El banco de datos EM o banco de datos de microscopía electrónica ( EMDB ) recopila mapas EM 3D y datos experimentales asociados determinados mediante microscopía electrónica de muestras biológicas. Se estableció en 2002 en el grupo MSD / PDBe del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) , donde se encuentra el sitio europeo del consorcio EMDataBank.org. En 2015 [actualizar], el recurso contenía más de 2.600 entradas con una resolución media de 15Å. [2]
Contenido | |
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Descripción | Recurso de datos unificados para CryoEM . |
Contacto | |
Centro de Investigación | Instituto Europeo de Bioinformática (sitio del Reino Unido) Y Universidad de Rutgers (sitio de EE. UU.) |
Laboratorio | PDBe y RCSB PDB |
Cita primaria | Lawson y col. (2011) [1] |
Fecha de lanzamiento | 2002 |
Acceso | |
Sitio web | emdatabank |
La deposición de datos se realizó originalmente a través de la interfaz de deposición de EMdep, pero desde 2016 la deposición de datos se ha incorporado a la interfaz de wwPDB OneDep [3]
Bajo el NIH Unified Data Resource para CryoEM , la Research Collaboration for Structural Biology (RCSB) también actúa como un centro de deposición, procesamiento de datos y distribución de datos EMDB, mientras que el National Center for Macromolecular Imaging (NCMI) es un socio colaborativo en la prestación de servicios. y herramientas relativas al EMDB.
EM Data Bank también proporciona la herramienta de búsqueda EMsearch y los datos también se pueden consultar en RCSB , EMBL-EBI y PDBj [1] .
EMDB es un archivo de mapas de densidad tridimensionales de todo tipo de conjuntos biológicos, incluidos ribosomas, chaperonas, polimerasas, enzimas multifuncionales y virus. Viper EMDB en Scripps es una base de datos separada para mapas EM tridimensionales de virus.
Para comparar y evaluar métodos para la nueva generación de estructuras de mayor resolución (mejor que 5Å), el EMDB ha albergado el primer Desafío del mapa CryoEM y el Desafío del modelo CryoEM, que se informa en un número especial del Journal of Structural Biology. [2]
Ver también
Referencias
- ^ Lawson, Catherine L; Baker, Matthew L; Saludos, Christoph; et al. (Enero de 2011). "EMDataBank.org: recurso de datos unificados para CryoEM" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (suplemento 1): D456-464. doi : 10.1093 / nar / gkq880 . PMC 3013769 . PMID 20935055 .
- ^ Esquivel-Rodríguez, J; Xiong, Y; Han, X; et al. (30 de mayo de 2015). "Navegación de mapas de microscopía electrónica 3D con EM-SURFER" . BMC Bioinform. 16 (181). doi : 10.1186 / s12859-015-0580-6 . PMC 4448178 . PMID 26025554 .
- ^ Young, JY; Westbrook, JD; Feng, Z; Sala, R; Melocotón, E; Oldfield, TJ; Sen, S; Gutmanas, A; Armstrong, DR; Berrisford, JM; Chen, L; Chen, M; Di Costanzo, L; Dimitropoulos, D; Gao, G; Ghosh, S; Gore, S; Guranovic, V; Hendrickx, PM; Hudson, BP; Igarashi, R; Ikegawa, Y; Kobayashi, N; Lawson, CL; Liang, Y; Mading, S; Mak, L; Mir, MS; Mukhopadhyay, A; Patwardhan, A; Persikova, yo; Rinaldi, L; Sanz-García, E; Sekharan, MR; Shao, C; Swaminathan, GJ; Tan, L; Ulrich, EL; van Ginkel, G; Yamashita, R; Yang, H; Zhuravleva, MA; Quesada, M; Kleywegt, GJ; Berman, HM; Markley, JL; Nakamura, H; Velankar, S; Burley, SK. "OneDep: sistema wwPDB unificado para la deposición, biocuración y validación de estructuras macromoleculares en el archivo PDB" . Estructura . 25 : 536–545. doi : 10.1016 / j.str.2017.01.004 . PMC 5360273 . PMID 28190782 .
- Tagari, Mohamed; Newman, Richard; Chagoyen, Monica; Carazo, Jose-Maria; Henrick, Kim (2002). "Nuevo sistema de deposición y base de datos de microscopía electrónica". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 27 (11): 589. doi : 10.1016 / s0968-0004 (02) 02176-x . PMID 12417136 .
- Fuller, Stephen D. (2003). "Depositando mapas de microscopía electrónica". Estructura . 11 (1): 11-12. doi : 10.1016 / s0969-2126 (02) 00942-5 . PMID 12517335 .
- Henrick, K; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). "EMDep: un sistema basado en web para la deposición y validación de información estructural macromolecular de microscopía electrónica de alta resolución". Revista de Biología Estructural . 144 (1–2): 228–237. doi : 10.1016 / j.jsb.2003.09.009 . PMID 14643225 .
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Mónica; Belnap, David M. (2005). "Convenciones comunes para el intercambio y archivo de información de microscopía electrónica tridimensional en biología estructural". Revista de Biología Estructural . 151 (2): 196–207. doi : 10.1016 / j.jsb.2005.06.001 . PMID 16043364 .
- Tagari, M .; Tate, J .; Swaminathan, GJ; et al. (2006). "E-MSD: mejora de la calidad de la estructura y la deposición de datos" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Edición de la base de datos): 287–290. doi : 10.1093 / nar / gkj163 . PMC 1347525 . PMID 16381867 .
enlaces externos
- Herramientas de software para microscopía molecular
- Banco de datos de EM
- Páginas de búsqueda de EE. UU. Y Reino Unido
- Página de búsqueda de Japón (EM Navigator en PDBj)