RÁPIDO
FASTA es un paquete de software de alineación de secuencias de proteínas y ADN descrito por primera vez por David J. Lipman y William R. Pearson en 1985. [1] Su legado es el formato FASTA, que ahora es omnipresente en bioinformática .
El programa FASTA original fue diseñado para la búsqueda de similitud de secuencias de proteínas. Debido a la información genética en expansión exponencial y la velocidad y memoria limitadas de las computadoras en la década de 1980, se introdujeron métodos heurísticos para alinear una secuencia de consulta con bases de datos completas. FASTA, publicado en 1987, agregó la capacidad de realizar búsquedas de ADN:ADN, búsquedas traducidas de proteína:ADN y también proporcionó un programa de barajado más sofisticado para evaluar la significancia estadística. [2] Hay varios programas en este paquete que permiten la alineación de secuencias de proteínas y secuencias de ADN. Hoy en día, el mayor rendimiento de la computadora permite realizar búsquedas de detección de alineación local en una base de datos utilizando elAlgoritmo de Smith-Waterman .
FASTA se pronuncia "fast A" y significa "FAST-All", porque funciona con cualquier alfabeto, una extensión de las herramientas de alineación originales "FAST-P" (proteína) y "FAST-N" (nucleótido).
El paquete FASTA actual contiene programas para proteína:proteína, ADN:ADN, proteína:ADN traducido (con cambios de marco) y búsquedas ordenadas o desordenadas de péptidos. Las versiones recientes del paquete FASTA incluyen algoritmos de búsqueda traducidos especiales que manejan correctamente los errores de cambio de marco (que las búsquedas traducidas de seis marcos no manejan muy bien) al comparar datos de secuencias de nucleótidos con proteínas.
Además de los métodos de búsqueda heurística rápida, el paquete FASTA proporciona SSEARCH, una implementación del algoritmo óptimo de Smith-Waterman .
Un enfoque principal del paquete es el cálculo de estadísticas de similitud precisas, de modo que los biólogos puedan juzgar si es probable que haya ocurrido una alineación por casualidad o si se puede usar para inferir homología . El paquete FASTA está disponible en la Universidad de Virginia [3] y el Instituto Europeo de Bioinformática . [4]
