Caenorhabditis es un género de nematodos que vive en ambientes ricos en bacterias como pilas de abono, animales muertos en descomposición y frutas en descomposición. El nombre proviene del griego: caeno- (καινός (caenos) = nuevo, reciente); rabditis = en forma de varilla (ῥάβδος (rabdos) = varilla, varita). En 1900, Maupas inicialmente nombró a la especie Rhabditis elegans , Osche la colocó en el subgénero Caenorhabditis en 1952, y en 1955, Dougherty elevó a Caenorhabditis a la categoría de género . [3]
Caenorhabditis | |
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Caenorhabditis elegans | |
clasificación cientifica | |
Reino: | Animalia |
Filo: | Nematoda |
Clase: | Cromadorea |
Pedido: | Rhabditida |
Familia: | Rhabditidae |
Género: | Caenorhabditis ( Osche , 1952 [1] ) Dougherty, 1955 [2] |
Sinónimos | |
Rabditis (Caenorhabditis) Osche, 1952 |
El género Caenorhabditis contiene el organismo modelo conocido Caenorhabditis elegans y varias otras especies para las que está disponible o se está determinando una secuencia del genoma . Las dos especies más estudiadas de este género ( C. elegans y C. briggsae ) son ambas androdioicas (tienen sexos masculino y hermafrodita ) mientras que la mayoría de las otras especies son gonocorísticas (tienen sexos masculino y femenino). [4]
C. elegans es la especie tipo del género. [5]
Ecología
Las caenorhabditis ocupan diversos entornos ricos en nutrientes y bacterias. No forman poblaciones autosostenibles en el suelo, ya que carece de suficiente materia orgánica. Los gusanos juveniles y también las larvas de dauer pueden ser transportados por invertebrados, incluidos milpiés , insectos , isópodos y gasterópodos . Algunas especies también parecen estar asociadas con vertebrados, incluido el ganado cebú , aunque la naturaleza de esta asociación no está clara. Las especies pueden clasificarse como ' foréticas ' o 'necroménicas' en función de sus relaciones con sus huéspedes invertebrados. Un gusano forético cabalga sobre el huésped hasta que encuentra un ambiente favorable y luego se va. Un gusano necroménico espera que el huésped muera y vive de las bacterias que prosperan en el animal muerto. Muchas especies son capaces de estilos de vida tanto foréticos como necroménicos. [6]
Especies
Cladograma de especies de Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Especies de Caenorhabditis: C. nigoni es la especie hermana de C. briggsae, mientras que C. elegans permanece sola, basal en el grupo 'Elegans'. |
Hay alrededor de 50 especies conocidas en este género, algunas de las cuales aún no han sido descritas y nombradas formalmente, [7] a pesar de que 15 de las especies fueron nombradas en un artículo de 2014. [8] Basado en la comparación de secuencias ITS2 , estas se pueden agrupar así: [8]
- Supergrupo 'Elegans'
- Caenorhabditis inopinata : antes de 2017 denominada C. sp. 34 . Se aisló una especie gonocorística (macho-hembra) de higos y avispas de higos. Su genoma está siendo secuenciado en la Universidad de Miyazaki [9].
- Caenorhabditis sp. 35
- Grupo 'Elegans'
- Caenorhabditis elegans : genoma secuenciado en 1998 por la Universidad de Washington en St. Louis y el Instituto Wellcome Trust Sanger para una cobertura 6x [10] Esta es actualmente la especie más estudiada del género y probablemente del filo. C. elegans son en su mayoríahermafroditas protandrosos XXque fertilizan usando su propio esperma o el esperma de machos XO ocasionales. [11]
- Caenorhabditis briggsae : la secuencia del genoma finalizó en 2003 en la Universidad de Washington en St. Louis . [12] C. briggsae es la segunda especie mejor estudiada del género. Si bien C. briggsae también son en su mayoría hermafroditas protandrosos XX, no son los parientes más cercanos de C. elegans , y la estrategia reproductiva hermafrodita de estas especies, así como C. tropicalis , es un ejemplo de evolución convergente . La distancia evolutiva entre C. briggsae y C. elegans es similar a la de humanos y ratones. C. nigoni es el pariente más cercano de C. briggsae , y las dos especies ocasionalmente pueden producir híbridos algo fértiles. [13]
- Caenorhabditis remanei : genoma secuenciado por WashU GSC. [14] Más estrechamente relacionado con C. briggsae que C. elegans , C. remanei es una especie gonocorística (obligada macho-hembra) delgrupo Elegans . En el pasado, existía cierta confusión sobre la ubicación de las cepas entre C. remanei , C. vulgaris (ahora visto como una subespecie de C. remanei ) y C. brenneri "". [15]
- Caenorhabditis brenneri - (antes de 2007 denominada C. sp 4 , C. sp CB5161 y C. sp PB2801 ) - genoma secuenciado por WashU GSC. [16] Esta especie gonocorística se encuentra en elgrupo Elegans , más cerca de C. briggsae que C. elegans . [17]
- Caenorhabditis nigoni : antes de 2014 denominada C. sp. 9 [8]
- Caenorhabditis doughertyi : antes de 2014 denominada C. sp. 10 [8]
- Caenorhabditis tropicalis : antes de 2014 denominada C. sp. 11 [8] Al igual que C. elegans y C. briggsae , las poblaciones de C. tropicalis están formadas por XX hermafroditas protándros y X0 machos. Estas tres especies no sonparientes más cercanos entre sí
- Caenorhabditis wallacei : antes de 2014 denominada C. sp. 16 [8]
- Caenorhabditis latens : antes de 2014, C. sp. 23 [8]
- Caenorhabditis sinica : antes de 2014, C. sp. 5
- Grupo 'Japonica'
- Caenorhabditis japonica - genoma secuenciado por WashU GSC. [18] Esta especie gonocorística se encuentra en elgrupo Japonica , el clado hermano delgrupo Elegans . En la naturaleza, esta especie se encuentra asociada de forma no parasitaria con las chinches excavadoras Parastrachia japonensis y puede entrar en la etapa dauer independientemente de la comida y las condiciones de hacinamiento. [19] [20]
- Caenorhabditis afra - (también conocida como C. sp. 7 , C. sp. JU1199 y C. sp. JU1286 ). Este gonochoristic (macho-hembra) especies se aisló por Matthias Herrmann en Begoro, Ghana, África en 2007. [21] [8] Su genoma se secuenció en Wash U . [22]
- Caenorhabditis imperialis : antes de 2014 denominada C. sp. 14 [8]
- Caenorhabditis kamaaina : antes de 2014 denominada C. sp. 15 [8]
- Caenorhabditis nouraguensis : antes de 2014 denominada C. sp. 17 [8]
- Caenorhabditis macrosperma : antes de 2014 denominada C. sp. 18 [8]
- Caenorhabditis yunquensis : antes de 2014 denominada C. sp. 19 [8]
- Supergrupo 'Drosophilae': grupo de especies que generalmente se encuentran en frutos podridos y son transportadas por moscas Drosophila
- Caenorhabditis angaria - (antes de 2011 denominada C. sp. 2 , C. sp. 3 y C. sp. PS1010 ) [23] - genoma secuenciado en el Instituto de Tecnología de California en 2010. [24] Esta especie gonocorística , que se encuentra en elgrupo Angaria delsupergrupo Drosophilae , tiene una morfología y un comportamiento distintos en comparación con C. elegans . En particular, losmachos de C. angaria exhiben un comportamiento de apareamiento en espiral. Su divergencia de C. elegans es similar a la distancia entre humanos y peces. C. castelli es su pariente más cercano y las dos especies pueden producir híbridos F1. [25]
- Caenorhabditis castelli : antes de 2014 denominada C. sp. 12 [8]
- Caenorhabditis drosophilae
- Caenorhabditis guadeloupensis : antes de 2014 denominada C. sp. 20 [8]
- Caenorhabditis portoensis : antes de 2014 denominada C. sp. 6 [8]
- Caenorhabditis virilis : antes de 2014 denominada C. sp. 13 [8]
- Caenorhabditis sp. 8
- basal
- Caenorhabditis monodelphis : antes de 2017 denominada Caenorhabditis sp. 1
- Caenorhabditis plicata : el genoma está siendo secuenciado por la Universidad de Edimburgo .
Otros estudios filogenéticos
El grupo de especies Caenorhabditis con el grupo 'Protorhabditis', que contiene especies de los géneros Protorhabditis , Diploscapter y Prodontorhabditis , por un lado, y con las especies Oscheius , por otro lado, para formar el grupo 'Eurhabditis' de géneros Rhabditidae . [26]
Los miembros de Caenorhabditis comparten exclusivamente 39 indeles de firma conservados que se encuentran en las regiones conservadas de varias proteínas, como la proteína Rab44 y una proteína poli ADP-ribosa glicohidrolasa (PARG-1), y se localizan específicamente en asas expuestas a la superficie. [27] Estos marcadores moleculares ayudan a distinguir este género de todas las demás especies, y su presencia en bucles expuestos a la superficie sugiere implicaciones en las interacciones proteína-proteína o proteína-ligando. [27]
Referencias
- ^ Osche, G., 1952.— "Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda)". Zool. Jb. (Abt. 1), 81, 190–280.
- ^ Los géneros y especies de la subfamilia Rhabditinae Micoletzky, 1922 (Nematoda): un análisis nomenclatorial, incluido un apéndice sobre la composición de la familia Rhabditidae Örley, 1880. Ellsworth C. Dougherty, Journal of Helminthology, volumen 29, número 3, septiembre 1955, páginas 105-152, doi : 10.1017 / S0022149X00024317
- ^ Ferris, H (30 de noviembre de 2013). " Caenorhabditis elegans " . Universidad de California, Davis . Archivado desde el original el 9 de diciembre de 2013 . Consultado el 19 de noviembre de 2013 .
- ^ Haag, Eric S. "La evolución de la determinación del sexo de los nematodos: C. elegans como punto de referencia para la biología comparada" . WormBook .
- ^ Caenorhabditis en nematode.unl.edu
- ^ Kiontke, K; Sudhaus, W (enero de 2006). "Ecología de especies de Caenorhabditis" . Libro de gusanos : 1–14. doi : 10.1895 / wormbook.1.37.1 . PMC 4780885 . PMID 18050464 .
- ^ Kiontki, Karin; et al. (21 de noviembre de 2011). "Una filogenia y códigos de barras moleculares para Caenorhabditis, con numerosas especies nuevas de frutos podridos" . Biología Evolutiva BMC . 11 : 339. doi : 10.1186 / 1471-2148-11-339 . PMC 3277298 . PMID 22103856 .
- ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (11 de abril de 2014). "Un sistema simplificado para el diagnóstico de especies en Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) con designaciones de nombres para 15 especies biológicas distintas" . PLOS ONE . 9 (4): e94723. doi : 10.1371 / journal.pone.0094723 . PMC 3984244 . PMID 24727800 .
- ^ "NCBI" . Consultado el 23 de junio de 2017 .
- ^ El Consorcio de secuenciación de C. elegans (1998). "Secuencia del genoma del nematodo C. elegans : una plataforma para investigar la biología" . Ciencia . 282 (5396): 2012-2018. doi : 10.1126 / science.282.5396.2012 . PMID 9851916 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ Stein, LD; et al. (2003). "La secuencia del genoma de Caenorhabditis briggsae : una plataforma para la genómica comparada" . PLoS Biology . 1 (2): 166-192. doi : 10.1371 / journal.pbio.0000045 . PMC 261899 . PMID 14624247 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ "GSC: Caenorhabditis remanei" . Archivado desde el original el 13 de marzo de 2007 . Consultado el 28 de abril de 2007 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ "GSC: Caenorhabditis n. Sp. PB2801" . Archivado desde el original el 18 de agosto de 2007 . Consultado el 28 de abril de 2007 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ "GSC: Caenorhabditis japonica" . Archivado desde el original el 28 de febrero de 2008 . Consultado el 28 de abril de 2007 .
- ^ "WormBase" . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ "Instituto del Genoma" . Archivado desde el original el 9 de octubre de 2015 . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 7 de septiembre de 2015 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 7 de septiembre de 2015 .
- ^ Sudhaus, Walter; Kiontke, Karin; Giblin-Davis, Robin M. (2011). "Descripción de Caenorhabditis angaria n. Sp. (Nematoda: Rhabditidae), un asociado de la caña de azúcar y picudos de la palma (Coleoptera: Curculionidae)". Nematología . 13 (1): 61–78. doi : 10.1163 / 138855410X500334 .
- ^ Mortazavi, A .; Schwarz, EM; Williams, B .; Schaeffer, L .; Antoshechkin, I .; Wold, BJ; Sternberg, PW (2010). "Andamiaje de un genoma de nematodo Caenorhabditis con RNA-seq" . Investigación del genoma . 20 (12): 1740-1747. doi : 10.1101 / gr.111021.110 . PMC 2990000 . PMID 20980554 .
- ^ "Wormbase" . Consultado el 4 de septiembre de 2015 .
- ^ Las relaciones filogenéticas de Caenorhabditis y otros rhabditids. Karin Kiontke y David HA Fitch, Wormbook, 2005, doi : 10.1895 / wormbook.1.11.1
- ^ a b Khadka, Bijendra; Chatterjee, Tonuka; Gupta, Bhagwati P .; Gupta, Radhey S. (24 de septiembre de 2019). "Los análisis genómicos identifican nuevas firmas moleculares específicas para la Caenorhabditis y otros taxones nematodos que proporcionan nuevos medios para estudios genéticos y bioquímicos" . Genes . 10 (10): 739. doi : 10.3390 / genes10100739 . ISSN 2073-4425 . PMC 6826867 .