La Base de datos de taxonomía del genoma (GTDB) es una base de datos en línea que mantiene información sobre una nomenclatura propuesta de procariotas , siguiendo un enfoque filogenómico basado en un conjunto de proteínas conservadas. Además de dividir los grupos parafiléticos , este método también reasigna los rangos taxonómicos algorítmicamente, creando nuevos nombres en ambos casos. [1] En 2020 se agregó información sobre arqueas, junto con una clasificación de especies basada en la identidad de nucleótidos promedio. [2]
Contenido | |
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Descripción | Nomenclatura procariota propuesta |
Contacto | |
Centro de Investigación | Centro Australiano de Ecogenómica , Universidad de Queensland |
Autores | Phil Hugenholtz, Maria Chuvochina, Christian Rinke |
Cita primaria | PMID 30148503 |
Fecha de lanzamiento | 2018 |
Acceso | |
Sitio web | https://gtdb.ecogenomic.org/ |
Diverso | |
Licencia | CC BY-SA 4.0 |
Versión | 95.0 (17 de julio de 2020) |
Política de curación | mezclado |
Una herramienta de código abierto llamada GTDB-Tk está disponible para clasificar los genomas en borrador en la jerarquía GTDB. [3] El sistema GTDB, a través de GTDB-Tk, se ha utilizado para catalogar bacterias aún sin nombre en el microbioma intestinal humano y otras fuentes metagenómicas . [4] [5]
Referencias
- ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Waite, DW; Rinke, C; Skarshewski, A; Chaumeil, PA; Hugenholtz, P (noviembre de 2018). "Una taxonomía bacteriana estandarizada basada en la filogenia del genoma revisa sustancialmente el árbol de la vida". Biotecnología de la naturaleza . 36 (10): 996–1004. bioRxiv 10.1101 / 256800 . doi : 10.1038 / nbt.4229 . PMID 30148503 . S2CID 52093100 .
- ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas" . Biotecnología de la naturaleza . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101 / 771964 . doi : 10.1038 / s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .
- ^ Chaumeil, PA; Mussig, AJ; Hugenholtz, P; Parks, DH (15 de noviembre de 2019). "GTDB-Tk: un conjunto de herramientas para clasificar genomas con la base de datos de taxonomía del genoma" . Bioinformática . doi : 10.1093 / bioinformatics / btz848 . PMC 7703759 . PMID 31730192 .
- ^ Almeida, Alexandre; Nayfach, Stephen; Boland, Miguel; Strozzi, Francesco; Beracochea, Martín; Shi, Zhou Jason; Pollard, Katherine S .; Sakharova, Ekaterina; Parks, Donovan H .; Hugenholtz, Philip; Segata, Nicola; Kyrpides, Nikos C .; Finn, Robert D. (20 de julio de 2020). "Un catálogo unificado de 204.938 genomas de referencia del microbioma intestinal humano" . Biotecnología de la naturaleza . doi : 10.1038 / s41587-020-0603-3 . PMID 32690973 .
- ^ Nayfach, Stephen; Roux, Simon; Seshadri, Rekha; Udwary, Daniel; Varghese, Neha; Schulz, Frederik; Wu, Dongying; Paez-Espino, David; Chen, I-Min; Huntemann, Marcel; Palaniappan, Krishna; Ladau, Joshua; Mukherjee, Supratim; Reddy, TBK; Nielsen, Torben; Kirton, Edward; Faria, José P .; Edirisinghe, Janaka N .; Henry, Christopher S .; Jungbluth, Sean P .; Chivian, Dylan; Dehal, Paramvir; Wood-Charlson, Elisha M .; Arkin, Adam P .; Tringe, Susannah G .; Visel, Axel; Woyke, Tanja; Mouncey, Nigel J .; Ivanova, Natalia N .; Kyrpides, Nikos C .; Eloe-Fadrosh, Emiley A. (9 de noviembre de 2020). "Un catálogo genómico de los microbiomas de la Tierra" . Biotecnología de la naturaleza . doi : 10.1038 / s41587-020-0718-6 .
Ver también
- PhyloCode