Un gen unido (CG) se define como un gen que da lugar a transcripciones combinando al menos parte de un exón de cada uno de dos o más genes conocidos (parentales) distintos que se encuentran en el mismo cromosoma, están en la misma orientación, ya menudo (95%) se traducen de forma independiente en diferentes proteínas. En algunos casos, las transcripciones formadas por CG se traducen para formar proteínas quiméricas o completamente nuevas.
Se utilizan varios nombres alternativos para abordar los genes combinados, incluido el gen combinado y el gen complejo, [1] gen de fusión , proteína de fusión , transcripción de lectura completa, genes co-transcritos, genes puenteados, genes de extensión, genes híbridos, transcripciones de extensión de locus, etc.
En la actualidad, diferentes grupos de investigación de todo el mundo han identificado 800 CG en todo el genoma humano, incluidos Prakash et al., [2] Akiva et al., [3] Parra et al., [4] Kim et al., [5] y en el 1% del genoma humano en el proyecto piloto ENCODE. [6] El 36% de todos estos GC se pudieron validar experimentalmente mediante RT-PCR y técnicas de secuenciación. Sin embargo, solo un número muy limitado de estos CG se encuentra en los recursos públicos del genoma humano, como la base de datos Entrez Gene , el UCSC Genome Browser y la base de datos Vertebrate Genome Annotation (Vega) . Se encuentra que más del 70% de los genes unidos humanos se conservan en otros genomas de vertebrados con vertebrados de orden superior que muestran más conservación, incluido el antepasado humano más cercano, el chimpancé. La formación de CG no solo se limita al genoma humano, sino que también se han identificado algunos CG en otros genomas eucariotas, incluidos el ratón y la drosophila. Hay algunos recursos web que incluyen información sobre algunos CG además de otros genes de fusión, por ejemplo, ChimerDB y HYBRIDdb . Otra base de datos, ConjoinG , es un recurso integral dedicado solo a los 800 genes unidos identificados en todo el genoma humano.
Ver también
Referencias
- ^ Roginski, et al. (2004). "El gen humano GRINL1A define una unidad de transcripción compleja, una forma inusual de organización de genes en eucariotas". Genómica . 84 (2): 265-276. doi : 10.1016 / j.ygeno.2004.04.004 . PMID 15233991 .
- ^ Prakash T, Sharma VK, Adati N, Ozawa R, Kumar N, et al. (Octubre de 2010). Michalak P (ed.). "Expresión de genes unidos: otro mecanismo de regulación genética en eucariotas" . PLoS ONE . 5 (10): e13284. doi : 10.1371 / journal.pone.0013284 . PMC 2953495 . PMID 20967262 .
- ^ Akiva P, Toporik A, Edelheit S, et al. (Enero de 2006). "Fusión de genes mediada por transcripción en el genoma humano" . Investigación del genoma . 16 (1): 30–6. doi : 10.1101 / gr.4137606 . PMC 1356126 . PMID 16344562 .
- ^ Parra G, Reymond A, Dabbouseh N y col. (Enero de 2006). "Quimerismo en tándem como un medio para aumentar la complejidad de las proteínas en el genoma humano" . Investigación del genoma . 16 (1): 37–44. doi : 10.1101 / gr.4145906 . PMC 1356127 . PMID 16344564 .
- ^ Kim P, Yoon S, Kim N, y col. (Noviembre de 2009). "ChimerDB 2.0 - actualización de una base de conocimientos para genes de fusión" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D81 – D85. doi : 10.1093 / nar / gkp982 . PMC 2808913 . PMID 19906715 .
- ^ Denoeud F, Kapranov P, Ucla C, et al. (Junio de 2007). "Uso destacado de sitios de inicio de transcripción 5 'distales y descubrimiento de un gran número de exones adicionales en regiones ENCODE" . Investigación del genoma . 17 (6): 746–59. doi : 10.1101 / gr.5660607 . PMC 1891335 . PMID 17567994 .