David Tudor Jones (nacido en 1966) [1] es un profesor de Bioinformática , y Jefe del Grupo de Bioinformática en el University College de Londres . [3] Él es también el director de Centro de Bioinformática Bloomsbury, que es un centro mixto de investigación entre la UCL y Birkbeck, Universidad de Londres , y que también ofrece la bioinformática formación y servicios de apoyo a los investigadores biomédicos. En 2013, él es un miembro del consejo de redacción de la revista PLoS ONE , BioData mineras , Avanzado Bioinformática , Biología Química y diseño de fármacos , y Proteínas: Estructura, función y Bioinformática .[ cita requerida ]
David Jones | |
---|---|
Nació | David Tudor Jones De noviembre de 1966 (54 años) [1] |
Nacionalidad | británico |
alma mater | |
Conocido por | La proteína veces el reconocimiento de proteínas Estructura Predicción |
Premios | Universidad Real Sociedad beca de investigación (1995-1999) |
Carrera científica | |
Campos | |
Instituciones | University College London Birkbeck, Universidad de Londres |
Tesis | Los enfoques estructurales a análisis de secuencia de proteína (1993) |
Asesor de doctorado |
|
Sitio web | http://www.cs.ucl.ac.uk/staff/d.jones/ |
Educación
Jones fue educado en el Imperial College de Londres , donde se le concedió una Licenciatura en Ciencias Licenciatura en Física . [ cuando? ] [ Cita requerida ] Se trasladó a el Kings College de Londres para completar una Maestría en Ciencias grado en Bioquímica [ ¿cuándo? ] Seguido por el University College de Londres , donde se le concedió un doctorado en 1993 [4] para la investigación supervisada por William R. Taylor y Janet Thornton . [ cita requerida ]
Investigación y carrera
Principales intereses de investigación de Jones [2] están en la predicción de estructura de proteína y análisis de plegamiento de la proteína , proteína transmembrana de análisis, el aprendizaje de la máquina aplicaciones en bioinformática , y el análisis del genoma incluyendo la aplicación de agentes de software inteligentes. [5] Ha sido consultor de unas pocas empresas diferentes, incluyendo GlaxoSmithKline , pero su experiencia principal industria era como un co-fundador de Inpharmatica Limited, [1] que fue fundada en 1998 como una spin-off corporativa del University College de Londres. La compañía utilizó una combinación de la bioinformática y Quimioinformática a vistazo a las relaciones entre la estructura y función de las proteínas, y la unión de grupos químicos a estas proteínas que conducen al descubrimiento de nuevos fármacos. [ cita requerida ]
ENHEBRADOR
ENHEBRADOR proporciona un método [6] es conocida popularmente como el reconocimiento de proteínas veces ( threading ), un método de modelado de proteínas, que se utiliza para modelar aquellas proteínas que tienen el mismo pliegue en forma de proteínas de estructuras conocidas. La entrada es una secuencia de amino ácido con la estructura de proteína desconocida, la salida a continuación, ENHEBRADOR una estructura de proteína más probable para esta secuencia. El grado de compatibilidad entre la secuencia y la estructura propuesta se evalúa por medio de conjunto de potenciales empíricos derivados de proteínas de estructuras conocidas.
Este trabajo consiguió precedida por David Baker y sus colegas, que han tomado la idea ENHEBRADOR más en forma del método de Rosetta , que tiene un gran impacto en el campo.
MEMSAT
MEMSAT [7] es un enfoque para predecir las posiciones de segmentos de hélice transmembrana basado en el reconocimiento de los modelos topológicos de proteínas. El método utiliza un conjunto de tablas estadísticas derivadas de los datos de proteínas de membrana bien caracterizados, y tenemos un algoritmo de programación dinámica para reconocer los modelos de topología de la membrana mediante la maximización de la expectativa. Desde MEMSAT fue construido originalmente en 1994, que luego provocó una gran cantidad de mejoras en la predicción de la estructura secundaria. La versión más reciente es MEMSAT3, [8] lanzado en 2007. Se utiliza una red neural para determinar las ubicaciones de los residuos están en el lado citoplásmico de la membrana o en las hélices transmembrana.
Base de datos CATH
Jones participó en la primera etapa de desarrollo de la base de datos de CATH , con Christine Orengo y Janet Thornton [9] , que es una clasificación jerárquica de dominios de estructuras de proteínas en el Protein Data Bank , donde los 4 niveles importantes en la jerarquía son: Clase, Arquitectura , la topología y homóloga superfamilia. La base de datos CATH emplea una combinación de técnicas automáticas y manuales. [10] [11]
GenTHREADER
GenTHREADER [12] es una herramienta más rápido y potente para el reconocimiento de pliegue de proteínas, que se puede aplicar a cualquiera de las secuencias de proteínas enteras / individual. El método utiliza un algoritmo de alineación de secuencia tradicional para generar alineaciones, y luego la alineación será evaluado por técnicas de roscado. Como último paso, cada modelo será evaluado por una red neuronal para producir una medición de un nivel de confianza en la predicción propuesto. La aparición de GenTHREADER ha permitido una serie de obras de mejora. [13] Hasta el momento, [ ¿cuándo? ] Hay varios métodos mejorados disponibles ahora: mGenTHREADER, pDomTHREADER, y pGenTHREADER. [14] [15]
PSIPRED
Este es un servidor que agrega varios métodos de predicción de estructura. Incluye el método recién implementado también conocido como PSIPRED (predecir la estructura secundaria de la proteína), una técnica para la predicción de estructura secundaria de proteínas, y las otras técnicas Predecir transmembrana topología (MEMSAT3), y doblar Reconocimiento (GenTHREADER). Los usuarios envían una secuencia de proteínas, realizar cualquier predicción de interés, y recibir los resultados por correo electrónico. [dieciséis]
Servicio académico
Desde 1996, Jones ha estado involucrado en muchos comités de investigación, incluyendo: Biotecnología y Ciencias Biológicas de Investigación (BBSRC) , Ingeniería y Ciencias Físicas de Investigación (EPSRC) , Consejo de Investigación Médica (MRC) , y Consejos de Investigación del Reino Unido . [ Cita requerida ] Su investigación ha sido financiada por el BBSRC, The Wellcome Trust , Elsevier , el EPSRC, el MRC, la Royal Society , la Comisión Europea , AstraZeneca , GlaxoSmithKline y Sun Microsystems . [3]
Premios y honores
Jones llevó a cabo una prestigiosa Royal Society Universidad beca de investigación de 1995 a 1999. [3]
Referencias
- ^ Un b c n (2012). "David Jones Inpharmatica" . companieshouse.gov.uk . Casa de Empresas . Archivado desde el original el 7 de marzo de 2017.
- ^ Un b David Tudor Jones publicaciones indexadas por Google Académico
- ^ a b c Jones, David (2015). "El profesor David Jones UCL Ciencias de la Computación" . ucl.ac.uk . University College de Londres. Archivado desde el original el 7 de mayo de 2016.
- ^ Jones, David Tudor (1993). Estructural acerca a análisis de secuencia de la proteína . london.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Londres . OCLC 941025790 .
- ^ Jones, David T .; Taylor, William R .; Thornton, Janet M. (1992). "La rápida generación de mutación matrices de datos de secuencias de proteínas". Bioinformática . 8 (3): 275-282. doi : 10.1093 / bioinformática / 8.3.275 . ISSN 1367-4803 . PMID 1633570 .
- ^ Jones, DT; Taylor, WR; Thornton, JM (1992). "Un nuevo enfoque para el reconocimiento de pliegues de proteínas". Naturaleza . 358 (6381): 86–89. Código Bibliográfico : 1992Natur.358 ... 86J . doi : 10.1038 / 358086a0 . ISSN 0028-0836 . PMID 1614539 . S2CID 4266346 .
- ^ Jones, DT; Taylor, WR; Thornton, JM (1994). "Un enfoque de modelo de reconocimiento a la predicción de All-helicoidal de membrana de estructura de proteínas y Topología". Bioquímica . 33 (10): 3.038 a 3.049. doi : 10.1021 / bi00176a037 . ISSN 0006-2960 . PMID 8130217 .
- ^ Jones, DT (2007). "Mejora de la exactitud de la predicción de topología proteína transmembrana usando información evolutiva" . Bioinformática . 23 (5): 538-544. doi : 10.1093 / bioinformática / btl677 . ISSN 1367-4803 . PMID 17237066 .
- ^ Orengo, CA; Michie, AD; Jones, S; Jones, DT; Swindells, MB; Thornton, JM (1997). "CATH - una clasificación jerárquica de estructuras de proteínas de dominio". Estructura . 5 (8): 1093-1109. doi : 10.1016 / S0969-2126 (97) 00260-8 . ISSN 0969-2126 . PMID 9309224 .
- ^ Orengo, CA; Martin, AM; Hutchinson, G .; Jones, S .; Jones, DT; Michie, AD; Swindells, MB; Thornton, JM (1998). "La clasificación de una proteína en la base de datos de CATH estructuras de dominio" . Acta Crystallogr. D . 54 (6): 1155-1167. doi : 10.1107 / s0907444998007501 . PMID 10089492 .
- ^ Cuff, AL; Sillitoe, I .; Lewis, T .; Clegg, AB; Rentzsch, R .; Furnham, N .; Pellegrini-Calace, M .; Jones, D .; Thornton, J .; Orengo, CA (2010). "Extender CATH: aumentar la cobertura del universo estructura de la proteína y la vinculación de la estructura con la función" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (base de datos): D420-D426. doi : 10.1093 / NAR / gkq1001 . ISSN 0305-1048 . PMC 3.013.636 . PMID 21097779 .
- ^ Jones, David T. (1999). "GenTHREADER: un método de reconocimiento de pliegue de proteínas eficaz y fiable para las secuencias genómicas". Revista de Biología Molecular . 287 (4): 797-815. doi : 10.1006 / jmbi.1999.2583 . ISSN 0.022 hasta 2.836 . PMID 10191147 . S2CID 6.057.225 .
- ^ "UCL-CS Bioinformática: visión general PSIPRED" . Bioinf.cs.ucl.ac.uk . Consultado el 7 de marzo de 2017 .
- ^ McGuffin, LJ; Jones, DT (2003). "Mejora del método GenTHREADER para el reconocimiento veces genómico" . Bioinformática . 19 (7): 874-881. doi : 10.1093 / bioinformática / btg097 . ISSN 1367-4803 . PMID 12724298 .
- ^ Lobley, A .; Sadowski, MI; Jones, DT (2009). "pGenTHREADER y pDomTHREADER: nuevos métodos para mejorar la proteína veces el reconocimiento y la discriminación superfamilia" . Bioinformática . 25 (14): 1761-1767. doi : 10.1093 / bioinformática / btp302 . ISSN 1367-4803 . PMID 19429599 .
- ^ McGuffin, LJ; Bryson, K .; Jones, DT (2000). "El servidor de predicción de estructura de proteína PSIPRED" . Bioinformática . 16 (4): 404-405. doi : 10.1093 / bioinformática / 16.4.404 . ISSN 1367-4803 . PMID 10869041 .