La proteómica ascendente es un método común para identificar proteínas y caracterizar sus secuencias de aminoácidos y modificaciones postraduccionales mediante digestión proteolítica de proteínas antes del análisis por espectrometría de masas . [1] [2] El principal flujo de trabajo alternativo utilizado en proteómica se llama proteómica de arriba hacia abajo, donde las proteínas intactas se purifican antes de la digestión y / o fragmentación, ya sea dentro del espectrómetro de masas o por electroforesis 2D. [3] Esencialmente, la proteómica ascendente es un medio relativamente simple y confiable de determinar la composición proteica de una muestra determinada de células, tejidos, etc. [4]
En la proteómica ascendente, el extracto de proteína en bruto se digiere enzimáticamente, seguido de una o más dimensiones de separación de los péptidos mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas, una técnica conocida como proteómica de escopeta . [5] [6] Al comparar las masas de los péptidos proteolíticos o sus espectros de masas en tándem con los pronosticados a partir de una base de datos de secuencias o espectros de péptidos anotados en una biblioteca espectral de péptidos, se pueden identificar péptidos y ensamblar múltiples identificaciones de péptidos en una identificación de proteína.
Ventajas
Para los métodos ascendentes de alto rendimiento, hay una mejor separación inicial de péptidos en comparación con las proteínas y una mayor sensibilidad que los métodos descendentes (sin gel). [7]
Desventajas
Existe una cobertura de secuencia de proteína limitada por péptidos identificados, pérdida de PTM lábiles y ambigüedad del origen de las secuencias de péptidos redundantes. [7] Recientemente, la combinación de proteómica ascendente y descendente, denominada proteómica media descendente, está recibiendo mucha atención, ya que este enfoque no solo se puede aplicar al análisis de grandes fragmentos de proteínas, sino que también evita secuencias de péptidos redundantes. . [8]
Ver también
Referencias
- ^ Aebersold R, Mann M (marzo de 2003). "Proteómica basada en espectrometría de masas". Naturaleza . 422 (6928): 198–207. Código Bibliográfico : 2003Natur.422..198A . doi : 10.1038 / nature01511 . PMID 12634793 .
- ^ Chait BT (2006). "Química. Espectrometría de masas: ¿de abajo hacia arriba o de arriba hacia abajo?". Ciencia . 314 (5796): 65–6. doi : 10.1126 / science.1133987 . PMID 17023639 .
- ^ Wright EP, Partridge MA, Padula MP, Gauci VJ, Malladi CS, Coorsen JR (2014). "Proteómica de arriba hacia abajo: mejora de la electroforesis en gel 2D desde el procesamiento de tejidos hasta la detección de proteínas de alta sensibilidad". Proteómica . 14 (7–8): 872–889. doi : 10.1002 / pmic.201300424 . PMID 24452924 .
- ^ "Proteómica de abajo hacia arriba" . PlanetOrbitrap . Thermo Fisher Scientific . Consultado el 20 de noviembre de 2017 .
- ^ Washburn MP, Wolters D, Yates JR (2001). "Análisis a gran escala del proteoma de levadura mediante tecnología de identificación de proteínas multidimensional". Nat. Biotechnol . 19 (3): 242–247. doi : 10.1038 / 85686 . PMID 11231557 .
- ^ Wolters DA, Washburn MP, Yates JR (2001). "Una tecnología de identificación de proteínas multidimensional automatizada para la proteómica de escopeta". Anal. Chem . 73 (23): 5683–5690. doi : 10.1021 / ac010617e . PMID 11774908 .
- ^ a b Yates JR, Ruse CI, Nakorchevsky A (2009). "Proteómica por espectrometría de masas: enfoques, avances y aplicaciones" (PDF) . Annu. Rev. Biomed. Ing . 11 : 49–79. doi : 10.1146 / annurev-bioeng-061008-124934 . PMID 19400705 .
- ^ Zhang, Yaoyang; Fonslow, Bryan R .; Shan, Bing; Baek, Moon-Chang; Yates, John R. (10 de abril de 2014). "Análisis de proteínas por proteómica shotgun / bottom-up" . Chem Rev . 113 (4): 2343. doi : 10.1021 / cr3003533 . PMC 3751594 . PMID 23438204 .