Lista de sistemas de gráficos moleculares

Esta es una lista de sistemas de software notables que se utilizan para visualizar macromoléculas. ^[1]

Las tablas siguientes indican qué tipos de datos se pueden visualizar en cada sistema:

EM - Microscopía electrónica
HM - Modelado de homología
MD - Dinámica molecular
MM - Modelado molecular , visualización de orbitales moleculares
MRI - Imágenes por resonancia magnética
NA - Ácidos nucleicos
RMN - Resonancia magnética nuclear
Óptica - Microscopía óptica
QM - Química cuántica
SMI - Interacciones de moléculas pequeñas
XRC: datos de cristalografía de rayos X , como la densidad de electrones

Sistemas independientes [ editar ]

Nombre	Datos	Licencia	Tecnología	Citas	Comentarios
Amira	EM MM MRI óptico SMI XRC	Propietario ^[2]	Windows, Linux, Mac	^[3]	Basado en OpenInventor / OpenGL; centrándose en las ciencias biomédicas y de la vida.
Diseñador Ascalaph	MM MD QM	Propiedad	C ++	^[4]	Gráficos, construcción de modelos, mecánica molecular , química cuántica .
Avizo	EM MM MRI óptico SMI XRC	Propietario ^[5]	Windows, Linux, Mac	^[6]	Avizo se deriva de Amira y se centra en la ciencia de los materiales.
Avogadro	MM XRC MD	Código abierto gratuito , GPL	C ++ , Qt , extensible a través de módulos de Python
Cn3D		Código abierto gratuito	Programa independiente	^[7]	En el kit de herramientas de NCBI C ++
Gabedit	XRC MM	Código abierto gratuito	C	^[8]
Jmol		Código abierto gratuito	Java Applet o programa independiente	^[9]	Admite capacidades avanzadas como la carga de múltiples moléculas con movimiento independiente, superficies y orbitales moleculares, visualización de cavidades, simetría de cristal
Timbre MDL		Propietario , uso gratuito no comercial	Complemento de navegador C ++ solo para Windows	^[10]	Construir y visualizar moléculas y sistemas periódicos (cristal, estructuras, fluidos ...), animar trayectorias, visualizar orbitales moleculares, densidad, potencial electrostático ... visualizar gráficas tales como tensores IR, NMR, dieléctricos y ópticos.
Moldeado	MM XRC	Académico patentado y de uso gratuito		^[11]
Entorno operativo molecular (MOE)	HM MD MM NA QM SMI XRC	Propiedad	Windows, Linux, OS X; Lenguaje de programación SVL		Construya, edite y visualice moléculas pequeñas, macromoléculas, complejos proteína-ligando, redes cristalinas, superficies moleculares y de propiedades. Plataforma para una amplia colección de aplicaciones de modelado molecular / descubrimiento de fármacos.
Molekel	MM XRC	Código abierto gratuito	Java 3D subprograma o programa independiente
PyMOL	XRC SMI EM	código abierto , Python	Pitón	^[12]	Según el autor, casi 1/4 de todas las imágenes publicadas de estructuras de proteínas 3D en la literatura científica se realizaron a través de PyMOL. ^{[ cita requerida ]}
RasMol		Código abierto gratuito	Programa independiente C	^[13]^[14]^[15]
SANSÓN	MM MD SMI MRI	Libre	Windows, Linux, Mac. C ++ (Qt)	^[dieciséis]	Nanociencia computacional: ciencias de la vida, materiales, etc. Arquitectura modular, módulos denominados SAMSON Elements.
Sirio		Código abierto gratuito	Java 3D subprograma o programa independiente
Scigress	MM QM	Propietario ^[17]	Programa independiente	^[18]	Edite, visualice y ejecute simulaciones en varios sistemas moleculares.
espartano	MM QM	Propietario ^[19]	Programa independiente	^[20]	Visualice y edite biomoléculas, extraiga ligandos enlazados de archivos PDB para análisis computacionales adicionales, paquete completo de mecánica molecular y cálculos químicos cuánticos con interfaz gráfica de usuario optimizada.
Quimera UCSF	XRC SMI EM MD	Propietario , uso gratuito no comercial ^[21]	Pitón	^[22]^[23]	Incluye visor de secuencia única / múltiple, alineación de secuencia basada en estructura, diafonía automática de secuencia-estructura para análisis integrados. ^[24]
VMD	EM MD MM	Propietario , uso gratuito, no comercial ^[25]	C ++	^[26]^[27]
Y SI	HM XRC	Patentada , shareware para los académicos	Fortran , C , OpenGL , independiente	^[28]	Interfaz anticuada; muy buen software para el bioinformático experimentado; casi 2000 opciones relacionadas con la estructura de proteínas; viene con redacción de 500 páginas.
YASARA	HM NMR XRC	Versión gratuita limitada y patentada	C - ensamblaje , Windows, Linux, Mac	^[29]	Programa de simulación y modelado molecular con todas las funciones, que incluye predicción y acoplamiento de estructuras. Modo gráfico o texto (clústeres), interfaz Python.

Sistemas basados en web [ editar ]

Nombre	Datos	Licencia	Tecnología	Citas	Comentarios
EzMol	MM	Propietario , de uso gratuito	JavaScript, WebGL, 3Dmol.js	^[30]	Construida sobre el visor 3dmol.js, esta herramienta utiliza una interfaz de estilo asistente.

Ver también [ editar ]

Visualización de datos biológicos
Comparación de software de simulación de ácidos nucleicos
Comparación de software para modelado de mecánica molecular
Lista de sistemas de visualización de microscopía
Lista de software bioinformático de código abierto
Gráficos moleculares
Editor de moléculas

Referencias [ editar ]

^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, et al. (Marzo de 2010). "Visualización de estructuras macromoleculares" . Métodos de la naturaleza . 7 (3 supl.): S42-55. doi : 10.1038 / nmeth.1427 . PMC 7097155 . PMID 20195256 .
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^ "Ascalaph" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}
^ Licencia comercial de Avizo
^ "Avizo, el software de análisis y visualización 3D de datos científicos e industriales" . 2018-09-26 . Consultado el 5 de agosto de 2010 .^{[ fuente autoeditada? ]}
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^ SAMSON Connect
^ Licencia comercial Scigress
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Enlaces externos [ editar ]

Wikimedia Commons tiene medios relacionados con softwares de visualización molecular .

Saric M. "Programas libres de modelado molecular =" . Una evaluación técnica, objetiva y bastante detallada de unas 20 herramientas.
"Lista de PDB de herramientas de gráficos moleculares" .
"Índice de recursos de visualización molecular" .
"Recursos de visualización molecular por Eric Martz" .

[1] O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, et al. (Marzo de 2010). "Visualización de estructuras macromoleculares" . Métodos de la naturaleza . 7 (3 supl.): S42-55. doi : 10.1038 / nmeth.1427 . PMC 7097155 . PMID 20195256 .

[2] Licencia comercial de Amira

[3] "Amira para la vida y las ciencias biomédicas" . 2019-02-28 . Consultado el 28 de febrero de 2019 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[4] "Ascalaph" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[5] Licencia comercial de Avizo

[6] "Avizo, el software de análisis y visualización 3D de datos científicos e industriales" . 2018-09-26 . Consultado el 5 de agosto de 2010 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[7] Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (junio de 2000). "Cn3D: vistas de secuencia y estructura para Entrez". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 25 (6): 300–2. doi : 10.1016 / S0968-0004 (00) 01561-9 . PMID 10838572 .

[8] "Gabedit una interfaz gráfica de usuario para paquetes de química computacional" .

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[10] "Chime Pro" . Symx . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

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[13] Sayle RA, Milner-White EJ (septiembre de 1995). "RASMOL: gráficos biomoleculares para todos". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 20 (9): 374–376. doi : 10.1016 / S0968-0004 (00) 89080-5 . PMID 7482707 .

[14] Bernstein HJ (septiembre de 2000). "Cambios recientes en RasMol, recombinando las variantes". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 25 (9): 453–5. doi : 10.1016 / S0968-0004 (00) 01606-6 . PMID 10973060 .

[15] "Página de inicio de RasMol y OpenRasMol" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[16] SAMSON Connect

[17] Licencia comercial Scigress

[18] "Scigress" . fqs.pl . 12 de septiembre de 2014.

[19] Página web de Spartan

[20] Tutorial y guía del usuario de Spartan ISBN 1-890661-38-4

[21] Licencia UCSF Chimera

[22] Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (octubre de 2004). "UCSF Chimera - un sistema de visualización para análisis e investigación exploratoria". Revista de Química Computacional . 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . doi : 10.1002 / jcc.20084 . PMID 15264254 . S2CID 8747218 .

[23] "UCSF Quimera" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

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[25] Licencia de Visual Molecular Dynamics

[26] Humphrey W, Dalke A, Schulten K (febrero de 1996). "VMD: dinámica molecular visual". Revista de gráficos moleculares . 14 (1): 33–8, 27–8. doi : 10.1016 / 0263-7855 (96) 00018-5 . PMID 8744570 .

[27] "VMD - Dinámica molecular visual" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[28] "Y si página de inicio" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[29] "YASARA - otra aplicación científica de realidad artificial" . Consultado el 24 de septiembre de 2009 .^{[ fuente autoeditada? ]}

[pmid29391170-30] Reynolds CR, Islam SA, Sternberg MJ (julio de 2018). "EzMol: un asistente de servidor web para la visualización rápida y producción de imágenes de estructuras de proteínas y ácidos nucleicos" . Revista de Biología Molecular . 430 (15): 2244–2248. doi : 10.1016 / j.jmb.2018.01.013 . hdl : 10044/1/56880 . PMC 5961936 . PMID 29391170 .

[1]