Era hijo de Girolamo Colonna, filólogo y anticuario que también fue editor de los fragmentos del poeta latino Ennius . De joven dominó el latín y el griego antes de asistir a la Universidad de Nápoles , donde se licenció en derecho en 1589. Padecía de epilepsia , lo que le impedía ejercer la abogacía, por lo que se dedicó a estudiar a los antiguos autores de la medicina, la botánica y historia Natural. Notó numerosos errores y omisiones en la Materia médica de Dioscórides , pero su comentario sobre ese trabajo ahora está perdido.
En el período comprendido entre 1606 y 1616, Colonna estudió los fósiles y encontró pruebas de sus orígenes orgánicos.
La publicación de sus primeros trabajos sobre botánica, como De purpura, lo convirtió en una celebridad entre los naturalistas y uno de los primeros miembros de la Accademia dei Lincei en Nápoles, que había sido fundada por Federico Cesi en 1612. En los años siguientes, su académico La actividad en Lincei fue intensa, incluida la redacción del Apiario y el Tesoro Messicano que Lincei publicó en 1625 y 1628.
Colonna se interesó en el telescopio y microscopio recientemente inventados , en correspondencia con Galileo Galilei y otros académicos linceanos de astronomía. [2]
Colonna también se interesó por la música, inventando un instrumento de cuerda, de temperamento medio , el pentecontachordon , que tiene 50 cuerdas en las que la octava se divide en 31 partes y el tono en 5 partes.
Colonna fue alumno de Ferrante Imperato y amigo de Giambattista della Porta y Bartolomeo Maranta .