El Atlas del Genoma del Cáncer ( TCGA ) es un proyecto, iniciado en 2005, para catalogar las mutaciones genéticas responsables del cáncer , utilizando la secuenciación del genoma y la bioinformática . [1] [2] TCGA aplica técnicas de análisis del genoma de alto rendimiento para mejorar la capacidad de diagnosticar, tratar y prevenir el cáncer mediante una mejor comprensión de la base genética de esta enfermedad.
TCGA es supervisado por el Instituto Nacional del Cáncer 's Centro de Genómica del Cáncer y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano , financiado por el Gobierno de Estados Unidos. Un proyecto piloto de tres años, iniciado en 2006, se centró en la caracterización de tres tipos de cánceres humanos: glioblastoma multiforme , cáncer de pulmón y de ovario . [3] En 2009, se expandió a la fase II, que planeaba completar la caracterización genómica y el análisis de secuencia de 20-25 tipos de tumores diferentes para 2014. TCGA superó ese objetivo, caracterizando 33 tipos de cáncer, incluidos 10 cánceres raros. [4] [5] La financiación se divide entre los centros de caracterización del genoma (GCC), que realizan la secuenciación, y los centros de análisis de datos del genoma (GDAC), que realizan los análisis bioinformáticos.
El proyecto programó 500 muestras de pacientes, más que la mayoría de los estudios genómicos, y utilizó diferentes técnicas para analizar las muestras de pacientes. Las técnicas incluyen el perfil de expresión génica , el perfil de variación del número de copias , el genotipado de SNP , el perfil de metilación del ADN en todo el genoma , el perfil de microARN y la secuenciación de exones de al menos 1200 genes. TCGA estaba secuenciando los genomas completos de algunos tumores, incluidos al menos 6.000 genes candidatos y secuencias de microARN. Esta secuenciación dirigida está siendo realizada por los tres centros de secuenciación utilizando tecnología de captura híbrida . En la fase II, TCGA estaba realizando la secuenciación del exoma completo y del transcriptoma completo en el 100% de los casos y la secuenciación del genoma completo en el 10% de los casos utilizados en el proyecto.
Metas
El objetivo del proyecto piloto era demostrar que un equipo de científicos de diversas instituciones podía utilizar tecnologías genómicas avanzadas para generar conclusiones estadísticamente y biológicamente significativas a partir del conjunto de datos genómicos generados. [6] Se exploraron dos tipos de tumores durante la fase piloto, el glioblastoma multiforma (GBM) y el cistadenocarcinoma de ovario. El objetivo de TCGA Phase II es expandir el éxito experimentado en el proyecto piloto a más tipos de cáncer, proporcionando un conjunto de datos grande y estadísticamente significativo para futuros descubrimientos.
Gestión
TCGA es administrado conjuntamente por científicos y administradores del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI). Con la expansión de TCGA de la fase piloto a la Fase II en octubre de 2009, el NCI creó una Oficina del Programa TCGA. El Dr. Jean Claude Zenklusen ha sido el director de la oficina desde agosto de 2013. Esta oficina es responsable del funcionamiento de seis centros de caracterización del genoma, siete centros de análisis del genoma, el recurso principal de bioespecímenes, el centro de coordinación de datos y aproximadamente un tercio del secuenciación realizada para el proyecto por los tres centros de secuenciación del genoma. [7] Además, la Oficina del Proyecto TCGA fue responsable de coordinar la acumulación de tejidos para TCGA. La Dra. Carolyn Hutter, directora de proyectos de NHGRI, dirige dos tercios de la secuenciación en los Centros de secuenciación del genoma.
El proyecto es administrado por un equipo de proyecto compuesto por miembros del NCI y el NHGRI. Este equipo, junto con los investigadores principales financiados por el proyecto, conforma el Comité Directivo. El Comité Directivo tiene la tarea de supervisar la validez científica del proyecto, mientras que el equipo del proyecto NCI / NHGRI se asegura de que se cumplan el progreso científico y los objetivos del proyecto, que el proyecto se complete a tiempo y dentro del presupuesto y la coordinación de los diversos componentes de el proyecto.
Acumulación de tejido
Los requisitos de tejido variaron de un tipo de tejido a otro y de un tipo de cáncer a otro. Los expertos en enfermedades de los Grupos de Trabajo sobre Enfermedades del proyecto ayudaron a definir las características de las muestras de tejido típicas acumuladas como "estándar de atención" en los Estados Unidos y cómo TCGA puede utilizar mejor el tejido. Por ejemplo, el Grupo de Trabajo de Enfermedades Cerebrales determinó que las muestras que contenían más del 50% de necrosis no serían adecuadas para TCGA y que se requerían 80% de núcleos tumorales en la porción viable del tumor. TCGA siguió algunas pautas generales como punto de partida para recolectar muestras de cualquier tipo de tumor. Estos incluyen un tamaño mínimo de 200 mg , no menos del 80% de núcleos tumorales y una fuente coincidente de ADN de línea germinal (como sangre o ADN purificado ). Además, las instituciones que envían tejidos a TCGA deben tener un conjunto mínimo de datos clínicos según lo definido por el Grupo de Trabajo de Enfermedades, consentimientos firmados que hayan sido aprobados por el IRB de su institución, así como un acuerdo de transferencia de material con TCGA.
En 2009, el NCI retiró aproximadamente $ 130 millones de ARRA del "Contrato principal" del NCI con Science Applications International Corporation (SAIC) para financiar la acumulación de tejidos y una variedad de otras actividades a través de la Oficina de Adquisición del NCI. $ 42 millones estaban disponibles para la acumulación de tejidos a través del NCI utilizando "Solicitudes de cotizaciones" (RFQ) y "Solicitudes de propuestas" (RFP) para generar órdenes de compra y contratos, respectivamente. Las RFQ se utilizaron principalmente para la recolección de muestras retrospectivas de bancos establecidos, mientras que las RFP se utilizan para la recolección prospectiva de muestras. La TCGA finalizó la recolección de muestras en diciembre de 2013, con casi 20,000 bioespecímenes. [8]
Las instituciones que aportan muestras a TCGA reciben pago y tienen acceso a los datos moleculares generados en sus muestras, al tiempo que mantienen un vínculo entre el identificador único de TCGA y su propio identificador único. Esto permite que las instituciones contribuyentes se vinculen con los datos clínicos de sus muestras y entablen colaboraciones con otras instituciones que tengan datos similares sobre muestras de TCGA, aumentando así el poder del análisis de resultados.
Organización
TCGA tiene varios tipos diferentes de centros que reciben fondos para generar y analizar datos. TCGA es el primer proyecto de genómica a gran escala financiado por los NIH que incluye recursos importantes para el descubrimiento bioinformático. El NCI ha dedicado el 50% de los fondos asignados por TCGA, aproximadamente $ 12M / año, para financiar el descubrimiento bioinformático. Los centros de caracterización del genoma y los centros de secuenciación del genoma generan datos. Dos tipos de centros de análisis de datos genómicos utilizan los datos para el descubrimiento bioinformático. Se financian dos centros para aislar biomoléculas de muestras de pacientes y un centro se financia para almacenar los datos. Para obtener más información sobre la organización del proyecto TCGA, consulte http://cancergenome.nih.gov/newsevents/multimedialibrary/interactives/howitworks .
Recurso básico de bioespecímenes
Biospecimen Core Resource (BCR) es responsable de verificar la calidad y cantidad de tejido enviado por los sitios de origen de tejido, el aislamiento de ADN y ARN de las muestras, el control de calidad de estas biomoléculas y el envío de muestras a las GSC y GCC. El Consorcio Internacional de Genómica se adjudicó el contrato para iniciar el BCR para el proyecto piloto. Había dos BCR financiados por el NCI al comienzo del proyecto completo: Nationwide Children's Hospital y el International Genomics Consortium. Los BCR fueron recompensados con la fecha de vencimiento para las propuestas el 4 de junio de 2010 y Nationwide Children's Hospital se adjudicó el contrato. [9]
Centros de secuenciación del genoma
Tres centros de secuenciación del genoma fueron cofinanciados por el NCI y el NHGRI: el Broad Institute , el McDonnell Genome Institute de la Washington University y el Baylor College of Medicine. Estos tres centros de secuenciación han pasado de la secuenciación de Sanger a la secuenciación de próxima generación (NGS), aunque se están implementando simultáneamente una variedad de tecnologías de NGS.
Centros de caracterización del genoma
El NCI financió siete centros de caracterización del genoma: el Broad Institute, Harvard, la Universidad de Carolina del Norte, el MD Anderson Cancer Center, el Van Andel Institute, el Baylor College of Medicine y el British Columbia Cancer Center.
Centro de coordinación de datos
El centro de coordinación de datos es el depósito central de datos TCGA. También es responsable del control de calidad de los datos que ingresan a la base de datos TCGA. El DCC también mantiene el TCGA Data Portal, que es donde los usuarios acceden a los datos de TCGA. Este trabajo es realizado bajo contrato por científicos y desarrolladores de bioinformática de SRA International , Inc. El DCC no alberga niveles más bajos de datos de secuencia. Del NCI Genómica Hub Cáncer (CGHub) es el repositorio seguro para almacenar, catalogación, y acceder a los datos de secuencia relacionada. Este trabajo es realizado por científicos y personal de la Universidad de California, Instituto de Genómica de Santa Cruz .
Centros de análisis de datos del genoma
Siete centros de análisis de datos del genoma financiados por el NCI / NHGRI son responsables de la integración de datos en todos los centros de caracterización y secuenciación, así como de la interpretación biológica de los datos TCGA. Los GDAC incluyen The Broad Institute, University of North Carolina, Oregon Health and Science University, University of California, Santa Cruz, MD Anderson Cancer Center, Memorial Sloan Kettering Cancer Center y The Institute for Systems Biology. Los siete GDAC trabajan juntos para desarrollar una línea de análisis para el análisis de datos automatizado.
Tumores
Se generó una lista preliminar de tumores para que los estudie TCGA compilando estadísticas de incidencia y supervivencia del sitio web SEER Cancer Statistic. Además, al elegir los 25 tipos de tumores principales se consideró el “estándar de atención” actual de EE. UU., Ya que TCGA se dirige a los tipos de tumores en los que la resección antes de la terapia complementaria es el estándar de atención. La disponibilidad de muestras también juega un papel fundamental para determinar qué tipos de tumores estudiar y el orden en que se inician los proyectos de tumores. Cuanto más común es el tumor, es más probable que las muestras se acumulen rápidamente, lo que da como resultado que los tipos de tumores comunes, como el cáncer de colon, pulmón y mama, se conviertan en los primeros tipos de tumores ingresados en el proyecto, antes que los tipos de tumores raros.
TCGA Targeted Tumores: carcinoma de pulmón de células escamosas , carcinoma papilar renal , carcinoma renal de células claras , carcinoma ductal de mama , carcinoma de células renales , cáncer de cuello uterino (escamosas), adenocarcinoma de colon , adenocarcinoma de estómago , carcinoma rectal , carcinoma hepatocelular , cabeza y cuello (oral) carcinoma de células escamosas, carcinoma de tiroides , vejiga carcinoma urotelial - no papilar, cuerpo uterino ( carcinoma endometrial ), adenocarcinoma ductal pancreático , leucemia mieloide aguda , adenocarcinoma de próstata , adenocarcinoma de pulmón , melanoma cutáneo , carcinoma lobular de mama y menor glioma de grado , carcinoma de esófago , seroso de ovario cistadenocarcinoma , carcinoma de células escamosas de pulmón , carcinoma adrenocortical , linfoma difuso de células B grandes , paraganglioma y feocromocitoma , colangiocarcinoma , carcinosarcoma uterino , melanoma uveal , timoma , sarcoma , mesotelioma , y cáncer testicular de células germinales.
TCGA acumuló muestras para todos estos tipos de tumores simultáneamente. A medida que se dispuso de muestras, se introdujeron en producción los tipos de tumores con la mayor cantidad de muestras acumuladas. Para tipos de tumores más raros, tipos de tumores donde las muestras son difíciles de acumular y para tipos de tumores donde TCGA no puede identificar una fuente de muestras de alta calidad, estos tipos de cáncer entraron en la "tubería de producción de TCGA" en el segundo año del proyecto. Esto le dio a la Oficina del Programa de TCGA tiempo adicional para acumular muestras suficientes para el proyecto.
Publicaciones
Tipo de cáncer estudiado | Final Número analizado en papel de marcador original | Datos disponibles públicamente | Hallazgos del análisis TCGA |
---|---|---|---|
Glioblastoma multiforme | 206 | X | Los subtipos de GBM Classical, Mesenchymal y Proneural se definen por mutaciones EGFR , NF1 y PDGFRA / IDH1 respectivamente; [10] más del 40% de los tumores tienen mutaciones en los genes modificadores de la cromatina; [11] otros genes mutados con frecuencia incluyen TP53 , PlK3R1 , PIK3CA , IDH1 , PTEN , RB1 , LZTR1 [12] |
Glioma de grado inferior | 293 | X | Se definieron tres subtipos que se correlacionan con los resultados del paciente: mutante IDH1 con deleción 1p / 19q, mutante IDH sin deleción 1p / 19q y tipo salvaje IDH ; El tipo salvaje de IDH es genómicamente similar al glioblastoma [13] |
Carcinoma lobulillar de mama | 203 | X | Carcinoma lobulillar distinto del carcinoma ductal; FOXA1 elevado en carcinoma lobulillar, GATA3 elevado en carcinoma ductal; carcinoma lobulillar enriquecido por la pérdida de PTEN y la activación de Akt [14] [15] |
Carcinoma ductal de mama | 784 | X | Cuatro subtipos genómicos distintos: basal, Her2, luminal A, luminal B; mutaciones impulsoras más comunes TP53 , PIK3CA , GATA3 ; subtipo basal similar al cáncer de ovario seroso [14] |
Adenocarcinoma colorrectal | 276 | X | Los cánceres de colon y recto tienen perfiles genómicos similares; subtipo hipermutado (16% de las muestras) que se encuentra principalmente en el colon derecho y se asocia con un pronóstico favorable; nuevos controladores potenciales: ARlD1A , SOX9 , FAM123B / WTX ; sobreexpresión de: ERBB2 , IGF2 ; mutaciones en la vía WNT [16] |
Adenocarcinoma de estómago | 295 | X | Se identificaron cuatro subtipos: VEB caracterizado por infección por el virus de Epstein-Barr, MSI (inestabilidad de microsatélites) caracterizada por hipermutación, GS caracterizada por estabilidad genómica, CIN caracterizada por inestabilidad cromosómica; CIN enriquecido para mutaciones en tirosina quinasas [17] |
Carcinoma de esófago | 164 | X | Las células escamosas y el adenocarcinoma son molecularmente distintos; Los carcinomas de células escamosas eran similares a los carcinomas de células escamosas de cabeza y cuello y tenían frecuentes amplificaciones de CCND1, SOX2 y TP63; los adenocarcinomas eran similares al adenocarcinoma gástrico cromosómicamente inestable y tenían amplificaciones frecuentes en ERBB2, VEGFA, GATA4 y GATA6 [18] |
Cistadenocarcinoma seroso de ovario | 489 | X | Las mutaciones en TP53 ocurrieron en el 96% de los casos estudiados; [19] Las mutaciones en BRCA1 y BRCA2 ocurrieron en el 21% de los casos y se asociaron con resultados más favorables [20] |
Carcinoma endometrial del cuerpo uterino | 373 | X | Clasifica los cánceres de endometrio en cuatro categorías: POLE ultramutados, MSI (inestabilidad de microsatélites) hipermutados, número de copias bajo y número de copias alto; Los carcinomas serosos uterinos eran similares a los carcinomas de mama ováricos serosos y basales y tenían un pronóstico menos favorable que los carcinomas endometrioides uterinos [21] |
Carcinoma y adenocarcinoma de células escamosas de cuello uterino | 228 | X | Identificación de cánceres de cuello uterino similares al endometrio, negativos al VPH, con mutaciones en los genes KRAS , ARID1A y PTEN ; amplificación de genes de puntos de control inmunitarios CD274 y PDCD1LG2 ; alteraciones de genes que incluyen MED1 , ERBB3 , CASP8 , HLA-A y TGFBR2 y fusiones que implican lncRNA BCAR4 ; casi las tres cuartas partes de las muestras tenían alteraciones en una o ambas vías de señalización de PI3K / MAPK y TGF-beta [22] |
Carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello | 279 | X | Características genómicas identificadas de los cánceres relacionados con el VPH y el tabaquismo: VPH positivo caracterizado por TRAF3 acortado o eliminado , VPH negativo caracterizado por coamplificación de 11q13 y 11q22, relacionado con el tabaquismo caracterizado por mutaciones TP53 , inactivación de CDKN2A y alteraciones en el número de copias [23] |
Carcinoma de tiroides | 496 | X | La mayoría impulsada por mutaciones RAS o BRAFV600E; los tumores provocados por estas mutaciones son distintos [24] |
Leucemia mieloide aguda | 200 | X | Carga de mutación baja, con solo 13 mutaciones codificantes en promedio por tumor; clasificaron los eventos impulsores en nueve categorías que incluyen fusiones de factores de transcripción, mutaciones modificadoras de histonas, mutaciones en espliceosomas y otras [25] |
Melanoma cutáneo | 331 | X | Se establecieron cuatro subtipos: mutante BRAF , mutante RAS , mutante NF1 y tipo salvaje triple basado en mutaciones conductoras; niveles más altos de infiltración de linfocitos inmunitarios se correlacionan con una mejor supervivencia del paciente [26] |
Adenocarcinoma de pulmón | 230 | X | Alta carga de mutaciones; El 76% de los tumores demostró la activación de las vías del receptor de tirosina quinasa [27]. |
Carcinoma de células escamosas de pulmón | 178 | X | Alto promedio de mutaciones y aberraciones en el número de copias; como el cistadenocarcinoma seroso de ovario, casi todos los carcinomas de células escamosas de pulmón contenían una mutación en TP53 ; muchos tumores contenían mutaciones inactivantes en HLA-A que pueden ayudar al cáncer a evitar la detección inmunitaria [28] |
Carcinoma de células renales de células claras | 446 | X | Los genes comúnmente mutados incluían VHL involucrado en la detección de oxígeno, SED2 involucrado en modificaciones epigenéticas que resultan en hipometilación global y genes de la vía PI3K / AKT / mTOR; El cambio metabólico similar al "efecto Warburg" se correlaciona con un mal pronóstico [29]. |
Carcinoma papilar de riñón | 161 | X | El 81% de los tumores tipo 1 presentaban una alteración de MET; Los perfiles genómicos de los tumores de tipo 2 fueron heterogéneos, con alteraciones en CDKN2A, SETD2, TFE3 o aumento de la expresión de la vía NRF2-ARE; la pérdida de expresión de CDKN2A y el fenotipo de metilación de la isla CpG se asociaron con un resultado desfavorable [30] |
Cáncer de vejiga urotelial invasivo | 131 | X | El tabaquismo está asociado con un mayor riesgo; los genes mutados con frecuencia incluyen TP53, que se inactivó en el 76% de los tumores y ERBB2 (HER2), genes en las vías del receptor tirosina quinasa (RTK) / RAS alteradas en el 44% de los tumores; [31] |
Adenocarcinoma de próstata | 333 | X | Altamente heterogéneo con un 26% de muestras impulsadas por alteraciones moleculares desconocidas; 7 subtipos definidos por fusiones o mutaciones del gen del factor de transcripción ETS en SPOP , FOXA1 o IDH1 ; lesiones procesables en las vías de reparación del ADN, PI3K y MAPK [32] |
Carcinoma de células renales cromófobo | 66 | X | Carga de mutaciones extremadamente baja; el carcinoma se origina en regiones más distales del riñón en comparación con el carcinoma de células claras, que es principalmente de regiones proximales; cambio metabólico distinto del cambio del "efecto Warburg" observado en el carcinoma de células claras; Los genes supresores de tumores TP53 y PTEN estaban mutados con frecuencia; El promotor del gen TERT se alteró con frecuencia [33] |
Carcinoma de la corteza suprarrenal | 91 | X | La sobreexpresión de IGF2 , mutaciones en TP53 , PRKAR1A y otros genes, y alteraciones en el número de copias fueron características comunes; la hipoploidía seguida de la duplicación del genoma completo puede ser un mecanismo impulsor del desarrollo tumoral [34] |
Paraganglioma y feocromocitoma | 173 | X | Cuatro subtipos distintos: Wnt alterado, mezcla cortical, pseudohipoxia y señalización de quinasa; El gen de fusión MAML3 y la mutación somática CSDE1 definen e impulsan el mal pronóstico, subtipo alterado por Wnt [35] |
Colangiocarcinoma | 38 | X | Baja expresión de los genes CDKN2, BAP1 y ARID1 y sobreexpresión de los genes FGFR2 e IDH1 / 2; cuatro subtipos, un subtipo caracterizado por alteraciones en IDH, silenciamiento de ARID1A y baja expresión de otros modificadores de cromatina, y alta expresión de genes mitocondriales; otro subtipo caracterizado por mutaciones BAP1 y fusiones del gen FGFR2; el cáncer puede existir en un espectro continuo con un subconjunto de carcinomas de hígado con mutaciones en IDH o FGFR [36] |
Carcinoma hepatocelular de hígado | 363 | X | Mutaciones del promotor TERT, identificadas en el 44% de los tumores, asociadas con un aumento del alargamiento de los telómeros y el silenciamiento de CDKN2A; TP53 comúnmente mutado o sub-expresado; CTNNBB1 mutado significativamente; muchos tumores con altos niveles de infiltración de linfocitos o genes de puntos de control inmunitarios sobreexpresados CTLA4, PD-1 y PD-L1 [37] |
Adenocarcinoma ductal pancreático | 150 | X | Se utilizó secuenciación profunda y dirigida para analizar mejor la celularidad neoplásica baja; Las mutaciones de KRAS están presentes en el 93% de los tumores; mutaciones en RREB1 u otros miembros de la vía de señalización RAS-MAPK [38] |
Carcinosarcoma uterino | 57 | X | Identificado un fuerte y variado grado de transición epitelio-mesenquimal; Mutaciones TP53 presentes en el 91% de las muestras; alteraciones en PI3K presentes en la mitad de las muestras [39] |
Melanoma uveal | 80 | X | Mutaciones complejas en BAP1; identificó distintas subdivisiones de los subtipos de disomía 3 (D3) y monosomía 3 (M3); en M3, las mutaciones EIF1AX y SRSF2 / SF3B1 mutuamente excluyentes tienen distintos perfiles de metilación y pronósticos [40] |
Timoma | 124 | X | |
Sarcoma | 206 | X | TP53, ATRX y RB1 entre los pocos genes que mutan de forma recurrente entre los tipos de sarcoma; las alteraciones en el número de copias ocurrieron con frecuencia en sarcomas de cariotipo complejo, que afectan el ciclo celular p53 y RB1 y otras vías; sarcomas de sarcoma sinovial expresaron fusiones en SSX1 o SSX2 y TERT; Para el liposarcoma desdiferenciado, la amplificación de JUN se asocia con una peor supervivencia; vía alterada de PI3K-AKT-mTOR en leiomiosarcoma; El sarcoma pleomórfico indiferenciado y el mixofibrosarcoma pueden estar impulsados por alteraciones en la vía Hippo [41]. |
Mesotelioma | 87 | X | |
Cáncer de células germinales de testículo | 150 | X |
Glioblastoma multiforme
En 2008, la TCGA publicó sus primeros resultados sobre Glioblastoma multiforme (GBM) en Nature . [42] Estos primeros resultados se publicaron en 91 pares emparejados de tumores normales. Si bien se recolectaron 587 muestras biológicas para el estudio, la mayoría fueron rechazadas durante el control de calidad: las muestras tumorales debían contener al menos un 80% de núcleos tumorales y no más del 50% de necrosis, y una evaluación patológica secundaria tenía que estar de acuerdo con que el diagnóstico original de GBM fue precisa. Se excluyó un último lote de muestras porque el ADN o ARN recolectado no era de suficiente calidad o cantidad para ser analizado por todas las diferentes plataformas utilizadas en este estudio.
Todos los datos del documento, así como los datos que se han recopilado desde la publicación, están disponibles públicamente en el Centro de Coordinación de Datos (DCC) para acceso público. [43] La mayoría de los datos de TCGA son de acceso completamente abierto, excepto los datos que potencialmente podrían identificar a pacientes específicos. Se puede acceder a estos datos de acceso clínicamente controlado a través de la aplicación al Comité de Acceso de Datos (DAC), que evalúa si el usuario final es un investigador de buena fe y está haciendo una pregunta científica legítima que amerita acceso a datos de nivel individual. [44] Este proceso es similar al de otros programas financiados por los NIH, incluido dbGAP .
Desde la publicación del primer artículo marcador, varios grupos de análisis dentro de la red TCGA han presentado un análisis más detallado de los datos del glioblastoma . Un grupo de análisis dirigido por Roel Verhaak, PhD, Katherine A. Hoadley , PhD, y D. Neil Hayes , MD, correlacionó con éxito los subtipos de expresión génica del glioma con anomalías genómicas. [45] El equipo de análisis de datos de metilación del ADN , dirigido por Houtan Noushmehr, PhD y Peter Laird, PhD, identificó un subconjunto distinto de muestras de glioma que presenta hipermetilación concertada en un gran número de loci, lo que indica la existencia de un metilador de isla de glioma- CpG fenotipo ( G-CIMP ). Los tumores G-CIMP pertenecen al subgrupo proneural y se asociaron estrechamente con mutaciones somáticas IDH1 . [46] [47]
Ovario seroso
Iniciando una nueva era en la secuenciación del genoma del cáncer, TCGA informó sobre la secuenciación del exoma de 316 muestras de tumores de cáncer de ovario seroso de alto grado en Nature en junio de 2011. [48]
Carcinoma colorrectal
TCGA informó sobre la secuenciación del exoma y el análisis de expresión génica de 276 muestras de tumores de cánceres de colon y recto, incluida la secuenciación del genoma completo de 97 muestras, en Nature en julio de 2012. [49] Recientemente, una base de datos conocida como Atlas de cáncer colorrectal ( http: / /colonatlas.org ) que integra datos genómicos y proteómicos pertenecientes a tejidos de cáncer colorrectal de TCGA y líneas celulares.
Estado a 2013: panorama mutacional de 12 subtipos comunes de cáncer
En 2013, TCGA publicó una descripción del "paisaje mutacional" definido como mutaciones recurrentes identificadas a partir de la secuenciación del exoma de 3281 tumores de 12 subtipos de cáncer de ocurrencia común. Los doce subtipos estudiados fueron adenocarcinoma de mama , adenocarcinoma de pulmón , carcinoma de células escamosas de pulmón , carcinoma endometrial , el glioblastoma multiforme , el carcinoma de células escamosas de la cabeza y cuello, cáncer de colon , cáncer rectal , cáncer de vejiga , riñón carcinoma de células claras , carcinoma de ovario y mieloide aguda leucemia . [50]
Ver también
- Proyecto del genoma del cáncer en el Wellcome Trust Sanger Institute
- Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer
- Lista de bases de datos biológicas
Referencias
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- ^ NIH lanza el proyecto del genoma del cáncer Washington Post 14 de diciembre de 2005
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enlaces externos
- Atlas del genoma del cáncer
- Oficina de Genómica del Cáncer del NCI
- Centro de Genómica del Cáncer en UC Santa Cruz
- Iniciativa de anotación genética del CGAP
- Wiki del NCI
- Atlas de cáncer colorrectal