El acoplamiento proteína-ligando es una técnica de modelado molecular . El objetivo del acoplamiento proteína-ligando es predecir la posición y orientación de un ligando (una molécula pequeña) cuando se une a un receptor de proteína o enzima. [1] La investigación farmacéutica emplea técnicas de acoplamiento para una variedad de propósitos, sobre todo en el análisis virtual de grandes bases de datos de sustancias químicas disponibles para seleccionar posibles fármacos candidatos.
Se encuentran disponibles varias aplicaciones de software de acoplamiento proteína-ligando que calculan el sitio, la geometría y la energía de moléculas pequeñas o péptidos que interactúan con proteínas, como AutoDock y AutoDock Vina , rDock , FlexAID , Molecular Operating Environment y Glide .
Flexibilidad proteica
La capacidad computacional ha aumentado drásticamente en las últimas dos décadas haciendo posible el uso de métodos más sofisticados y computacionalmente intensivos en el diseño de fármacos asistido por computadora. Sin embargo, lidiar con la flexibilidad del receptor en las metodologías de acoplamiento sigue siendo un tema espinoso. [2] La principal razón de esta dificultad es la gran cantidad de grados de libertad que hay que tener en cuenta en este tipo de cálculos. Sin embargo, en la mayoría de los casos, descuidarlo conduce a resultados de acoplamiento deficientes en términos de predicción de pose de unión en entornos del mundo real. [3] El uso de modelos de proteínas de grano grueso para superar este problema parece ser un enfoque prometedor. [2] Los modelos de grano grueso se implementan a menudo en el caso de acoplamiento proteína-péptido , ya que con frecuencia involucran transiciones de conformación a gran escala del receptor de proteína . [4]
Ver también
Referencias
- ^ Taylor, RD; Judiosbury, PJ; Essex, JW (1 de marzo de 2002). "Una revisión de los métodos de acoplamiento proteína-molécula pequeña". Revista de diseño molecular asistido por computadora . 16 (3): 151-166. doi : 10.1023 / A: 1020155510718 . ISSN 1573-4951 . PMID 12363215 .
- ^ a b Antunes, Dinler A; Devaurs, Didier; Kavraki, Lydia E (28 de septiembre de 2015). "Comprender los desafíos de la flexibilidad de las proteínas en el diseño de fármacos" (PDF) . Opinión de expertos sobre el descubrimiento de fármacos . 10 (12): 1301-1313. doi : 10.1517 / 17460441.2015.1094458 . hdl : 1911/88215 . ISSN 1746-0441 . PMID 26414598 .
- ^ Cerqueira, NMFSA; Bras, NF; Fernandes, PA; Ramos, MJ (10 de julio de 2009). "MADAMM: un acoplamiento de múltiples etapas con un protocolo de modelado molecular automatizado". Proteínas: estructura, función y bioinformática . 74 (1): 192-206. doi : 10.1002 / prot.22146 . PMID 18618708 .
- ^ Ciemny, Maciej; Kurcinski, Mateusz; Kamel, Karol; Kolinski, Andrzej; Alam, Nawsad; Schueler-Furman, Ora; Kmiecik, Sebastián (4 de mayo de 2018). "Acoplamiento proteína-péptido: oportunidades y desafíos" . Descubrimiento de drogas hoy . 23 (8): 1530-1537. doi : 10.1016 / j.drudis.2018.05.006 . ISSN 1359-6446 . PMID 29733895 .
enlaces externos
- BioLiP , una base de datos completa de interacciones ligando-proteína