentro de Taverna Workbench. Los flujos de trabajo también pueden ser ejecutados por:
- una herramienta de ejecución de línea de comando
- Servidor de ejecución remota que permite que los flujos de trabajo de Taverna se ejecuten en otras máquinas, en redes computacionales, nubes, desde páginas web y portales.
- diseñador de flujo de trabajo en línea y enactor OnlineHPC
Taverna permite canalizar y transmitir datos. [18] Esto significa que los servicios en sentido descendente en el flujo de trabajo pueden iniciarse tan pronto como se reciba el primer elemento de datos, sin esperar a que la lista completa de datos esté disponible a partir de servicios e iteraciones ascendentes. Los servicios de Taverna se ejecutan en paralelo cuando es posible, ya que los flujos de trabajo de Taverna se basan principalmente en datos y no en controles. [19]
Comunidad de código abierto
Taverna ha sido un proyecto de código abierto desde 2003, [20] con colaboradores de múltiples instituciones académicas y de la industria. En octubre de 2014 Taverna se convirtió en un proyecto de incubadora Apache independiente , [21] y cambió su nombre a Apache Taverna (incubadora) . El proyecto está desarrollando Apache Taverna 3.x, [22] cuya licencia cambió de LGPL 2.1 a Apache License 2.0 .
enlaces externos
- Apache Taverna en la incubadora de Apache
- Página de inicio de Taverna (archivo pre-Apache)
Referencias
- ^ Belhajjame K, Wolstencroft K, Corcho O, Oinn T, Tanoh F, William A, Goble C (2008). "Gestión de metadatos en el sistema de flujo de trabajo Taverna" . 2008 Octavo Simposio Internacional IEEE sobre Cluster Computing y Grid (CCGRID) . págs. 651–656. doi : 10.1109 / CCGRID.2008.17 . S2CID 9996653 .
- ^ Li P, Castrillo JI, Velarde G, Wassink I, Soiland-Reyes S, Owen S, et al. (Agosto de 2008). "Realización de análisis estadísticos sobre datos cuantitativos en los flujos de trabajo de Taverna: un ejemplo utilizando R y maxdBrowse para identificar genes expresados diferencialmente a partir de datos de microarrays" . BMC Bioinformática . 9 : 334. doi : 10.1186 / 1471-2105-9-334 . PMC 2528018 . PMID 18687127 .
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