Probabilidad de cáncer en plasma (CLiP) se refiere a un conjunto de métodos de aprendizaje conjunto para integrar varias características genómicas útiles para la detección no invasiva de cánceres tempranos a partir del plasma sanguíneo . [1] Chabon et al (2020) [2] de los laboratorios de Ash Alizadeh y Max Diehn en Stanford describieron originalmente una aplicación de esta técnica para la detección temprana del cáncer de pulmón (Lung-CLiP) . [3] [4]
Este método se basa en varias mejoras en el perfilado personalizado del cáncer mediante secuenciación profunda ( CAPP-Seq ) [5] para el análisis del ADN tumoral circulante (ctDNA). La técnica CLiP integra múltiples características genómicas distintivas de un cáncer de hallazgos de interés dentro de un marco de aprendizaje automático para la detección del cáncer. Por ejemplo, los estudios han demostrado que la mayoría de las mutaciones somáticas encontradas en el ADN libre de células (cfDNA) no se derivan de tumores, sino que reflejan hematopoyesis clonal (también conocida como CHIP). [2] [6] Aunque CHIP tiende a apuntar a genes específicos, también involucra muchas mutaciones generalmente no recurrentes que pueden ser eliminadas de los leucocitos .y detectado en cfDNA, independientemente de si se perfilan pacientes con cáncer y adultos sanos. [2] Sin embargo, las mutaciones de ctDNA derivadas de tumores genuinos se pueden distinguir de las mutaciones derivadas de CHIP. Esto se debe a que, a diferencia de las mutaciones derivadas de tumores, las mutaciones derivadas de CHIP que se eliminan de los leucocitos al plasma tienden a ocurrir en fragmentos de cfDNA más largos y carecen de firmas mutacionales específicas , como las asociadas con el tabaquismo en el cáncer de pulmón que también se encuentran en el tumor. moléculas de ctDNA derivadas. CLiP integra estas características dentro de modelos de aprendizaje automático de conjuntos jerárquicos que consideran mutaciones somáticas y alternancias de números de copias , entre otras características.[2] Si bien el método CLiP es único al depender exclusivamente de mutaciones y alteraciones del número de copias, está relacionado con una variedad de otros métodos de biopsia líquida que se están desarrollando comercialmente para la detección temprana del cáncer usando ctDNA y proteínas (p. ej., CancerSEEK / DETECT-A [ 7] ), patrones de fragmentación de cfDNA (p. ej., DELFI), [8] [9] y metilación del ADN (p. ej., cfMeDIP-Seq, [10] Grail [11] ).
Si bien el método CLiP aún no se ha aplicado de manera generalizada para la detección del cáncer en la población, se ha demostrado que distingue los cánceres de pulmón en etapa temprana discriminados de los controles de riesgo coincidente en múltiples cohortes de pacientes inscritos en los EE. UU. [12]