AutoDock es un software de simulación de modelado molecular . Es especialmente eficaz para el acoplamiento proteína-ligando . AutoDock 4 está disponible bajo la Licencia Pública General GNU . AutoDock es una de las aplicaciones de software de acoplamiento más citadas en la comunidad de investigación. [1] Los proyectos FightAIDS @ Home y OpenPandemics - COVID-19 ejecutados en World Community Grid lo utilizan para buscar antivirales contra el VIH / SIDA y COVID-19 . [2]En febrero de 2007, una búsqueda en el ISI Citation Index mostró que se habían citado más de 1.100 publicaciones utilizando los documentos del método principal de AutoDock. A partir de 2009, este número superó los 1.200.
Desarrollador (es) | Investigación de Scripps |
---|---|
Versión inicial | 1989 |
Lanzamiento estable | 4.2.6 (AutoDock), 1.1.2 (AutoDock Vina) / 2014 (AutoDock), 2011 (AutoDock Vina) |
Escrito en | C ++ , C |
Sistema operativo | Linux , Mac OS X , SGI IRIX y Microsoft Windows |
Plataforma | Muchos |
Disponible en | inglés |
Tipo | Acoplamiento proteína-ligando |
Licencia | GPL (AutoDock), Licencia Apache (AutoDock Vina) |
Sitio web | ccsb |
AutoDock Vina es un sucesor de AutoDock, mejorado significativamente en términos de precisión y rendimiento. [3] Está disponible bajo la licencia Apache .
Tanto AutoDock como Vina son mantenidos actualmente por Scripps Research , específicamente el Centro de Biología Estructural Computacional (CCSB) dirigido por el Dr. Arthur J. Olson [4] [5]
AutoDock se utiliza ampliamente y desempeñó un papel en el desarrollo del primer inhibidor de la integrasa del VIH-1 clínicamente aprobado por Merck & Co. [6] [7]
Programas
AutoDock consta de dos programas principales: [8]
- AutoDock para el acoplamiento del ligando a un conjunto de cuadrículas que describen la proteína objetivo;
- AutoGrid para pre-calcular estas cuadrículas.
El uso de AutoDock ha contribuido al descubrimiento de varios fármacos, incluidos los inhibidores de la integrasa del VIH1. [6] [7] [9] [7] [10]
Soporte de plataforma
AutoDock se ejecuta en Linux , Mac OS X , SGI IRIX y Microsoft Windows . [11] Está disponible como paquete en varias distribuciones de Linux, incluyendo Debian , [12] [13] Fedora , [14] y Arch Linux . [15]
La compilación de la aplicación en modo nativo de 64 bits en Microsoft Windows permite una operación de punto flotante más rápida del software. [dieciséis]
Versiones mejoradas
AutoDock para GPU
El equipo de investigación de AutoDock Scripps ha desarrollado rutinas de cálculo mejoradas con OpenCL y CUDA . [17]
Da como resultado aceleraciones observadas de hasta 4x (CPU de cuatro núcleos) y 56x (GPU) sobre el AutoDock 4.2 serie original (Solis-Wets) en la CPU.
La versión CUDA se desarrolló en colaboración entre el equipo de investigación de Scripps y Nvidia . [9] [17]
AutoDock Vina
AutoDock tiene un sucesor, AutoDock Vina, que tiene una rutina de búsqueda local mejorada y hace uso de configuraciones de computadora de múltiples núcleos / CPU. [3]
AutoDock Vina se ha destacado por ejecutarse significativamente más rápido en sistemas operativos Linux de 64 bits en varios proyectos de World Community Grid que utilizaron el software. [18]
Mejoras y herramientas de terceros
Como proyecto de código abierto, AutoDock ha obtenido varias versiones mejoradas de terceros, como:
- Puntuación y minimización con AutoDock Vina (smina) es una bifurcación de AutoDock Vina con soporte mejorado para el desarrollo de funciones de puntuación y minimización de energía. [19]
- Off-Target Pipeline permite la integración de AutoDock en proyectos más grandes. [20]
- El kit de herramientas de puntuación de consenso proporciona una nueva puntuación de las poses de AutoDock Vina con múltiples funciones de puntuación y calibración de las ecuaciones de puntuación de consenso. [21]
- VSLAB es un complemento de VMD que permite el uso de AutoDock directamente desde VMD. [22]
- PyRx proporciona una buena GUI para ejecutar el cribado virtual con AutoDock. PyRx incluye un asistente de acoplamiento y puede usarlo para ejecutar AutoDock Vina en la nube o clúster HPC. [23]
- POAP es una herramienta basada en script de shell que automatiza AutoDock para el cribado virtual desde la preparación del ligando hasta el análisis posterior al acoplamiento. [24]
- VirtualFlow permite realizar proyecciones virtuales ultra grandes en clústeres de computadoras y la nube utilizando programas de acoplamiento basados en AutoDock Vina, lo que permite filtrar de forma rutinaria miles de millones de compuestos. [25]
Aceleración FPGA
Usando chips programables generales como coprocesadores, específicamente el producto experimental OMIXON , [26] la aceleración estuvo dentro del rango 10x-100x de la velocidad de la CPU estándar Intel Dual Core 2 GHz. [27]
Ver también
- Acoplamiento (molecular)
- Proyección virtual
- Lista de software de acoplamiento proteína-ligando
Referencias
- ^ Sousa SF, Fernandes PA, Ramos MJ (octubre de 2006). "Acoplamiento proteína-ligando: estado actual y desafíos futuros". Las proteínas . 65 (1): 15-26. doi : 10.1002 / prot.21082 . PMID 16862531 . S2CID 21569704 .
- ^ "Queremos detener las pandemias en su camino" . IBM . 2020-04-01 . Consultado el 4 de abril de 2020 .
- ^ a b Trott O, Olson AJ (enero de 2010). "AutoDock Vina: mejora la velocidad y precisión del acoplamiento con una nueva función de puntuación, optimización eficiente y multiproceso" . Revista de Química Computacional . 31 (2): 455–61. doi : 10.1002 / jcc.21334 . PMC 3041641 . PMID 19499576 .
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- ^ a b Gupta G (26 de mayo de 2020). "Corriendo el reloj, asesino de COVID buscado entre mil millones de moléculas" . Nvidia . Consultado el 26 de septiembre de 2020 .
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- ^ Pechan I. "Aceleración basada en FPGA del software de acoplamiento molecular AutoDock" . BME MDA, a Műegyetem Digitális Archivuma . Consultado el 22 de mayo de 2019 .
enlaces externos
- Página de inicio de AutoDock
- Página de inicio de AutoDock Vina