Cancer Biomedical Informatics Grid ( caBIG ) fue un programa del gobierno de EE. UU. Para desarrollar una red de información de código abierto y acceso abierto llamada caGrid para el intercambio seguro de datos sobre la investigación del cáncer. La iniciativa fue desarrollada por el Instituto Nacional del Cáncer (parte de los Institutos Nacionales de Salud ) y fue mantenida por el Centro de Informática Biomédica y Tecnología de la Información (CBIIT). En 2011, un informe sobre caBIG planteó cuestiones importantes sobre la eficacia y la supervisión, y su presupuesto y alcance se redujeron significativamente. En mayo de 2012, se creó el Programa Nacional de Informática del Cáncer (NCIP) como programa sucesor de caBIG.
Desarrollador (es) | Del NCI Centro de Informática Biomédica y Tecnología de la Información (CBIIT), The Ohio State University Research Foundation, La Universidad de Chicago - Laboratorio Nacional de Argonne , LLC SemanticBits, Ekagra Software Technologies |
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Tipo | Computación en red , servicio web |
Licencia | BSD de 3 cláusulas |
Sitio web | cagrid |
Historia
El Instituto Nacional del Cáncer (NCI) de los Estados Unidos financió la iniciativa de la Red de Informática Biomédica del cáncer (caBIG) en la primavera de 2004, dirigida por Kenneth Buetow. [1] Su objetivo era conectar a los investigadores biomédicos del cáncer de EE. UU. Mediante la tecnología conocida como computación en cuadrícula . El programa, dirigido por el Centro de Bioinformática y Tecnología de la Información (CBIIT), comenzó con una fase piloto de 3 años. La fase piloto concluyó en marzo de 2007 y se anunció un ensayo. [2] Buetow promovió el programa en 2008. [1] [3]
Además de caGrid, la infraestructura subyacente para el intercambio de datos entre organizaciones, caBIG desarrolló herramientas de software, políticas de intercambio de datos y estándares y vocabularios comunes para facilitar el intercambio de datos .
Herramientas de software dirigidas a:
- Recopilación, análisis y gestión de datos de investigación básica
- Gestión de ensayos clínicos , desde la inscripción de pacientes hasta la notificación y el análisis de eventos adversos
- Recopilación, anotación, intercambio y almacenamiento de datos de imágenes médicas
- Manejo de muestras biológicas
caBIG buscó proporcionar tecnología fundamental para un enfoque de la biomedicina que llamó un "sistema de aprendizaje de la salud". [4] Esto se basa en el intercambio rápido de información entre todos los sectores de la investigación y la atención, de modo que los investigadores y los médicos puedan revisar en colaboración e incorporar con precisión los últimos hallazgos en su trabajo. El objetivo final era acelerar el proceso de investigación biomédica. También se promovió para lo que a menudo se llama Medicina Personalizada . La tecnología caBIG se utilizó en ensayos clínicos adaptativos como la Investigación de estudios seriales para predecir su respuesta terapéutica con imágenes y el análisis molecular 2 (I-SPY2), que se diseñó para utilizar biomarcadores para determinar la terapia adecuada para mujeres con cáncer de mama avanzado . [5]
Tecnología de la información sanitaria
Se promovió la tecnología de la información sanitaria (HIT) para la gestión y el intercambio seguro de información médica entre investigadores, proveedores de atención médica y consumidores. Las iniciativas de HIT que mencionaron caBIG fueron: El NCI y la Sociedad Estadounidense de Oncología Clínica iniciaron una colaboración para crear un sistema de registro de salud electrónico específico para oncología utilizando los estándares de caBIG para la interoperabilidad y que permitirá a los oncólogos administrar la información del paciente en un formato electrónico que capture con precisión la información específica. cuestiones intervencionistas exclusivas de la oncología. La Red Nacional de Información de Salud fue una iniciativa para compartir datos clínicos de pacientes a través de fuentes geográficamente dispares y crear un intercambio de información de salud nacional vinculado electrónicamente. Podría estar relacionado de alguna manera.
Colaboraciones
En 2008 se formó un BIG Health Consortium para promover la medicina personalizada, pero se disolvió en 2012. [6] En julio de 2009, caBIG anunció una colaboración con la Dr. Susan Love Research Foundation para construir una cohorte en línea de mujeres dispuestas a participar en ensayos clínicos. . [7] Llamado Ejército de Mujeres, tenía una meta de un millón en su base de datos; en diciembre de 2009, el sitio fue "lanzado", y cerca de 30.000 mujeres y hombres se inscribieron en 2010. [8]
El Atlas del genoma del cáncer tenía como objetivo caracterizar más de 10,000 tumores en al menos 20 cánceres para 2015. caBIG proporcionó conectividad, estándares de datos y herramientas para recopilar, organizar, compartir y analizar los diversos datos de investigación en su base de datos. Desde 2007, el NCI trabajó con el Instituto Nacional de Investigación del Cáncer del Reino Unido (NCRI). Las dos organizaciones compartieron tecnologías para la investigación colaborativa y el intercambio seguro de datos de investigación utilizando caGrid y el portal web NCRI Oncology Information Exchange (ONIX) anunciado en agosto de 2009. [9] ONIX cerró en marzo de 2012. [10] The Duke Cancer Institute utilizó las herramientas de ensayos clínicos caBIG en su colaboración con el Hospital Oncológico de Beijing de la Universidad de Pekín. [11]
Implementación
El proyecto tenía la intención de conectar 65 centros de cáncer designados por el NCI para permitir la investigación colaborativa. Las instituciones participantes podrían "adoptar" las herramientas de caBIG para compartir datos directamente a través de caGrid, o "adaptar" el software comercial o desarrollado internamente para que sea compatible con caBIG. El programa caBIG desarrolló kits de desarrollo de software (SDK) para herramientas de software interoperables e instrucciones sobre el proceso de adaptación de herramientas existentes o desarrollo de aplicaciones para que sean compatibles con caBIG.
El programa Enterprise Support Network incluyó experiencia en dominios específicos y proveedores de servicios de soporte, organizaciones de terceros que brindan asistencia mediante contratos por servicios. [12] Un portal web que utiliza el software Liferay estuvo disponible de 2008 a 2013. [13]
Fuente abierta
Desde 2004, el programa caBIG utilizó comunidades de código abierto , adaptadas de otras asociaciones público-privadas. El programa caBIG produjo software bajo contrato para equipos de desarrollo de software en gran parte dentro de la comunidad de investigación comercial. [ cita requerida ]
En general, el software desarrollado bajo contratos del gobierno de EE. UU. Es propiedad del gobierno de EE. UU. Y de los contribuyentes de EE. UU. Dependiendo de los términos de los contratos específicos, es posible que solo se pueda acceder a ellos mediante solicitud en virtud de la Ley de Libertad de Información (FOIA). La puntualidad de la respuesta a tales solicitudes podría impedir que un solicitante obtenga algún valor secundario del software publicado bajo una solicitud de FOIA.
El programa caBIG colocó todo el software caBIG en un repositorio de software de libre acceso para su descarga. Código abierto significa que cualquiera puede modificar el software descargado; sin embargo, la licencia aplicada al software descargado permite una mayor flexibilidad de la habitual. Una persona o empresa puede contribuir con el código modificado al programa caBIG, pero no está obligado a hacerlo. Asimismo, las modificaciones pueden estar disponibles como código abierto, pero no es necesario que estén disponibles como código abierto. La licencia de caBIG incluso permite que el uso de las aplicaciones y componentes de caBIG, combinado con adiciones y modificaciones, se publiquen como productos comerciales. Estos aspectos del programa caBIG en realidad fomentan la comercialización de la tecnología caBIG.
Resultados
En 2008, GlaxoSmithKline anunció que compartiría datos genómicos de células cancerosas con caBIG. [14] Algunas empresas privadas alegaron beneficios de la tecnología caBIG en 2010. [15]
En 2007 se creó un sitio web de la comunidad caGrid. [16] La versión 1.x del software principal se agregó a un proyecto de GitHub a mediados de 2013, bajo la licencia BSD de 3 cláusulas . [17] Usó la versión 4.03 de Globus Toolkit y el sistema de banco de trabajo Taverna para administrar el flujo de trabajo y el Business Process Execution Language . [17] [18] [19] El software llamado Introduce se desarrolló alrededor de 2006. [20] Los colaboradores incluyeron el Centro de Ciencias Clínicas y Traslacionales de la Universidad Estatal de Ohio y las empresas privadas Ekagra Software Technologies y Semantic Bits. [dieciséis]
Crítica
Para 2008, algunos cuestionaron si el programa beneficiaba a las grandes empresas farmacéuticas. [21] Para 2011, el proyecto había gastado aproximadamente 350 millones de dólares. [22] Aunque el objetivo se consideró loable, gran parte del software se adoptó de manera desigual después de haber sido desarrollado a un gran costo para competir con las ofertas comerciales. En marzo de 2011, una evaluación del grupo de trabajo del NCI concluyó que caBIG "... se expandió mucho más allá de esos objetivos para implementar una empresa de software demasiado compleja y ambiciosa de herramientas de la marca NCI, especialmente en el espacio del Sistema de gestión de ensayos clínicos (CTMS). produjo una tracción limitada en la comunidad del cáncer, competir con los proveedores comerciales establecidos y crear compromisos de mantenimiento y apoyo a largo plazo económicamente insostenibles para el NCI ". [2] En 2012, el NCI anunció un nuevo programa, el Programa Nacional de Informática del Cáncer (NCIP), como sucesor de caBIG. [23] [24] [25]
caGrid
Desarrollador (es) | Del NCI Centro de Informática Biomédica y Tecnología de la Información (CBIIT), The Ohio State University Research Foundation, La Universidad de Chicago - Laboratorio Nacional de Argonne , LLC SemanticBits, Ekagra Software Technologies |
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Sistema operativo | Multiplataforma |
Tipo | Computación en red , servicio web |
Licencia | BSD de 3 cláusulas |
Sitio web | cagrid .org |
La red informática y el software caGrid apoyaron la iniciativa de la Red de Informática Biomédica del Cáncer (caBIG) del Instituto Nacional del Cáncer de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU .
caBIG es una infraestructura informática virtual voluntaria que conecta datos, herramientas de investigación, científicos y organizaciones.
En 2013, el Programa Nacional de Informática del Cáncer (NCIP) relanzó caGrid bajo la licencia BSD de 3 cláusulas y migró el repositorio de origen a github .
caGrid usa la versión 4.03 del Globus Toolkit , producido por Globus Alliance .
Portal
El portal caGrid era una aplicación basada en la web construida en Liferay que permite a los usuarios descubrir e interactuar con los servicios que están disponibles en la infraestructura de caGrid. Portal sirve como la herramienta de visualización principal para el middleware caGrid . También sirvió como fuente de información CABIG. A través del Portal de caGrid, los usuarios tenían acceso a información sobre los participantes de caBIG, los puntos de contacto (POC) de caGrid y las noticias y eventos relacionados con caGrid.
Flujo de trabajo
El flujo de trabajo de caGrid utiliza:
- BPEL activo
- Taberna
Colaboradores
- Universidad del Estado de Ohio
- Universidad de Chicago , Laboratorio Nacional Argonne
- SemanticBits, LLC
- Tecnologías de software Ekagra
Crítica
En marzo de 2011, el NCI publicó una revisión extensa de CaBIG, el programa CBIIT del NCI que financió el desarrollo del software caGrid (ver [1] , [2] ), que incluía una larga lista de problemas con el programa, y recomendó que la mayoría de los proyectos de desarrollo de software deben interrumpirse.
Referencias
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Otras lecturas
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- "El NCI abrirá una red de investigación para el 'ejército' de pacientes con cáncer", Government Health IT (9/10/09)
- “GridBriefing: El futuro de la atención médica - eHealth y Grid Computing”, GridTalk (9/09)
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- "caGrid 1.0: una infraestructura de red empresarial para la investigación biomédica" .
- "Habilitación del aprovisionamiento y la gestión de un tejido de confianza de cuadrícula federado" .
- "Presentar: un kit de herramientas de código abierto para el desarrollo rápido de servicios Grid fuertemente tipificados" .
- "caGrid: diseño e implementación de la arquitectura central de la cuadrícula de informática biomédica del cáncer" .
- Tan, Wei; Foster, Ian; Madduri, Ravi (2008). "Combinando el poder de Taverna y caGrid: flujos de trabajo científicos que permiten la colaboración a escala web". Computación por Internet IEEE . 12 (6): 61–68. doi : 10.1109 / MIC.2008.120 . S2CID 2690862 .
enlaces externos
- Sitio web del consumidor / usuario de caBIG (no técnico)
- Sitio web de la comunidad caBIG (técnico)
- Wiki de caGrid
- Proyecto caGrid gforge
- Portal caGrid
Componentes
- Presentar Toolkit , también un proyecto de incubadora Globus
- Servicios de datos
- Metadatos
- Seguridad
- Servicio de delegación de credenciales (CDS)
- dorio
- GAARDS
- Mero de cuadrícula
- Servicio Grid Trust (GTS)
- WebSSO : componente de inicio de sesión único web, basado en JASIG CAS