Radiación phyla candidata
La radiación phyla candidata (también conocida como grupo CPR ) es una gran radiación evolutiva de linajes bacterianos cuyos miembros son en su mayoría no cultivados y solo se conocen a partir de la metagenómica y la secuenciación unicelular . Se han descrito como nanobacterias o bacterias ultrapequeñas debido a su tamaño reducido (nanométrico) en comparación con otras bacterias. Originalmente, se sugirió que la CPR representa más del 15% de toda la diversidad bacteriana y puede consistir en más de 70 filos diferentes. [1] Sin embargo, una taxonomía bacteriana estandarizada propuesta recientemente basada en la divergencia evolutiva relativa encontró que la CPR representa un solo filo. [2]Los linajes CPR se caracterizan generalmente por tener genomas pequeños y carecer de varias rutas biosintéticas y proteínas ribosómicas . Esto ha llevado a la especulación de que probablemente sean simbiontes obligados . [3] [4]
Un trabajo anterior propuso un superfilo llamado Patescibacteria que abarcaba varios phyla posteriormente atribuidos al grupo CPR. [5] Por lo tanto, Patescibacteria y CPR se utilizan a menudo como sinónimos. [6]
Aunque hay algunas excepciones, los miembros de la radiación phyla candidata generalmente carecen de varias rutas biosintéticas para varios aminoácidos y nucleótidos. Hasta la fecha, no ha habido evidencia genómica que indique que sean capaces de producir los lípidos esenciales para la formación de la envoltura celular. [4] Además, tienden a carecer de ciclos completos de TCA y complejos de cadena de transporte de electrones, incluida la ATP sintasa. Esta falta de varias vías importantes que se encuentran en la mayoría de los procariotas de vida libre indica que la radiación phyla candidata está compuesta por simbiontes fermentativos obligados. [7]
Además, los miembros de CPR tienen características ribosómicas únicas. Si bien los miembros de CPR generalmente no se pueden cultivar y, por lo tanto, se pierden en los métodos dependientes del cultivo, a menudo también se pierden en los estudios independientes del cultivo que se basan en secuencias de rRNA 16S . Sus genes de ARNr parecen codificar proteínas y tienen intrones auto-empalmados , características que rara vez se ven en las bacterias, aunque se han informado anteriormente. [8] Debido a estos intrones, los miembros de CPR no se detectan en métodos dependientes de 16S. Además, a todos los miembros de CPR les falta la proteína ribosomal L30 , un rasgo que se ve a menudo en los simbiontes. [7]
La radiación phyla candidata es el primer clado que se separa de las bacterias según algunos análisis filogenéticos basados en proteínas ribosomales, ARNr 16S y presencia de familias de proteínas. Estos análisis filogenéticos han encontrado la siguiente filogenia entre phyla y superphyla. Los superphyla se muestran en negrita. [4] [3]
Alternativamente, se ha propuesto que el grupo CPR podría pertenecer a Terrabacteria estando más estrechamente relacionado con Chloroflexi . Una ubicación alternativa para la RCP en el árbol filogenético es la siguiente. [9]
