El número efectivo de codones (abreviado como ENC o Nc ) es una medida para estudiar el estado de los sesgos de uso de codones en genes y genomas. [1] La forma en que se calcula ENC tiene similitudes obvias con el cálculo del tamaño de población efectivo en genética de poblaciones . [2] Aunque es fácil calcular los valores de ENC, se ha demostrado que esta medida es una de las mejores medidas para mostrar el sesgo de uso de codones. [3]
Desde la sugerencia original de la ENC, varios investigadores han intentado mejorar el método, [4] [5] pero parece que hay mucho margen para mejorar esta medida. [6] [7] [8] [9] [10] [11]
Referencias
- ^ Wright F. (1990). "El 'número efectivo de codones' utilizado en un gen". Gene . 87 (1): 23-29. doi : 10.1016 / 0378-1119 (90) 90491-9 . PMID 2110097 .
- ^ Kimura, M. y Crow, JF (1964). "El número de alelos que se pueden mantener en una población finita" . Genética . 49 (4): 725–738. doi : 10.1093 / genetics / 49.4.725 . PMC 1210609 . PMID 14156929 .
- ^ Comeron JM, Aguadé M (1998). "Una evaluación de las medidas de sesgo de uso de codones sinónimos". J. Mol. Evol . 47 (3): 268-274. Código Bibliográfico : 1998JMolE..47..268C . doi : 10.1007 / PL00006384 . PMID 9732453 . S2CID 21862217 .
- ^ Novembre JA (2002). "Contabilización de la composición de nucleótidos de fondo al medir el sesgo de uso de codones" . Mol. Biol. Evol . 19 (8): 1390-1394. doi : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a004201 . PMID 12140252 .
- ^ Fuglsang A. (2004). "El 'número efectivo de codones' revisitado". Biochem. Biophys. Res. Comun . 317 (3): 957–964. doi : 10.1016 / j.bbrc.2004.03.138 . PMID 15081433 .
- ^ Marashi SA; Najafabadi HS (2004). "Cuán confiable es el reajuste: correspondencia con respecto a A. Fuglsang," El 'número efectivo de codones' revisitado " ". Biochem. Biophys. Res. Comun . 324 (1): 1–2. doi : 10.1016 / j.bbrc.2004.08.213 . PMID 15464973 .
- ^ Fuglsang A. (2005). "Sobre la debilidad metodológica de 'el número efectivo de codones': una respuesta a Marashi y Najafabadi". Biochem. Biophys. Res. Comun . 327 (1): 1-3. doi : 10.1016 / j.bbrc.2004.11.133 . PMID 15629420 .
- ^ Banerjee T .; Gupta SK; Ghosh TC (2005). "Hacia una resolución sobre la debilidad metodológica inherente del" número efectivo de codones utilizados por un gen " ". Biochem. Biophys. Res. Comun . 330 (4): 1015–8. doi : 10.1016 / j.bbrc.2005.02.150 . PMID 15823544 .
- ^ Fuglsang A. (2006). "Estimación del" número efectivo de codones ": la forma de Wright de determinar la homocigosidad de codones conduce a estimaciones superiores" . Genética . 172 (2): 1301–7. doi : 10.1534 / genetics.105.049643 . PMC 1456227 . PMID 16299393 .
- ^ Fuglsang A. (2006). "Tener en cuenta la composición de nucleótidos de fondo al medir el sesgo de uso de codones: idea brillante, difícil en la práctica" . Mol. Biol. Evol . 23 (7): 1345–7. doi : 10.1093 / molbev / msl009 . PMID 16679346 .
- ^ Fuglsang A. (2008). "Impacto de la discrepancia de sesgo y el uso de aminoácidos en las estimaciones del número efectivo de codones utilizados en un gen y una prueba de selección en el uso de codones". Gene . 410 (1): 82–8. doi : 10.1016 / j.gene.2007.12.001 . PMID 18248919 .