En enzimología , una dTDP-glucosa 4,6-deshidratasa ( EC 4.2.1.46 ) es una enzima que cataliza la reacción química
dTDP-glucosa 4,6-deshidratasa | ||||||||
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Identificadores | ||||||||
CE no. | 4.2.1.46 | |||||||
No CAS. | 37259-54-4 | |||||||
Bases de datos | ||||||||
IntEnz | Vista IntEnz | |||||||
BRENDA | Entrada BRENDA | |||||||
FÁCIL | NiceZyme vista | |||||||
KEGG | Entrada KEGG | |||||||
MetaCyc | camino metabólico | |||||||
PRIAM | perfil | |||||||
Estructuras PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | |||||||
Ontología de genes | AmiGO / QuickGO | |||||||
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- dTDP-glucosadTDP-4-dehidro-6-desoxi-D-glucosa + H 2 O
Por lo tanto, esta enzima tiene un sustrato , dTDP-glucosa , y dos productos , dTDP-4-dehidro-6-desoxi-D-glucosa y H 2 O .
Estructura y mecanismo de acción.
Las primeras estructuras proteicas de una dTDP-glucosa 4,6-deshidratasa (RmlB) fueron completadas por Jim Thoden en el laboratorio Hazel Holden ( Universidad de Wisconsin-Madison ) y Simon Allard en el laboratorio Jim Naismith ( Universidad de St Andrews ). [1] [2] Más estudios estructurales , mutagénicos y enzimáticos de ambos grupos, junto con un importante trabajo mecanicista de los grupos de W. Wallace Cleland y Perry Frey , han llevado a una buena comprensión de esta enzima. [3] [4] En resumen, la enzima es una proteína dimérica con un pliegue de Rossmann ; utiliza la coenzima NAD + fuertemente unida para oxidar transitoriamente el sustrato, activándolo para la etapa de deshidratación . [5] [6]
Nomenclatura
Esta enzima pertenece a la familia de las liasas , específicamente las hidroliasas, que escinden los enlaces carbono-oxígeno. El nombre sistemático de esta clase de enzimas es dTDP-glucosa 4,6-hidro-liasa (formadora de dTDP-4-deshidro-6-desoxi-D-glucosa) . Otros nombres de uso común incluyen timidina difosfoglucosa oxidorreductasa , TDP-glucosa oxidorreductasa , RmlB , DESIV y dTDP-glucosa 4,6-hidro-liasa . Esta enzima participa en 4 vías metabólicas : metabolismo de los azúcares nucleotídicos , biosíntesis de estreptomicina , biosíntesis de unidades de azúcar policétido y biosíntesis de antibióticos del grupo de la vancomicina .
Referencias
- ^ Allard, STM; Cleland WW ; Holden, HM. (2004). "Estructura de rayos X de alta resolución de dTDP-glucosa 4,6-deshidratasa de Streptomyces venezuelae" . Revista de Química Biológica . 279 (3): 2211–20. doi : 10.1074 / jbc.M310134200 . PMID 14570895 .
- ^ Allard, STM; Giraud, MF; Naismith, JH; et al. (2001). "La estructura cristalina de dTDP-d-glucosa 4,6-deshidratasa (RmlB) de Salmonella enterica serovar typhimurium, la segunda enzima en la vía dTDP-1-ramnosa". Revista de Biología Molecular . 307 (1): 283–295. doi : 10.1006 / jmbi.2000.4470 . PMID 11243820 .
- ^ Hegeman AD, Gross JW, Frey PA (febrero de 2002). "Mecanismos de deshidratación concertados y escalonados observados en Escherichia coli de tipo salvaje y mutado dTDP-glucosa 4,6-deshidratasa". Bioquímica . 41 (8): 2797–804. CiteSeerX 10.1.1.557.8752 . doi : 10.1021 / bi011748c . PMID 11851427 .
- ^ Gerratana B, Cleland WW, Frey PA (agosto de 2001). "Papeles mecanicistas de Thr134, Tyr160 y Lys 164 en la reacción catalizada por dTDP-glucosa 4,6-deshidratasa". Bioquímica . 40 (31): 9187–95. doi : 10.1021 / bi0108249 . PMID 11478886 .
- ^ Allard, STM; Beis K; Giraud MF; Hegeman AD; JW bruto; Wilmouth RC; Whitfield C; Graninger M; Messner P; Allen AG; Maskell DJ ; Naismith JH (enero de 2002). "Hacia una comprensión estructural del mecanismo de la deshidratasa". Estructura . 10 (1): 81–92. doi : 10.1016 / S0969-2126 (01) 00694-3 . PMID 11796113 .
- ^ Beis K, Allard; STM, Hegeman AD; Murshudov G; Philp D; Naismith JH (octubre de 2003). "La estructura de NADH en la enzima dTDP-d-glucosa deshidratasa (RmlB)". Mermelada. Chem. Soc . 125 (39): 11872–8. doi : 10.1021 / ja035796r . PMID 14505409 .
Otras lecturas
- Gilbert JM, Matshushi M, Strominger JL (1965). "Timidina difosfato 4-acetamido-4,6-didesoxihexosas. II Purificación y propiedades de la timidina difosfato d-glucosa oxidorreductasa". J. Biol. Chem . 240 : 1305–8. PMID 14284740 .
- Melo A, Elliott WH, Glaser L (1968). "El mecanismo de síntesis de 6-desoxihexosa. I. Transferencia de hidrógeno intramolecular catalizada por desoxitimidina difosfato D-glucosa oxidorreductasa". J. Biol. Chem . 243 (7): 1467–74. PMID 4869560 .
- Wang SF, Gabriel O (1969). "Mecanismos biológicos implicados en la formación de desoxi azúcares. V Aislamiento y cristalización de timidina difosfato-D-glucosa oxidorreductasa de Escherichia coli B". J. Biol. Chem . 244 (13): 3430–7. PMID 4307450 .