Caenorhabditis briggsae es un pequeño nematodo, estrechamente relacionado con Caenorhabditis elegans . Las diferencias entre las dos especies son sutiles. La cola masculina en C. briggsae tiene una morfología ligeramente diferente a la de C. elegans . Otras diferencias incluyen cambios en la competencia de los precursores vulvares y la ubicación de la abertura del conducto excretor. [1] C. briggsae se utiliza con frecuencia para estudiar las diferencias entre ella y la C. elegans más íntimamente comprendida, especialmente a nivel de secuencia de ADN y proteínas. También se han aisladovarias cepas mutantes de C. briggsae que facilitan el análisis genético de este organismo. [2] C. briggsae, como C. elegans , es hermafrodita . [3] La secuencia del genoma de C. briggsae se determinó en 2003. [4]
Caenorhabditis briggsae | |
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clasificación cientifica | |
Reino: | Animalia |
Filo: | Nematoda |
Clase: | Cromadorea |
Pedido: | Rhabditida |
Familia: | Rhabditidae |
Género: | Caenorhabditis |
Especies: | C. briggsae |
Nombre binomial | |
Caenorhabditis briggsae (Dougherty y Nigon, 1949) | |
Sinónimos | |
Historia
C. briggsae fue descubierto inicialmente por Margaret Briggs en 1944. Los primeros individuos fueron aislados de un montón de hojas encontradas en el campus de Palo Alto de la Universidad de Stanford. Briggs, que estaba estudiando para su EM, identificó a los nematodos como una especie desconocida del género Rhabditis . [5] Fueron descritos formalmente en 1949 por Dougherty y Nigon y los llamaron Rhabditis briggsae . Tanto C. briggsae como C. elegans (entonces conocido como Rhabditis elegans ) se colocaron en un nuevo subgénero Caenorhabditis en 1952. El subgénero se elevó más tarde a género en 1955. El trabajo inicial de Briggs con el organismo examinó su ciclo de vida en varios tipos de medios en presencia y ausencia de bacterias. Posteriormente utilizó el organismo en estudios sobre los efectos de los antibióticos. Este trabajo fue importante en el desarrollo de métodos de cultivo axénicos . [6]
Habitat
C. briggsae a menudo se puede encontrar en compost, jardineras, hongos húmedos o frutas podridas ricas en microorganismos y diversos nutrientes. A menudo se considera que el hábitat principal del organismo son las regiones templadas del globo, que a menudo acompañan a sus parientes C. elegans y C. remanei . [7]
Descripción general del genoma
El genoma de C. briggsae tiene un tamaño aproximado de 100 Mb y se prevé que codifique unos 20.000 genes. [8] Todo el proyecto de secuenciación del genoma [9] reveló que los genomas de C. briggsae y C. elegans tienen mucho en común. Por ejemplo, ambos gusanos tienen el mismo número de cromosomas (seis), un tamaño de genoma similar y un número similar de genes codificantes de proteínas y no codificantes de proteínas. Un análisis adicional demostró que aproximadamente el 62% de los genes que codifican proteínas en C. briggsae tienen ortólogos en C. elegans . Sin embargo, existen muchas características interesantes específicas de especies, incluidos los genes, que sirven como base para el análisis comparativo. [10]
Genómica comparada
Esta especie se agrupa con C. nigoni en el supergrupo 'Elegans' en estudios filogenéticos.
- con C. elegans
C. briggsae es un nematodo del suelo que se estima que se separó de C. elegans hace unos 80-100 millones de años y, sin embargo, morfológicamente es casi indistinguible de él. Las áreas de proteínas que codifican secuencias se conservan principalmente entre las dos especies, mientras que la mayoría de las secuencias intergénicas e intrónicas son divergentes. Las áreas de similitud entre las secuencias de los dos organismos pueden sugerir exones codificantes o señalar regiones reguladoras y genes de ARN perdidos en el análisis estándar. [11]
Referencias
- ^ Gupta, BP; Sternberg, PW (2003). "El proyecto de secuencia del genoma del nematodo Caenorhabditis briggsae , un compañero de C. elegans " . Biología del genoma . 4 (12): 238. doi : 10.1186 / gb-2003-4-12-238 . PMC 329410 . PMID 14659008 .
- ^ Recursos de investigación del nematodo C. briggsae
- ^ Haag, Eric S. "La evolución de la determinación del sexo de los nematodos: C. elegans como punto de referencia para la biología comparada" . WormBook .
- ^ Stein, LD; Blasiar, Darin; et al. (2003). "La secuencia del genoma de Caenorhabditis briggsae : una plataforma para la genómica comparada" . PLoS Biology . 1 (2): 166-192. doi : 10.1371 / journal.pbio.0000045 . PMC 261899 . PMID 14624247 .
- ^ Ellsworth C Dougherty Archivado el 26 de mayo de 2008 en la Wayback Machine.
- ^ Ferris, Howard; Hieb, WF (2015). "Ellsworth C. Dougherty: un pionero en la selección de Caenorhabditis elegans como organismo modelo" . Genética . 200 (4): 991–1002. doi : 10.1534 / genetics.115.178913 . PMC 4574257 . PMID 26272995 .
- ^ Watson LD; et al. (2007). " Caenorhabditis briggsae " . Universidad de Washington en St. Louis. Archivado desde el original el 1 de junio de 2010 . Consultado el 9 de marzo de 2010 .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 20 de abril de 2017 . Consultado el 1 de junio de 2017 .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace )
- ^ Stein y col., 2003
- ^ Genómica y biología del nematodo Caenorhabditis briggsae
- ^ Proyecto C. briggsae
enlaces externos
- Vea el ensamblaje del genoma cb3 en UCSC Genome Browser .