David J. Lipman es un biólogo estadounidense que desde 1989 [1] hasta 2017 fue Director del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) en los Institutos Nacionales de Salud . [4] [5] NCBI es el hogar de GenBank , [6] el nodo estadounidense del International Sequence Database Consortium , y PubMed , uno de los sitios más utilizados en el mundo para la búsqueda y recuperación de información biomédica. Lipman es uno de los autores originales del programa de alineación de secuencias BLAST y una figura respetada en bioinformática .[7] [8] [9] En 2017, dejó NCBI y se convirtió en director científico de Impossible Foods . [10]
David Lipman | |
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Nació | David J. Lipman |
alma mater | Universidad de Brown University en Buffalo, Universidad Estatal de Nueva York |
Conocido por | Influencia en el desarrollo de BLAST (biotecnología) [1] |
Premios | Miembro del premio ISCB Senior Scientist Award de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU. Becario ISCB [2] |
Carrera científica | |
Campos | Bioinformática Biología computacional Métodos de comparación de secuencias Genómica comparada Evolución molecular |
Instituciones | Centro Nacional de Información Biotecnológica Brown University University en Buffalo, The State University of New York |
Estudiantes notables | Stephen Altschul [3] Mark Boguski [ cita requerida ] |
Sitio web | www |
Educación
Lipman recibió su licenciatura de la Universidad de Brown y su doctorado en Medicina en 1980 de la Universidad de Buffalo, la Universidad Estatal de Nueva York [11]
Carrera profesional
Lipman fue el director fundador del Centro Nacional de Información Biotecnológica , parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. Bajo su liderazgo, NCBI creció de menos de una docena de personas a más de 500 miembros del personal científico, y ahora alberga cientos de bases de datos científicas y médicas que incluyen GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq , PubChem y muchos más. El programa de investigación interna del NCBI incluyó grupos dirigidos por Stephen Altschul (otro coautor de BLAST), David Landsman, Eugene Koonin [12] (un prolífico autor sobre genómica comparativa ) y L. Aravind.
Lipman es muy conocido por su trabajo fundamental en una serie de algoritmos de similitud de secuencia, a partir del algoritmo de Wilbur-Lipman [13] en 1983, búsqueda FASTA [14] [15] búsqueda en 1985, BLAST [16] en 1990, y Gapped BLAST y PSI-BLAST [17] en 1997. BLAST finalmente se convirtió en el programa de alineación de secuencias más utilizado y citado (más de 160.000 citas a partir de 2021) en el campo, y el servidor NCBI BLAST es hoy uno de los más recursos muy utilizados.
Lipman también trabajó durante muchos años con Dennis A. Benson y otros en NCBI en el mantenimiento y mejora de GenBank , una de las bases de datos más grandes del mundo de datos de secuencias de proteínas y genomas. GenBank junto con el Archivo Europeo de Nucleótidos y el Banco de Datos de ADN de Japón forman la Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos (INSDC), una base de datos completamente abierta y sin restricciones de secuencias del genoma que ha sido el repositorio mundial de tales datos desde 1990. [18] [ 19] [20]
Fue uno de los creadores del Proyecto de secuenciación del genoma de la influenza , un proyecto para secuenciar y hacer disponibles los genomas de miles de aislamientos del virus de la influenza. [ cita requerida ]
Fue uno de los signatarios originales de la Declaración de Bethesda sobre Publicaciones de Acceso Abierto . [ cita requerida ]
También es el editor en jefe de una revista científica en línea de acceso abierto y revisada por pares llamada Biology Direct . [21]
En mayo de 2017, Lipman dejó su puesto en el NCBI para unirse a la empresa cárnica de origen vegetal Impossible Foods como director científico. [22]
Premios y honores
Lipman recibió el premio Association of Biomolecular Resource Facilities Award por sus destacadas contribuciones a las tecnologías biomoleculares en 1996.
En 2000, fue elegido miembro de la Academia Nacional de Medicina . [23]
En 2004, fue galardonado con el premio ISCB Senior Scientist Award y elegido miembro de ISCB en 2009 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [2] [24]
En 2005, el Dr. Lipman fue elegido miembro de la Academia Nacional de Ciencias de EE. UU . [ cita requerida ]
En 2013, recibió el premio de Campeón del Cambio de "Ciencia Abierta" de la Casa Blanca . [25] [26]
Referencias
- ^ a b "Instituto de investigación publica datos genéticos en Internet" . The New York Times . 26 de junio de 1997.
- ^ a b Anon (2017). "Becarios ISCB" . iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
- ^ "Sentido de secuencias: Stephen F. Altschul en Bettering BLAST" . 2000. Archivado desde el original el 7 de octubre de 2007.
- ^ "David J. Lipman, MD, Director, Centro Nacional de Información Biotecnológica" . Archivado desde el original el 10 de junio de 2013.
- ^ "Acceso abierto ahora | Conversación con David Lipman" . Biomedcentral.com . Archivado desde el original el 29 de junio de 2011 . Consultado el 2 de julio de 2011 .
- ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, DJ; Ostell, J .; Wheeler, DL (2007). "GenBank" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D25 – D30. doi : 10.1093 / nar / gkm929 . PMC 2238942 . PMID 18073190 .
- ^ "David Lipman - Académico de Google" . Scholar.google.com . Consultado el 26 de marzo de 2017 .
- ^ Lista de publicaciones de Microsoft Academic [ enlace muerto ]
- ^ David J. Lipman en elservidor de bibliografía DBLP
- ^ "Biblioteca Nacional de Medicina anuncia la salida del director del NCBI, Dr. David Lipman" . www.nlm.nih.gov . Consultado el 5 de mayo de 2017 .
- ^ "David J. Lipman, MD Biografía" . nih.gov . Archivado desde el original el 11 de febrero de 2017 . Consultado el 9 de febrero de 2017 .
- ^ Tatusov, RL; Koonin, EV; Lipman, DJ (1997). "Una perspectiva genómica sobre familias de proteínas" . Ciencia . 278 (5338): 631–637. Bibcode : 1997Sci ... 278..631T . doi : 10.1126 / science.278.5338.631 . PMID 9381173 .
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- ^ Altschul, S .; Madden, TL; Schäffer, AA; Zhang, J .; Zhang, Z .; Miller, W .; Lipman, DJ (1997). "Gapped BLAST y PSI-BLAST: una nueva generación de programas de búsqueda de bases de datos de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 25 (17): 3389–3402. doi : 10.1093 / nar / 25.17.3389 . PMC 146917 . PMID 9254694 .
- ^ Benson, DA; Cavanaugh, M .; Clark, K .; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, DJ; Ostell, J .; Sayers, EW (2012). "GenBank" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (Problema de la base de datos): D36 – D42. doi : 10.1093 / nar / gks1195 . PMC 3531190 . PMID 23193287 .
- ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I .; Clark, K .; Lipman, DJ; Ostell, J .; Sayers, EW (2011). "GenBank" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D48 – D53. doi : 10.1093 / nar / gkr1202 . PMC 3245039 . PMID 22144687 .
- ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, DJ; Ostell, J .; Sayers, EW (2010). "GenBank" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D32 – D37. doi : 10.1093 / nar / gkq1079 . PMC 3013681 . PMID 21071399 .
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 30 de septiembre de 2011 . Consultado el 28 de octubre de 2011 .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace )
- ^ "Biblioteca Nacional de Medicina anuncia la salida del director del NCBI, Dr. David Lipman" . www.nlm.nih.gov . Consultado el 4 de mayo de 2017 .
- ^ "Instituto de Medicina elige nuevos miembros" .
- ^ "ISCB nombra al ganador del premio al logro científico senior 2004, Dr. David Lipman Boletín de ISCB 7-3" . Iscb.org . Consultado el 2 de julio de 2011 .
- ^ "Copia archivada" . whitehouse.gov . Archivado desde el original el 21 de enero de 2017 . Consultado el 2 de abril de 2016 , a través de Archivos Nacionales .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace )
- ^ "El Dr. David Lipman recibe el premio de campeones de cambio de" ciencia abierta "de la Casa Blanca en nombre de NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 2 de abril de 2016 .