La secuenciación de alto rendimiento de ARN aislado mediante inmunoprecipitación de entrecruzamiento ( HITS-CLIP , también conocido como CLIP-Seq ) es un medio de mapeo de proteínas en todo el genoma , sitios de unión de ARN o sitios de modificación de ARN in vivo . [1] [2] [3] HITS-CLIP se usó originalmente para generar mapas de interacción proteína-ARN de todo el genoma para la proteína de unión al ARN específica de la neurona y el factor de empalme NOVA1 y NOVA2; [2] desde entonces, se han generado otros mapas de factores de empalme, incluidos los de PTB, [4] RbFox2, [5] SFRS1, [6] hnRNP C, [7] e incluso modificaciones de ARNm de N6-metiladenosina (m6A). [3] [8]
HITS-CLIP de la proteína de unión a ARN Argonaute se ha realizado para la identificación de objetivos de microARN [9] mediante la decodificación de mapas de interacción microARN -ARNm y proteína-ARN en cerebro de ratón, [10] [11] y posteriormente en Caenorhabditis elegans , [ 12] células madre embrionarias [13] y células de cultivo de tejidos. [14]
Como una modificación novedosa de HITS-CLIP, m6A-CLIP se desarrolló para mapear con precisión las ubicaciones de N6-metiladenosina (m6A) en el ARNm mediante la reticulación UV del anticuerpo m6A con el ARN objetivo. [3] [8] Recientemente, la bioinformática mejorada aplicada a Argonaute HITS-CLIP permite la identificación de sitios de unión con resolución de un solo nucleótido. [15]