De Wikipedia, la enciclopedia libre
Saltar a navegación Saltar a búsqueda

La base de datos de genomas OnLine (GOLD) es un recurso basado en la web para obtener información completa sobre el genoma y metagenome proyectos de secuenciación, y sus metadatos asociados, en todo el mundo. [1] Desde 2011, el DOE Joint Genome Institute administra la base de datos GOLD.

La base de datos GOLD se creó en 1997; la primera versión de la base de datos contenía información para 350 proyectos de secuenciación, de los cuales 48 habían sido completamente secuenciados con sus análisis publicados. [1]

GOLD v.5 se publicó el 28 de mayo de 2014. Al 5 de agosto de 2015 , la base de datos GOLD contiene información para 67.879 proyectos de secuenciación del genoma , de los cuales se han completado 7.210. [2] Además del DOE JGI, los tres mayores contribuyentes a GOLD son el Instituto Broad , el Instituto J. Craig Venter y la Facultad de Medicina de la Universidad de Maryland . [3]

Para facilitar el análisis comparativo entre la información en GOLD y otras bases de datos (por ejemplo, GenBank y EMBL ), GOLD admite las especificaciones de metadatos de estándares mínimos de información recomendadas por el Genomic Standards Consortium , en particular, el MIxS (Información mínima sobre cualquier ( x) Secuencia) especificación. [2] GOLD también permite la anotación de genomas o metagenomas utilizando el sistema integrado de genomas microbianos DOE JGI y tiene enlaces a la revista BioMed Central Standards in Genomic Sciences , lo que permite la publicación de datos (meta) genómicos. [2] [4]

Ver también [ editar ]

Referencias [ editar ]

  1. ↑ a b Kyrpides NC (septiembre de 1999). "Genomes OnLine Database (GOLD 1.0): un monitor de proyectos genómicos completos y en curso en todo el mundo" . Bioinformática . 15 (9): 773–4. doi : 10.1093 / bioinformatics / 15.9.773 . PMID  10498782 .
  2. ^ a b c Reddy, TBK; Thomas, AD; Stamatis, D .; Bertsch, J .; Isbandi, M .; Jansson, J .; Mallajosyula, J .; Pagani, I .; Lobos, EA; Kyrpides, Carolina del Norte (27 de octubre de 2014). "The Genomes OnLine Database (GOLD) v.5: un sistema de gestión de metadatos basado en una clasificación de proyectos de cuatro niveles (meta) genoma" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (D1): D1099 – D1106. doi : 10.1093 / nar / gku950 . PMC 4384021 . PMID 25348402 .  
  3. ^ "JGI GOLD - Estadísticas" . Consultado el 5 de agosto de 2015 .
  4. ^ "JGI GOLD - Inicio" . Consultado el 5 de agosto de 2015 .

Enlaces externos [ editar ]

  • ORO
  • Bioproyecto NCBI