BGI , actualmente conocido como BGI Group , anteriormente conocido como Beijing Genomics Institute , es una empresa china de secuenciación del genoma , con sede en Shenzhen , Guangdong , China. [2] [3]
Tipo | Empresa privada |
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Industria | Biotecnología de secuenciación del genoma |
Fundado | 9 de septiembre de 1999 (Beijing) |
Fundador | Wang Jian Yu Jun Yang Huanming Liu Siqi |
Sede | Shenzhen, Guangdong, China |
Numero de locaciones | |
Área de servicio | Mundial |
Gente clave | Wang Jian (presidente, presidente) |
Productos | Plataforma DNBseq (plataforma de secuenciación de próxima generación), The NIFTY Test (una prueba prenatal no invasiva) |
Marcas | DNBseq ™, NIFTY® |
Ingresos | $ 251 millones (2016) [1] |
Lngresos netos | $ 51,7 millones (2016) [1] |
Dueño | Wang Jian |
Número de empleados | ~ 6.000 (en todo el mundo) |
Divisiones | BGI China (continental) BGI Asia Pacífico BGI Américas BGI Europa (Europa y África) |
Subsidiarias | Lista de subsidiarias:
|
Sitio web | www.genomics.cn |
Se formó en 1999 para participar en el Proyecto Genoma Humano como centro de investigación genética. [4] También secuencia genomas de otros animales, plantas y microorganismos. [5] La compañía se ha transformado de un instituto de investigación que decodificaba el ADN de pandas y plantas de arroz a una compañía activa en clonación animal, pruebas de salud e investigación por contrato, mientras que su investigación anterior sin fines de lucro ha sido continuada por el Instituto de Beijing de Genómica , Academia China de Ciencias.
Historia
Wang Jian , Yu Jun, Yang Huanming y Liu Siqi crearon BGI en septiembre de 1999, [5] en Beijing, China como un instituto de investigación independiente no gubernamental para participar en el Proyecto Genoma Humano como representante de China. [6] [7] Después de que se completó el proyecto, los fondos se agotaron, después de lo cual BGI se mudó a Hangzhou a cambio de fondos del Gobierno Municipal de Hangzhou. En 2002, BGI secuenció el genoma del arroz , que fue un artículo de portada en la revista Science . En 2003, BGI decodificó el genoma del virus del SARS y creó un kit para la detección del virus. [ cita requerida ] En 2003, la Academia China de Ciencias fundó el Instituto de Genómica de Beijing en cooperación con BGI, con Yang Huanming como su primer director. BGI Hangzhou y la Universidad de Zhejiang también fundaron un nuevo instituto de investigación, el Instituto de Ciencias del Genoma James D. Watson de la Universidad de Zhejiang . El Instituto Watson estaba destinado a convertirse en un importante centro de investigación y educación en el este de Asia siguiendo el modelo del Laboratorio Cold Spring Harbor en los EE. UU. [ cita requerida ]
En 2007, la sede de BGI se trasladó a Shenzhen como "la primera institución de investigación sin fines de lucro administrada por ciudadanos en China". Yu Jun dejó BGI en este momento supuestamente vendiendo su participación a los otros 3 fundadores por una suma nominal. [5] En 2008, BGI-Shenzhen fue reconocida oficialmente como una organización sin fines de lucro por el gobierno de Shenzhen. [8] En 2008, BGI publicó el primer genoma humano de un individuo asiático. [6] [9]
En 2010, BGI Shenzhen obtuvo la certificación de que cumplía con los requisitos de la norma ISO9001: 2008 para el diseño y la prestación de servicios de secuenciación de alto rendimiento, [10] El mismo año, BGI compró 128 máquinas de secuenciación de genes Illumina HiSeq 2000, [4] [6] que fue respaldado por US $ 1.5 mil millones en "fondos de colaboración" durante los próximos 10 años del Banco de Desarrollo de China . [5] [11] [12] A finales de año, según se informa, tenían un presupuesto de $ 30 millones. [13] En 2010, BGI Americas se estableció con su oficina principal en Cambridge, Massachusetts , EE. UU., Y BGI Europe se estableció en Copenhague , Dinamarca. [14] [15] Para 2018, se expandieron con oficinas y laboratorios en Seattle y San José en EE. UU., [4] y Londres en el Reino Unido, y también se fundó BGI Asia Pacific con oficinas en Hong Kong , Kobe (Japón) , Bangkok (Tailandia), Laos , Singapur , Brisbane (Australia) y muchos otros. [16] [17]
En 2011, BGI informó que empleaba a 4.000 científicos y técnicos, [2] y tenía unos ingresos de 192 millones de dólares. [5] BGI realizó la secuenciación del genoma del brote mortal de E. coli O104: H4 en Alemania en 2011 en tres días y lo publicó bajo una licencia abierta. [18] Desde 2012, ha comenzado a comercializar sus servicios, con inversiones de China Life Insurance Company , Citic's Goldstone Investment, Jack Ma 's Yunfeng Capital y SoftBank China Capital. [19] Ese año también lanzaron su propia revista científica, GigaScience , [20] en asociación con BioMed Central para publicar artículos de ciencias biológicas con gran cantidad de datos. [21] En 2013, BGI informó que tenía relaciones con 17 de las 20 principales empresas farmacéuticas mundiales, [5] [22] y anunció que proporcionaba servicios comerciales de ciencia, salud, agricultura e informática a empresas farmacéuticas mundiales. [23] Ese año compró Complete Genomics de Mountain View, California , un importante proveedor de tecnología de secuenciación de ADN, por 118 millones de dólares. [5] [18] En el mismo año, el BGI se valoró aproximadamente en $ 820 millones. [5]
En 2015, firmaron una colaboración con el Centro de Medicina de Precisión Clínica del Hospital Zhongshan en Shanghai, inaugurado en mayo de 2015 con un presupuesto de 100 millones de yenes. Según se informa, están participando como una institución de secuenciación en el proyecto de investigación de atención médica de 9,2 mil millones de dólares estadounidenses de China, que tendrá una duración de 15 años. [4] [24] En mayo de 2017, se anunció la formación del Centro de Innovación de la Costa Oeste, ubicado en Seattle y San José, en la primera ubicación planificada para trabajar en medicina de precisión y contar con colaboraciones con la Universidad de Washington , el Instituto Allen para Brain Science , la Fundación Bill y Melinda Gates y la Universidad Estatal de Washington , mientras que en el segundo laboratorio ya existente con 100 empleados para desarrollar las tecnologías de secuenciación de próxima generación . [4] En mayo de 2018, se llegó a un acuerdo con Mount Sinai Hospital (Toronto) , Canadá, para la primera instalación de plataformas BGISEQ en Norteamérica. [25]
La subsidiaria de BGI Group, BGI Genomics, hizo una oferta pública inicial en julio de 2017 en la Bolsa de Valores de Shenzhen , recaudando ¥ 547 millones ($ 80,7 millones), con la valoración del primer día de la empresa establecida en más de $ 1,150 millones. [1] [26] En 2018, el 85,3% de BGI era propiedad de Wang Jian , y el grupo posee el 42,4% de su unidad principal BGI Genomics. El valor de mercado informado para BGI Genomics en julio de 2018 fue de alrededor de $ 5 mil millones, al igual que de otra subsidiaria, MGI Tech, especializada en tecnología de desarrollo y fabricación, cuya salida a bolsa de una participación de aproximadamente el 20% por $ 1 mil millones está programada para 2019 en Hong Kong. . [19]
Logros clave
- Primero en secuenciar de novo y ensamblar genomas de mamíferos [27] y humanos con secuenciación de lectura corta (la denominada " secuenciación de próxima generación ") [28]
- Secuenció el primer genoma humano antiguo a partir del cabello conservado en permafrost de aproximadamente 4000 años de antigüedad de un paleo-esquimal extinto [29]
- Secuenciado el primer genoma diploide de un individuo asiático, [30] como parte del proyecto Yan Huang
- Se inició la construcción de un mapa de secuencia del pangenoma humano , que se estima que contiene entre 19 y 40 millones de bases que no están en el genoma de referencia humano [31] [32]
- El primer proyecto de BGI contribuía con el 1% del genoma de referencia del Proyecto Genoma Humano y fue el único instituto del mundo en desarrollo que contribuyó [33]
- Contribuyó con el 10% de la información de secuencia para el Proyecto Internacional HapMap [33]
- Estudio de prueba de principio producido para secuenciar el microbioma del sistema digestivo humano, un estimado 150 veces más grande que el genoma humano [34] [35]
- Centro de secuenciación clave en el Proyecto 1000 Genomas [33]
- Primera institución china en secuenciar el virus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS), pocas horas después de la primera secuenciación del virus por parte de los canadienses [36]
- Jugador clave en la publicación de datos de código abierto y el análisis del brote de E. coli O104: H4 de 2011 [37]
- Secuenciaron 40 gusanos de seda domesticados y salvajes , identificando 354 genes probablemente importantes en la domesticación. [38]
- Secuenció el primer genoma del panda gigante , [27] igual en tamaño al genoma humano, en menos de 8 meses. [39] La secuenciación reveló que el panda gigante, Ailuropoda melanoleuca , tiene una mutación de cambio de marco en un gen involucrado en la detección de sabores salados, T1R1 . La mutación podría ser la razón genética por la que el panda prefiere el bambú a la carne. Sin embargo, el panda también carece de los genes esperados para la digestión del bambú, por lo que su microbioma podría desempeñar un papel clave en la metabolización de su principal fuente de alimento. [27]
- Jugador clave en el Proyecto Genoma del Pollo Chino-Británico [33]
- A partir de 2010[actualizar], los genomas vegetales secuenciados incluyen arroz , pepino , soja y sorgo . Los genomas animales secuenciados incluyen gusano de seda , abeja melífera , pulga de agua , lagarto y panda gigante . También se han secuenciado 40 especies animales y vegetales adicionales y más de 1000 bacterias. [7] [38] [40]
- Nature en 2010 clasificó a BGI Shenzhen como la cuarta entre las 10 mejores instituciones de China, y todas las demás son universidades y la Academia de Ciencias de China . La clasificación se basó en artículos derevistas de investigación Nature . [41] En 2016, encabezó la lista de instituciones corporativas en China y fue la decimotercera institución corporativa a escala mundial. [41] [42] [43] En 2017, entre las colaboraciones corporativas-académicas más productivas entre 2012 y 2016, laasociaciónBGI y la Universidad de Copenhague se ubicó en el cuarto lugar. [44]
- Entre 2001 y 2013, la BGI apareció en alrededor de 250 artículos publicados en revistas académicas de primer nivel. [45]
- En 2014, se informó que la BGI producía 500 cerdos clonados al año para probar nuevos medicamentos [46] y aproximadamente el 25% de los datos genómicos del mundo. [4]
- En enero de 2018, el CEO de BGI Genomics, Yin Ye, declaró que secuenciaron más de 10,000 muestras de WGS, con 20,000 adicionales siendo secuenciadas por su plataforma BGISEQ-500, aproximadamente el 70% de los animales y plantas hasta ahora fueron secuenciados por la compañía y sus socios, como bien trabajado en "más de 10 millones de muestras clínicas, incluida la ejecución de 2,8 millones de pruebas prenatales no invasivas, 2,6 millones de pruebas del virus del papiloma humano, 1,53 millones de pruebas de discapacidad auditiva, poco más de medio millón de pruebas de detección de recién nacidos y alrededor de 25.000 pruebas de enfermedades raras". [47]
- BGI Group anunció en la conferencia AGBT en febrero de 2020 que hará que la secuenciación del genoma sea más barata, rompiendo la barrera de los $ 100 por primera vez. [48] La compañía de Shenzhen dice que el bajo costo será posible con un sistema de secuenciación de ADN "extremo" que planea ofrecer y que es capaz de decodificar los genomas de 100,000 personas al año.
Proyectos de investigación actuales
Genética humana
Proyecto Genoma Humano
Un proyecto internacional lanzado en 1990 y declarado finalizado en 2003. Se incorporaron en 1999 y proporcionaron el 1% de la carga de trabajo. [45]
Proyecto Internacional HapMap
Un proyecto internacional lanzado en 2002 y declarado finalizado en 2009. Proporcionaron el 10% de la carga de trabajo. [45]
Proyecto Yan Huang
Iniciado en 2007 y llamado así por dos emperadores que se cree que fundaron el grupo étnico dominante de China, [49] BGI planeó en este proyecto secuenciar al menos 100 individuos chinos para producir un mapa de alta resolución de polimorfismos genéticos chinos. [50] [51] Los primeros datos del genoma se publicaron en octubre de 2007. [52] Un multimillonario chino anónimo donó $ 10 millones de RMB (aproximadamente US $ 1,4 millones) al proyecto y su genoma fue secuenciado al comienzo del proyecto. [50] [51]
Proyecto 1000 Genomas
Un proyecto internacional para establecer un catálogo detallado de la variación genética humana lanzado en 2008 y declarado completo en 2015. [45]
Proyecto Internacional del Genoma del Cáncer
Un proyecto internacional lanzado en 2008. [45]
Proyecto 1000 Enfermedades Raras
Un proyecto internacional iniciado conjuntamente con el Children's Hospital of Philadelphia en 2011. [45] Con él se descubrieron genes y mutaciones asociadas con enfermedades raras, que se informó en más de 20 publicaciones científicas. También "desarrollaron conjuntamente una prueba de diagnóstico clínico de exoma completo que se ofrece a través de patología CHOP desde 2012". Volvieron a colaborar en 2017 cuando el China National GeneBank de BGI se unió al Consorcio de tejidos de tumores cerebrales para niños de CHOP . [53]
Proyecto de Genómica Cognitiva
En agosto de 2012 se anunció un proyecto denominado Cognitive Genomics, centrado en la investigación de la base genética de la inteligencia . El físico estadounidense Stephen Hsu se incorporó como asesor científico y fue uno de los líderes del proyecto. [54] Se realizó en 2200 muestras principalmente de los Estados Unidos, [45] de las cuales 1600 eran de individuos que participaron en el Estudio de la juventud matemáticamente precoz y, según se informa, tenían un coeficiente intelectual superior a 160, recopilados por el psicólogo y genetista estadounidense Robert Plomin . [54] [55] Aparte de publicar una nueva versión mejorada de la popular herramienta PLINK de Estudio de Asociación Amplia del Genoma , [56] el proyecto nunca se completó y los investigadores principales se trasladaron a los EE. UU. Para establecer la empresa Genomic Prediction, que proporciona genética avanzada pruebas de FIV . [57]
Acusaciones de vigilancia genética en Xinjiang
En 2019, se informó que una subsidiaria de BGI, Forensic Genomics International, había creado una base de datos habilitada para WeChat de perfiles genéticos de personas en todo el país. [58] [59] [60] [61] [62] En julio de 2020, se informó que BGI devolvió un préstamo del Programa de Protección de Cheques de Pago luego del escrutinio de los medios. [63] El mismo mes, el Departamento de Comercio de los Estados Unidos 's Oficina de Industria y Seguridad colocó dos filiales BGI en su lista de entidades para ayudar en las supuestas violaciones de los derechos humanos debido a su trabajo de análisis genético en Xinjiang . [64] [65] BGI respondió a la lista declarando que "no toleraban y nunca estarían involucrados en ningún abuso de los derechos humanos" y declarando que estaban desconcertados por la decisión ya que la "subsidiaria mencionada fue establecida en noviembre de 2016 y ha no ha realizado actividades comerciales reales " [66]
Animales y plantas
Proyecto Genoma Vegetal 1000
Denominado 1000 Plant Genomes Project (1KP), este fue un proyecto internacional lanzado en 2008 y declarado finalizado en 2015. Los resultados finales se publicaron en Nature en 2019. [67] En 2010, BGI ha anunciado que contribuirá con 100 millones de dólares EE.UU. proyectos de secuenciación a gran escala de plantas y animales. [12] [68] En 2018 se anunció que el proyecto 1KP estaba siendo reemplazado por el proyecto 10KP para secuenciar 10,000 especies de plantas a una alta calidad (nivel cromosómico). [69]
Proyecto de tres genomas animales en entornos extremos
En 2009, BGI-Shenzhen anunció el lanzamiento de tres proyectos de genoma que se enfocan en animales que viven en ambientes extremos . Los tres genomas seleccionados son los de dos animales polares : el oso polar y el pingüino emperador , y un animal del altiplano : el antílope tibetano . [70] El genoma del antílope tibetano se publicó en 2013, [71] el oso polar en 2014, [72] y los genomas del pingüino Emperador y Adelia en 2014. [73]
Proyecto internacional del genoma de los grandes felinos
En 2010, BGI, la Universidad de Beijing, el zoológico forestal de tigres de Manchuria de Heilongjiang , el Instituto de Zoología de Kunming , el Instituto para la Investigación de la Conservación del Zoológico de San Diego en California y otros anunciaron que secuenciarían el tigre de Amur , el tigre del sur de China , el tigre de Bengala , el león asiático , el león africano león , leopardo nublado , leopardo de las nieves y otros felinos. Se anunció en el momento en que BGI también secuenciar los genomas y epigenomas de un ligre y tigon . Dado que los dos híbridos recíprocos tienen fenotipos diferentes, a pesar de ser genéticamente idénticos, se esperaba que el epigenoma pudiera revelar la base de tales diferencias. [74] El objetivo del proyecto era avanzar significativamente en la investigación de la conservación y fue anunciado con buenos augurios para el año chino del Tigre. [75] Los proyectos de ligre y tigón nunca se llevaron a cabo, pero los resultados se informaron en 2013 para los genomas del tigre de Amur , el tigre blanco de Bengala , el león africano, el león blanco africano y el leopardo de las nieves . [76]
Proyecto Symbiont Genome
Un proyecto financiado conjuntamente anunciado el 19 de marzo de 2010, BGI anunció que colaboraría con Sidney K. Pierce de la Universidad del Sur de Florida y Charles Delwiche de la Universidad de Maryland en College Park para secuenciar los genomas de la babosa marina, Elysia chlorotica , y su alimento de algas Vaucheria litorea . La babosa marina utiliza genes de las algas para sintetizar clorofila , la primera especie de transferencia genética descubierta. La secuenciación de sus genomas podría dilucidar el mecanismo de esa transferencia. [77] Este trabajo finalmente se completó presentando el ensamblaje del genoma con una longitud total de 557 Mb. [78]
Proyecto Earth BioGenome
Un proyecto internacional iniciado con la Institución Smithsonian y otros socios en 2018, para secuenciar el ADN de las 1,5 millones de especies eucariotas conocidas en el planeta. [53]
Microorganismos
Proyecto de los Diez Mil Genomas Microbianos
El proyecto se inició el 1 de agosto de 2009, con la misión de secuenciar 10.000 microbios en 3 años. Incluye la secuenciación de microorganismos industriales, agrícolas, médicos y muchos otros. Se realiza en colaboración con muchos institutos, universidades y empresas, incluido el Instituto de Investigación en Biotecnología de la Academia China de Ciencias Agrícolas y el Instituto Tianjin de Biotecnología Industrial de la Academia China de Ciencias . [79]
Colaboración con el ejército chino
En enero de 2021, Reuters informó que BGI ha trabajado con el Ejército Popular de Liberación e instituciones afiliadas, como la Universidad Nacional de Tecnología de Defensa, en esfuerzos para mejorar la fuerza de los soldados y otros proyectos. [80]
COVID-19
El 25 de agosto de 2020, Reuters informó que a unas 3.700 personas en Suecia se les dijo por error que tenían el coronavirus debido a una falla en un kit de prueba COVID-19 de BGI Genomics. [81] A pesar de ser la quinta prueba en recibir la Lista de Uso de Emergencia de la OMS , [82] y obtener las mejores calificaciones en las pruebas de sensibilidad en un estudio holandés que valida de forma independiente las pruebas disponibles comercialmente. [83] BGI Genomics defendió el producto, culpando a las diferencias en los umbrales utilizados entre los laboratorios que buscan niveles muy bajos del virus. [84]
Tecnología bioinformática
En 2010, la supercomputadora de 500 nodos del instituto procesó 10 terabytes de datos de secuenciación sin procesar cada 24 horas a partir de sus 30 analizadores de genoma actuales de Illumina . El presupuesto anual del centro de cómputo fue de US $ 9 millones. [13] En el mismo año, los biólogos computacionales de BGI desarrollaron el primer algoritmo exitoso, basado en la teoría de grafos , para alinear miles de millones de cadenas de 25 a 75 pares de bases producidas por secuenciadores de próxima generación, específicamente el Genome Analyzer de Illumina , durante la secuenciación de novo. El algoritmo, llamado SOAPdenovo, puede ensamblar un genoma en dos días y se ha utilizado para ensamblar una variedad de genomas de plantas y animales. [32]
SOAPdenovo es parte del " Short Oligonucleotide Analysis Package " (SOAP) , un conjunto de herramientas desarrolladas por BGI para el ensamblaje de novo de genomas de tamaño humano, alineación, detección de SNP, resecuenciación, búsqueda indel y análisis de variación estructural. Creado para las lecturas cortas de los secuenciadores Illumina, SOAPdenovo se ha utilizado para ensamblar múltiples genomas humanos [28] [29] [30] (identificando una inserción de ocho kilobase no detectada por mapeo en el genoma de referencia humano [85] ) y animales, como El panda gigante. [27]
Hasta 2015, BGI había liberado BGISEQ-100, sobre la base de Thermo Fisher Scientific 's Ion Torrent dispositivo, y BGISEQ-1000, basado en una tecnología similar por Complete Genomics , para ambos de los cuales recibió una aprobación de la CFDA para un NIFTY (Non -Prueba de trisomía fetal invasiva) prueba prenatal. [86] [87] En octubre de 2015, BGI lanzó BGISEQ-500, [88] un sistema de secuenciación de escritorio más grande, que recibió un registro aprobado como dispositivo médico un año después por la CFDA. Según se informa, recibió más de 500 pedidos del sistema y ejecutó más de 112.000 pruebas hasta finales de 2016. [87] El China National GeneBank , inaugurado por BGI y el gobierno chino en septiembre de 2016, [89] tiene 150 instrumentos del sistema. [87] El BGISEQ-500 se desarrolló como una plataforma de secuenciación capaz de competir con las plataformas de Illumina por su calidad y precio reducido. [86] En noviembre de 2016, BGI lanzó BGISEQ-50, una versión en miniatura del secuenciador de escritorio. [90] En 2017, BGI comenzó a ofrecer WGS por $ 600. [4] En octubre de 2017, MGI Tech, una subsidiaria de BGI, lanzó dos nuevos secuenciadores MGISEQ-2000 y MGISEQ-200 (luego renombrados como DNBSEQ-G400 y DNBSEQ-G50), [91] mientras que un año después DNBSEQ-T7. [92]
Demandas por infracción de patentes
En 2019, el competidor Illumina, Inc. presentó múltiples demandas por infracción de patentes contra BGI. [93] [94] En respuesta, BGI ha presentado demandas por infracción de patentes contra Illumina alegando violaciones de las leyes federales antimonopolio y de competencia desleal de California . [95]
Ver también
- Centro Nacional de Genoma Humano de China
- Instituto Wellcome Sanger
- Instituto amplio
Referencias
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enlaces externos
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