La visualización de datos biológicos es una rama de la bioinformática que se ocupa de la aplicación de gráficos por computadora , visualización científica y visualización de información a diferentes áreas de las ciencias de la vida . Esto incluye visualización de secuencias , genomas , alineaciones , filogenias , estructuras macromoleculares , biología de sistemas , microscopía e imágenes por resonancia magnética.datos. Las herramientas de software utilizadas para visualizar datos biológicos van desde programas simples e independientes hasta sistemas complejos e integrados.
Estado del arte y perspectivas
Hoy estamos experimentando un rápido crecimiento en volumen y diversidad de datos biológicos , lo que representa un desafío cada vez mayor para los biólogos. Un paso clave para comprender y aprender de estos datos es la visualización. Por lo tanto, ha habido un aumento correspondiente en el número y la diversidad de sistemas para visualizar datos biológicos.
Una tendencia emergente es la difuminación de los límites entre la visualización de estructuras 3D con resolución atómica, la visualización de complejos más grandes mediante microscopía crioelectrónica y la visualización de la ubicación de proteínas y complejos dentro de células y tejidos completos. [1] [2]
Una segunda tendencia emergente es un aumento en la disponibilidad y la importancia de los datos resueltos en el tiempo de la biología de sistemas , la microscopía electrónica [3] [4] y las imágenes de células y tejidos. Por el contrario, la visualización de trayectorias ha sido durante mucho tiempo una parte importante de la dinámica molecular .
Finalmente, a medida que los conjuntos de datos aumentan en tamaño, complejidad e interconexión, los sistemas de visualización biológica están mejorando en usabilidad , integración de datos y estandarización .
Lista de sistemas de visualización
Hay muchos sistemas de software disponibles para la visualización de datos biológicos. [5] [6] [7] [8] Los enlaces a continuación incluyen listas de enlaces de dichos sistemas, agrupados por áreas de aplicación.
Datos genómicos y de ensamblaje
Alineamientos , filogenia y evolución
Referencias
- ^ Lucić V, Förster F, Baumeister W (2005). "Estudios estructurales por tomografía electrónica: de células a moléculas". Revisión anual de bioquímica . 74 : 833–65. doi : 10.1146 / annurev.biochem.73.011303.074112 . PMID 15952904 .
- ^ Steven AC, Baumeister W (2008). "El futuro es híbrido". Revista de Biología Estructural . 163 (3): 186–95. doi : 10.1016 / j.jsb.2008.06.002 . PMID 18602011 .
- ^ Plattner H, Hentschel J (2006). "Dinámica celular sub-segundo: microscopía electrónica de resolución temporal y correlación funcional" . A Survey of Cell Biology (manuscrito enviado). Revista Internacional de Citología. 255 . págs. 133–76. doi : 10.1016 / S0074-7696 (06) 55003-X . ISBN 9780123735997. PMID 17178466 .
- ^ Frank J, Schlichting I (2004). "Imágenes con resolución temporal de procesos e interacciones macromoleculares". Revista de Biología Estructural . 147 (3): 209–10. doi : 10.1016 / j.jsb.2004.06.003 . PMID 15450290 .
- ^ Pavlopoulos, GA; Malliarakis, D; Papanikolaou, N; Theodosiou, T; Muy bien, AJ; Iliopoulos, I (2015). "Visualización de genoma y biología de sistemas: tecnologías, herramientas, técnicas de implementación y tendencias, pasado, presente y futuro" . GigaScience . 4 : 38. doi : 10.1186 / s13742-015-0077-2 . PMC 4548842 . PMID 26309733 .
- ^ Pavlopoulos, GA; Wegener, AL; Schneider, R (28 de noviembre de 2008). "Una encuesta de herramientas de visualización para el análisis de redes biológicas" . Minería de Biodatos . 1 : 12. doi : 10.1186 / 1756-0381-1-12 . PMC 2636684 . PMID 19040716 .
- ^ Pavlopoulos, GA; Soldatos, TG; Barbosa-Silva, A; Schneider, R (22 de febrero de 2010). "Una guía de referencia para el análisis y visualización de árboles" . Minería de Biodatos . 3 (1): 1. doi : 10.1186 / 1756-0381-3-1 . PMC 2844399 . PMID 20175922 .
- ^ Pavlopoulos, Georgios A .; Iacucci, Ernesto; Iliopoulos, Ioannis; Bagos, Pantelis (2013). Interpretación de los datos de la 'era' de las ómicas . Servicios multimedia en entornos inteligentes . Innovación, sistemas y tecnologías inteligentes. 25 . págs. 79–100. doi : 10.1007 / 978-3-319-00375-7_6 . ISBN 978-3-319-00374-0.
enlaces externos
Conferencias relacionadas
- BioVis: Simposio sobre visualización de datos biológicos
- Aplicaciones de la visualización de información en bioinformática
- CIBDV: Inteligencia computacional para visualización de datos biológicos
- IVBI: Simposio de Visualización de Información en Informática Biomédica
- VMLS: visualización en medicina y ciencias biológicas
- VIZBI: Taller sobre visualización de datos biológicos